| 图目录 | 第1-7页 |
| 摘要 | 第7-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 第一章 绪论 | 第9-11页 |
| ·HMM 研究现状 | 第9-10页 |
| ·本文的主要工作 | 第10-11页 |
| 第二章 隐马氏模型基础及其拓展 | 第11-32页 |
| ·隐马氏模型基础及三个问题 | 第11-13页 |
| ·隐马氏模型的定义 | 第11页 |
| ·隐马氏模型的三个问题 | 第11-13页 |
| ·层次隐马氏模型的定义 | 第13-16页 |
| ·层次隐马氏模型的描述 | 第13-14页 |
| ·层次隐马氏模型定义 | 第14-16页 |
| ·层次隐马氏模型的求解 | 第16-28页 |
| ·识别问题 | 第16-22页 |
| ·解码问题 | 第22-23页 |
| ·学习问题 | 第23-28页 |
| ·HMM 的分块改进算法 | 第28-32页 |
| ·HMM 的分块改进方法 | 第28-29页 |
| ·识别问题 | 第29-30页 |
| ·改进后的参数训练问题 | 第30-31页 |
| ·序列分割方法 | 第31-32页 |
| 第三章 基于HMM 的多序列比对算法 | 第32-40页 |
| ·生物序列比对的研究背景 | 第32-34页 |
| ·研究背景 | 第32页 |
| ·序列比对问题 | 第32-34页 |
| ·双序列比对问题 | 第34-36页 |
| ·全局比对的Needleman- Wunsch 算法 | 第34页 |
| ·局部比对的Smith- Waterman 算法 | 第34-35页 |
| ·基于Pair HMM 的两序列比对方法 | 第35-36页 |
| ·基于PROFILE HMM 的多序列比对算法 | 第36-40页 |
| ·基于Profile HMM 的多序列比对算法 | 第36-38页 |
| ·Profile HMM 的学习问题 | 第38-40页 |
| 第四章 基于遗传算法的PROFILE HMM 参数估计 | 第40-49页 |
| ·遗传算法的基本概念 | 第40-43页 |
| ·遗传算法的基本概念 | 第40页 |
| ·遗传机制 | 第40-42页 |
| ·标准遗传算法 | 第42-43页 |
| ·遗传算法的设计 | 第43-46页 |
| ·遗传算法的设计 | 第44页 |
| ·遗传算法的设计过程 | 第44-46页 |
| ·基于遗传算法的PROFILE HMM 参数估计 | 第46-49页 |
| ·Profile HMM 编码 | 第46-47页 |
| ·初始种群的设定 | 第47页 |
| ·适应度的计算 | 第47页 |
| ·遗传操作 | 第47-48页 |
| ·实验分析 | 第48-49页 |
| 结束语 | 第49-51页 |
| 致谢 | 第51-53页 |
| 参考文献 | 第53-56页 |
| 附录攻读硕士期间作者的学术工作 | 第56页 |