| 中文摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 1 引言 | 第9-19页 |
| 1.1 极端微生物概述 | 第9页 |
| 1.2 盐碱菌的研究背景 | 第9-12页 |
| 1.2.1 盐碱菌的概述 | 第9-10页 |
| 1.2.2 盐碱菌的研究方向 | 第10页 |
| 1.2.3 盐碱菌适应机理的研究进展 | 第10-12页 |
| 1.3 本课题的研究背景 | 第12-17页 |
| 1.3.1 基于Illumina Hiseq4000测序平台对多极端微生物全基因组草图测序 | 第12-13页 |
| 1.3.2 基于第三代测序技术PacBio RS Ⅱ测序平台对Natronolimnobius aegyptiacus JW/NM-HA 15~T全基因组测序 | 第13-14页 |
| 1.3.3 基于iTRAQ技术对菌株Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF~T蛋白组学分析 | 第14-16页 |
| 1.3.4 基于RNA-seq测序对菌株Natranaerobius the rmophilus JW/NM-WN-LF~T转录水平分析 | 第16-17页 |
| 1.4 本课题的研究意义 | 第17-19页 |
| 2 盐碱菌基因组草图测序 | 第19-31页 |
| 2.1 菌株Natranaerobius trueperi DSM 18760~T基因组草图测序 | 第19-26页 |
| 2.1.1 实验材料 | 第19-20页 |
| 2.1.2 实验方法 | 第20-21页 |
| 2.1.3 结果与分析 | 第21-22页 |
| 2.1.4 讨论 | 第22-26页 |
| 2.2 菌株Natronolimno biusbaerhuesisis CGMCC 1.3597~T基因组草图测序 | 第26-31页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第26页 |
| 2.2.2 实验方法 | 第26-27页 |
| 2.2.3 结果与分析 | 第27-29页 |
| 2.2.4 讨论 | 第29-31页 |
| 3 嗜热盐碱古菌Natronolimnobius aegyptiacus JW/NM-HA 15~T全基因组测序 | 第31-45页 |
| 3.1 实验材料 | 第32页 |
| 3.1.1 菌株和培养基 | 第32页 |
| 3.1.2 药品和试剂 | 第32页 |
| 3.1.3 仪器、软件和数据库 | 第32页 |
| 3.2 实验方法 | 第32-34页 |
| 3.2.1 菌株的活化与培养 | 第32-33页 |
| 3.2.2 收集菌体及基因组DNA提取 | 第33页 |
| 3.2.3 基因组DNA文库的构建 | 第33页 |
| 3.2.4 上机测序 | 第33页 |
| 3.2.5 测序数据处理 | 第33-34页 |
| 3.2.6 基因组组装 | 第34页 |
| 3.2.7 绘制基因组圈图 | 第34页 |
| 3.2.8 基因注释 | 第34页 |
| 3.3 结果与分析 | 第34-42页 |
| 3.3.1 测序结果 | 第34-35页 |
| 3.3.2 基因组圈图 | 第35-36页 |
| 3.3.3 基因组的一般特征 | 第36-37页 |
| 3.3.4 COG分类 | 第37-38页 |
| 3.3.5 GO注释统计 | 第38页 |
| 3.3.6 KEGG代谢途径分析 | 第38-39页 |
| 3.3.7 注释基因分析 | 第39-42页 |
| 3.4 讨论 | 第42-45页 |
| 4 菌株Natranaerobius thermophilus的蛋白组学分析 | 第45-59页 |
| 4.1 实验材料 | 第45-46页 |
| 4.1.1 样品和培养基 | 第45页 |
| 4.1.2 药品和试剂 | 第45页 |
| 4.1.3 仪器、软件和数据库 | 第45-46页 |
| 4.2 实验方法 | 第46-50页 |
| 4.2.1 菌株Natranaerobius thermophilus生长曲线的测定及菌体收集 | 第46页 |
| 4.2.2 用iTRAQ技术分析两个条件下菌株Natranaerobius thermophilus的总蛋白 | 第46-49页 |
| 4.2.3 差异蛋白的确定及分析 | 第49-50页 |
| 4.3 实验结果与分析 | 第50-56页 |
| 4.3.1 菌株Natranaerobius thermophilus生长曲线的测定 | 第50页 |
| 4.3.2 菌株Natranaerobius thermophilus总蛋白的分析 | 第50-52页 |
| 4.3.3 差异蛋白及其相关分析 | 第52-56页 |
| 4.4 讨论 | 第56-59页 |
| 5 菌株Natranaerobius thermophilus的转录组学分析 | 第59-75页 |
| 5.1 实验材料 | 第59页 |
| 5.1.1 样品准备 | 第59页 |
| 5.1.2 药品和试剂 | 第59页 |
| 5.1.3 仪器、软件和数据库 | 第59页 |
| 5.2 实验方法 | 第59-63页 |
| 5.2.1 RNA的提取 | 第59-60页 |
| 5.2.2 RNA的检测 | 第60-61页 |
| 5.2.3 文库构建 | 第61页 |
| 5.2.4 文库质量检测及上机测序 | 第61页 |
| 5.2.5 信息分析 | 第61-63页 |
| 5.3 实验结果与分析 | 第63-74页 |
| 5.3.1 RNA检测结果 | 第63-64页 |
| 5.3.2 终文库跑电泳小样胶图 | 第64-65页 |
| 5.3.3 qPCR质控 | 第65页 |
| 5.3.4 信息分析 | 第65-74页 |
| 5.4 讨论 | 第74-75页 |
| 6 全文结论 | 第75-79页 |
| 参考文献 | 第79-85页 |
| 在学期间的研究成果 | 第85-87页 |
| 致谢 | 第87页 |
