| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-73页 |
| 引言 | 第16-18页 |
| ·人体肠道菌群的多样性组成 | 第18-30页 |
| ·人体肠道菌群的多样性概况 | 第18-20页 |
| ·人体肠道菌群主要类群的分布特征 | 第20-25页 |
| ·厚壁菌门（Firmicutes） | 第21-22页 |
| ·拟杆菌门（Bacteroidetes） | 第22-24页 |
| ·变形菌门（Proteobacteria） | 第24页 |
| ·放线菌门（Actinobacteria） | 第24-25页 |
| ·影响人体肠道菌群多样性的因素 | 第25-30页 |
| ·宿主的选择压（Host selective pressure） | 第25-27页 |
| ·获得性免疫系统（Adaptive immune system） | 第27-28页 |
| ·营养因素 | 第28-29页 |
| ·其他外在因素 | 第29-30页 |
| ·人体肠道菌群的主要功能 | 第30-39页 |
| ·代谢作用(metabolic function) | 第30-32页 |
| ·营养作用(tropic function) | 第32-33页 |
| ·保护作用（protective function） | 第33-34页 |
| ·肠道菌群与疾病 | 第34-39页 |
| ·菌群失衡与肠道疾病 | 第34-36页 |
| ·菌群失衡与非肠道疾病 | 第36-39页 |
| ·研究肠道菌群的微生物分子生态学技术 | 第39-46页 |
| ·指纹图谱技术 | 第39-42页 |
| ·变性/温度梯度凝胶电泳（DGGE/TGGE） | 第40-41页 |
| ·末端限制性片段长度多态性(T-RFLP） | 第41-42页 |
| ·ERIC-PCR 指纹图谱 | 第42页 |
| ·基于测序的技术 | 第42-46页 |
| ·克隆文库技术 | 第42-43页 |
| ·新型454 测序技术 | 第43-45页 |
| ·元基因组学技术 | 第45-46页 |
| ·代谢组学及其在肠道菌群研究中的应用 | 第46-51页 |
| ·代谢组学的概念 | 第46-47页 |
| ·代谢组学的研究方法 | 第47-49页 |
| ·色谱-质谱联用仪法(MS) | 第47-48页 |
| ·核磁共振波谱法(NMR) | 第48-49页 |
| ·色谱-核磁-质谱联用法 | 第49页 |
| ·基于NMR 的代谢组学在肠道菌群研究中的应用 | 第49-51页 |
| ·多变量统计学在肠道菌群和代谢组学分析中的应用 | 第51-55页 |
| ·非监督的多变量统计学方法 | 第52-53页 |
| ·有监督的多变量统计学方法 | 第53-55页 |
| ·肠道菌群与肥胖、2 型糖尿病关系的研究进展 | 第55-60页 |
| ·肥胖和2 型糖尿病的诊断 | 第55-56页 |
| ·肥胖和2 型糖尿病的流行情况及趋势 | 第56-57页 |
| ·肥胖和2 型糖尿病的影响因素 | 第57-60页 |
| ·基因因素 | 第57-58页 |
| ·肥胖、2 型糖尿病与肠道菌群 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-73页 |
| 第二章 一个四代的中国家庭成员肠道菌群结构与宿主整体代谢的相关性研究. | 第73-122页 |
| 引言 | 第77-78页 |
| ·材料与方法 | 第78-90页 |
| ·实验对象选择 | 第78-79页 |
| ·样品采集、预处理及粪便细菌DNA 提取 | 第79-80页 |
| ·粪便样品的预处理 | 第79-80页 |
| ·尿液样品的预处理 | 第80页 |
| ·粪便样本细菌总DNA 提取及纯化 | 第80页 |
| ·粪便菌群的细菌通用16S rRNA 基因克隆文库分析 | 第80-84页 |
| ·细菌通用16S rRNA 基因的PCR 扩增及文库构建 | 第80-81页 |
| ·细菌通用16S rRNA 基因克隆文库的系统发育分析 | 第81-82页 |
| ·细菌通用16S rRNA 基因克隆文库的多样性评价 | 第82-83页 |
| ·细菌通用16S rRNA 基因克隆文库的分析比较 | 第83-84页 |
| ·粪便菌群的拟杆菌属（Bacteroides spp.）类群特异性16S rRNA 基因克隆文库分析 | 第84-86页 |
| ·拟杆菌属类群特异性PCR 扩增及文库构建 | 第84-85页 |
| ·拟杆菌属类群特异性16S rRNA 基因克隆文库的序列分析 | 第85页 |
| ·类群特异性克隆文库的多样性评估 | 第85-86页 |
| ·类群特异性克隆文库的统计学比较 | 第86页 |
| ·粪便菌群组成的变性梯度凝胶电泳（DGGE）分析 | 第86-88页 |
| ·优势细菌的16S rRNA 基因V3 区的PCR 扩增及DGGE 分析 | 第86-87页 |
| ·拟杆菌属类群特异性PCR 扩增及DGGE 分析 | 第87页 |
| ·柔嫩梭菌亚群类群特异性PCR 扩增及DGGE 分析 | 第87-88页 |
| ·DGGE 条带的割胶回收与测序 | 第88页 |
| ·尿液的代谢组学分析 | 第88-89页 |
| ·数据处理 | 第89-90页 |
| ·DGGE 图谱的处理 | 第89页 |
| ·~1H NMR 图谱的处理 | 第89页 |
| ·多变量统计学分析 | 第89-90页 |
| ·实验结果 | 第90-111页 |
| ·中国家庭成员肠道菌群的细菌通用16S rRNA 基因克隆文库多样性分析 | 第90-96页 |
| ·细菌通用 16S rRNA 基因克隆文库的库容分析 | 第90-93页 |
| ·细菌通用16S rRNA 基因克隆文库的系统发育分析 | 第93-94页 |
| ·细菌通用16S rRNA 基因克隆文库的比较分析 | 第94-96页 |
| ·中国家庭成员肠道菌群拟杆菌属（Bacteroides spp.）类群特异性克隆文库的多样性分析 | 第96-101页 |
| ·拟杆菌属类群特异性克隆文库的库容分析 | 第96-97页 |
| ·拟杆菌属类群特异性克隆文库的系统发育分析 | 第97页 |
| ·家庭成员拟杆菌类群特异性克隆文库的比较分布 | 第97-100页 |
| ·拟杆菌属类群特异性克隆文库与通用文库多样性的比较分析 | 第100-101页 |
| ·中国家庭成员肠道菌群组成的DGGE 分析 | 第101-106页 |
| ·中国家庭成员尿液代谢物的1H NMR 分析 | 第106-107页 |
| ·肠道菌群DGGE 图谱与尿液NMR 代谢谱的共变化分析（Covariation analysi | 第107-111页 |
| ·讨论 | 第111-116页 |
| ·本章小结 | 第116页 |
| ·参考文献 | 第116-122页 |
| 第三章 2 型糖尿病及对照人群肠道菌群结构特征分析 | 第122-175页 |
| 引言 | 第126-128页 |
| ·材料与方法 | 第128-140页 |
| ·人群抽样及招募方案 | 第128-129页 |
| ·生物样本采集 | 第129-131页 |
| ·血样采集 | 第129页 |
| ·尿液采集 | 第129-130页 |
| ·粪样采集 | 第130-131页 |
| ·大规模粪便样品细菌总基因组DNA 提取方法的建立 | 第131-135页 |
| ·样品采集与准备 | 第131-132页 |
| ·DNA 提取方案 | 第132-133页 |
| ·不同DNA 提取方法的DNA 产量测定 | 第133页 |
| ·不同DNA 提取方法的肠道菌群PCR-DGGE 分析 | 第133-135页 |
| ·新发糖尿病及对照人群粪便DNA 的16S rRNA 基因V3 区bar coded 454 测序 | 第135-136页 |
| ·454 序列的处理及系统发育分析 | 第136-138页 |
| ·序列整理（trimming）及归并（binning） | 第136-137页 |
| ·序列的系统发育分析 | 第137-138页 |
| ·454 序列的多样性评价 | 第138页 |
| ·人群肠道菌群结构的多变量统计学比较分析 | 第138-140页 |
| ·主成份分析（PCA）及偏最小二乘判别法（PLS-DA） | 第138-139页 |
| ·UniFrac 分析 | 第139-140页 |
| ·实验结果 | 第140-162页 |
| ·人群招募及样品采集总体情况 | 第140-141页 |
| ·不同DNA 提取方法的比较 | 第141-147页 |
| ·不同DNA 提取方法的DNA 产量比较 | 第141页 |
| ·不同DNA 提取方法的DNA 纯度比较 | 第141-143页 |
| ·不同DNA 提取方法获得的菌群多样性比较 | 第143-147页 |
| ·Bar coded 454 测序方法的可靠性及重复性检验 | 第147-149页 |
| ·454 序列的多样性评价 | 第149-151页 |
| ·人群肠道菌群多样性组成的系统发育分析 | 第151-153页 |
| ·人群肠道菌群组成的个体差异性 | 第153-155页 |
| ·糖尿病人群与对照人群肠道菌群的比较分析 | 第155-162页 |
| ·糖尿病人群与对照人群肠道菌群多样性组成的比较 | 第155-157页 |
| ·糖尿病人群与对照人群肠道菌群结构的统计学比较 | 第157-162页 |
| ·讨论 | 第162-165页 |
| ·本章小结 | 第165-166页 |
| ·参考文献 | 第166-175页 |
| 论文创新点 | 第175-176页 |
| 附录1 缩写及全称 | 第176-178页 |
| 附录2 溶液及培养基配方 | 第178-179页 |
| 附录3 仪器设备 | 第179-180页 |
| 致谢 | 第180-182页 |
| 已（待）发表的学术文章及参加的科研课题 | 第182-185页 |
