染色质拓扑相关结构域的结构及功能研究
| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 缩略词表 | 第11-12页 |
| 1 引言 | 第12-27页 |
| 1.1 染色质结构研究技术 | 第12-21页 |
| 1.2 染色质的层次化结构特征及问题的提出 | 第21-26页 |
| 1.3 问题的提出与解决方案 | 第26-27页 |
| 2 拓扑相关结构域的结构异质性及功能多样性 | 第27-49页 |
| 2.1 引言 | 第27-31页 |
| 2.2 材料和方法 | 第31-40页 |
| 2.2.1 数据来源 | 第31-33页 |
| 2.2.2 Hi-C数据处理 | 第33-34页 |
| 2.2.3 TADs的识别 | 第34-35页 |
| 2.2.4 AP值的计算 | 第35-39页 |
| 2.2.5 AP值与功能信号的相关系数计算 | 第39页 |
| 2.2.6 稳定TADs的定义 | 第39-40页 |
| 2.2.7 内部结构发生剧烈重排的TADs | 第40页 |
| 2.2.8 交互模块重叠度 | 第40页 |
| 2.3 结果与分析 | 第40-47页 |
| 2.3.1 不同数据集下AP值的计算及评估 | 第40-42页 |
| 2.3.2 结构异质性的功能关联分析 | 第42-44页 |
| 2.3.3 TADs在细胞系间的内部结构重排 | 第44-47页 |
| 2.4 小结 | 第47-49页 |
| 3 拓扑相关结构域的层次性及其功能研究 | 第49-76页 |
| 3.1 引言 | 第49-52页 |
| 3.2 材料和方法 | 第52-62页 |
| 3.2.1 数据来源及预处理 | 第52-53页 |
| 3.2.2 HiTAD算法流程 | 第53-54页 |
| 3.2.3 底层结构域的识别 | 第54-56页 |
| 3.2.4 层次化结构域的识别 | 第56-60页 |
| 3.2.5 层次化结构域及边界的比对 | 第60-62页 |
| 3.2.6 层次化结构域的随机打乱 | 第62页 |
| 3.3 结果与分析 | 第62-74页 |
| 3.3.1 方法比较 | 第62-65页 |
| 3.3.2 方法评估 | 第65-68页 |
| 3.3.3 边界的层次与功能分析 | 第68-71页 |
| 3.3.4 结构域的层次与功能分析 | 第71-74页 |
| 3.4 小结 | 第74-76页 |
| 4 讨论 | 第76-80页 |
| 参考文献 | 第80-96页 |
| 附录 | 第96-130页 |
| 附录A 附表 | 第96-101页 |
| 附录B 附图 | 第101-129页 |
| 附录C 发表论文 | 第129页 |
| 附录D 软件成果 | 第129-130页 |
| 致谢 | 第130-132页 |
