| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第1章 Sirt5催化组蛋白去琥珀酰化修饰的分子机制研究 | 第12-71页 |
| 1.1 绪论 | 第12-36页 |
| 1.1.1 表观遗传学 | 第12-13页 |
| 1.1.2 组蛋白的翻译后修饰及其功能 | 第13-16页 |
| 1.1.3 组蛋白的酰基化修饰 | 第16-23页 |
| 1.1.3.1 组蛋白酰基化修饰的类型及特性 | 第16页 |
| 1.1.3.2 组蛋白酰基化修饰的动态调控 | 第16-21页 |
| 1.1.3.3 效应分子(reader) | 第21-23页 |
| 1.1.4 Sirt5与琥珀酰化修饰 | 第23-33页 |
| 1.1.4.1 琥珀酰化修饰的鉴定 | 第23-24页 |
| 1.1.4.2 线粒体蛋白Sirt5的鉴定及亚细胞定位 | 第24-25页 |
| 1.1.4.3 Sirt5的功能特性与结构特征 | 第25-31页 |
| 1.1.4.4 Sirt5调控去琥珀酰化修饰的重要生物学意义 | 第31-33页 |
| 1.1.5 Sirt5与组蛋白琥珀酰化修饰 | 第33-34页 |
| 1.1.6 选题意义及研究内容 | 第34-36页 |
| 1.2 实验材料与方法 | 第36-51页 |
| 1.2.1 光交联pull down与H3K122su结合蛋白的鉴定 | 第36-37页 |
| 1.2.2 Sirt5表达质粒的构建 | 第37-39页 |
| 1.2.3 蛋白表达与纯化 | 第39-41页 |
| 1.2.4 蛋白质结晶,数据收集及结构解析 | 第41-46页 |
| 1.2.5 Biotin-H3K122su与Sirt5的pull down | 第46页 |
| 1.2.6 Sirt5对琥珀酰化修饰小肽的酶活及MALDI-ToF质谱鉴定 | 第46-47页 |
| 1.2.7 Sirt5对琥珀酰化修饰小肽的酶动力学参数的测定 | 第47-48页 |
| 1.2.8 免疫荧光实验检测Sirt5的亚细胞定位 | 第48-49页 |
| 1.2.9 western-blot检测Sirt5的组蛋白去琥珀酰化酶活 | 第49-51页 |
| 1.3 结果与讨论 | 第51-70页 |
| 1.3.1 Sirt5是H3K122su的结合蛋白 | 第51-54页 |
| 1.3.2 Sirt5对组蛋白琥珀酰化赖氨酸具有广泛的底物识别和催化能力 | 第54-57页 |
| 1.3.3 Sirt5对组蛋白琥珀酰化位点具有选择偏好性 | 第57-59页 |
| 1.3.4 Sirt5与不同的组蛋白琥珀酰化小肽的复合物晶体结构 | 第59-62页 |
| 1.3.5 Sirt5对组蛋白琥珀酰化位点选择偏好性的分子机制 | 第62-65页 |
| 1.3.6 Sirt5的细胞核定位和体内去组蛋白琥珀酰化活性 | 第65-67页 |
| 1.3.7 Sirt5催化组蛋白赖氨酸去琥珀酰化修饰的生理学意义 | 第67-70页 |
| 1.4 本章小结 | 第70-71页 |
| 第2章 金黄色葡萄球菌表面蛋白SdrE的结构与功能研究 | 第71-94页 |
| 2.1 引言 | 第71-73页 |
| 2.2 实验材料与方法 | 第73-84页 |
| 2.2.1 SdrE与FH表达质粒的构建 | 第73-77页 |
| 2.2.2 蛋白的表达与纯化 | 第77-80页 |
| 2.2.3 SdrE蛋白及SdrE-FH小肽复合物的结晶,晶体衍射数据收集与结构解析 | 第80-83页 |
| 2.2.4 SdrE与配体的GST pull down实验 | 第83页 |
| 2.2.5 SdrE与配体的ITC实验 | 第83-84页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第84-93页 |
| 2.3.1 补体因子FH-CCP20与SdrE-N2N3具有较强的亲和力 | 第84-85页 |
| 2.3.2 Loop~(A-B)占据SdrE-N2N3的配体结合沟形成闭合态 | 第85-88页 |
| 2.3.3 SdrE通过CDLL配体结合机制识别FH | 第88-90页 |
| 2.3.4 SdrE捕获FH的C端尾巴行使免疫逃逸功能 | 第90-93页 |
| 2.4 本章小结 | 第93-94页 |
| 第3章 金黄色葡萄球菌核酸内切酶RNase HⅡ的结构与功能研究 | 第94-122页 |
| 3.1 引言 | 第94-96页 |
| 3.2 实验材料与方法 | 第96-112页 |
| 3.2.1 RNaseHⅡ表达质粒的构建 | 第96-100页 |
| 3.2.2 蛋白的表达与纯化 | 第100-101页 |
| 3.2.3 RNaseHⅡ与核酸杂交链的酶活实验 | 第101-103页 |
| 3.2.4 RNaseHⅡ蛋白的结晶及其与核酸底物的共结晶,数据收集及结构解析 | 第103-107页 |
| 3.2.5 突变体RNaseHⅡ与核酸杂交链的CW-EPR实验及DEER距离测量 | 第107-108页 |
| 3.2.6 小角散射实验测算RNaseHⅡ蛋白的聚集状态 | 第108-110页 |
| 3.2.7 SEC-MALS对RNaseHⅡ及其底物复合物分子量的测定 | 第110-112页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第112-121页 |
| 3.3.1 Sa-RNase HⅡ在溶液中以特殊的二体形式存在 | 第112-114页 |
| 3.3.2 RNase HⅡ的二聚化由催化核心之间的相互作用所介导 | 第114-115页 |
| 3.3.3 RNase HⅡ酶学活性的鉴定 | 第115-117页 |
| 3.3.4 底物结合使RNase HⅡ发生构象变化 | 第117-118页 |
| 3.3.5 底物调控RNase HⅡ构象变化的分子机制及生理意义 | 第118-121页 |
| 3.4 本章小结 | 第121-122页 |
| 附录 | 第122-130页 |
| 参考文献 | 第130-152页 |
| 致谢 | 第152-154页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 | 第154页 |
