双荧光T-RFLP方法的建立及应用
| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-11页 |
| 引言 | 第11-12页 |
| 第1章 绪论 | 第12-25页 |
| ·环境质量的生物评价指标 | 第13-14页 |
| ·微生物群落多样性研究方法 | 第14-20页 |
| ·传统研究方法 | 第15页 |
| ·分子生物学研究方法 | 第15-20页 |
| ·T-RFLP技术 | 第20-24页 |
| ·T-RFLP技术在微生物群落研究中的应用 | 第20-22页 |
| ·双荧光T-RFLP方法 | 第22-24页 |
| ·本课题研究的目的和意义 | 第24-25页 |
| 第2章 实验材料与方法 | 第25-44页 |
| ·实验材料 | 第25-26页 |
| ·底泥样品材料的采集 | 第25-26页 |
| ·实验药品试剂 | 第26-28页 |
| ·实验试剂的配制 | 第26-28页 |
| ·实验工具酶 | 第28页 |
| ·实验仪器设备 | 第28-29页 |
| ·实验方法 | 第29-44页 |
| ·技术路线 | 第29-30页 |
| ·细菌菌种的筛选 | 第30页 |
| ·细菌菌种的活化及扩大培养 | 第30-31页 |
| ·细菌基因组DNA的提取 | 第31-32页 |
| ·PCR反应及产物回收 | 第32-33页 |
| ·连接与转化 | 第33-34页 |
| ·细菌质粒的提取 | 第34页 |
| ·重组质粒的验证 | 第34-36页 |
| ·质粒配比的混合体系 | 第36-37页 |
| ·底泥样品宏基因组的提取 | 第37-38页 |
| ·电泳检测及核酸浓度测定 | 第38-39页 |
| ·荧光PCR扩增反应 | 第39-40页 |
| ·限制性内切酶酶切反应 | 第40页 |
| ·酶切反应产物的脱盐处理 | 第40-41页 |
| ·毛细管电泳检测 | 第41-42页 |
| ·数据处理与分析 | 第42-44页 |
| 第3章 双荧光标记T-RFLP方法的建立 | 第44-61页 |
| ·双荧光标记T-RFLP准确性验证实验 | 第44-49页 |
| ·细菌菌种的筛选 | 第44-45页 |
| ·细菌基因组DNA的提取 | 第45页 |
| ·PCR扩增反应 | 第45-46页 |
| ·目的产物回收 | 第46页 |
| ·提取质粒及测序 | 第46-47页 |
| ·质粒的三类验证实验 | 第47-48页 |
| ·质粒测序结果分析 | 第48-49页 |
| ·质粒浓度测定 | 第49页 |
| ·双荧光标记T-RFLP灵敏度检验实验 | 第49-61页 |
| ·不同细菌质粒按体系配比 | 第49-50页 |
| ·荧光引物PCR反应 | 第50-51页 |
| ·限制性酶切反应及产物处理 | 第51页 |
| ·毛细管电泳 | 第51-52页 |
| ·双荧光T-RFLP图谱分析 | 第52-61页 |
| 第4章 大凌河底泥样品的双荧光T-RFLP实验 | 第61-76页 |
| ·底泥样品实验结果 | 第61-64页 |
| ·底泥样品宏基因组的提取 | 第61-62页 |
| ·PCR反应 | 第62-63页 |
| ·毛细管电泳 | 第63-64页 |
| ·实验结果分析 | 第64-76页 |
| ·双荧光标记T-RFs种类和数量统计 | 第64-66页 |
| ·T-RFs图谱分析 | 第66-67页 |
| ·RDP数据库比对分析 | 第67-69页 |
| ·样点间相似度分析 | 第69-70页 |
| ·样点间菌群多样性分析 | 第70-73页 |
| ·不同理化参数对细菌多样性影响的主成分分析 | 第73-76页 |
| 第5章 结论与展望 | 第76-78页 |
| ·结论 | 第76页 |
| ·展望 | 第76-78页 |
| 参考文献 | 第78-83页 |
| 附录 测序序列 | 第83-85页 |
| 致谢 | 第85页 |
