| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 缩写对比表 | 第11-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-27页 |
| 1.1 PAHs的危害及在环境中的分布 | 第15-17页 |
| 1.1.1 PAHs的分布及来源 | 第15-16页 |
| 1.1.2 PAHs的危害 | 第16-17页 |
| 1.2 PAHs污染的微生物修复 | 第17-22页 |
| 1.2.1 PAHs降解微生物 | 第18-20页 |
| 1.2.2 PAHs微生物降解途径及酶学研究 | 第20-22页 |
| 1.3 PAHs降解的组学研究 | 第22-24页 |
| 1.3.1 PAHs降解的基因组学研究 | 第22-23页 |
| 1.3.2 PAHs降解的转录组学研究 | 第23页 |
| 1.3.3 基于色谱技术的PAHs降解的代谢组学研究 | 第23-24页 |
| 1.4 微生物降解荧蒽的研究进展 | 第24-26页 |
| 1.5 本文的研究意义及内容 | 第26-27页 |
| 第二章 实验材料与方法 | 第27-41页 |
| 2.1 实验材料 | 第27-32页 |
| 2.1.1 菌株,质粒及引物 | 第27-29页 |
| 2.1.2 试剂 | 第29-30页 |
| 2.1.3 仪器 | 第30页 |
| 2.1.4 培养基的配制 | 第30-32页 |
| 2.2 实验方法 | 第32-41页 |
| 2.2.1 感受态细胞的制备 | 第32页 |
| 2.2.2 转化 | 第32-33页 |
| 2.2.3 DNA序列的测序分析 | 第33页 |
| 2.2.4 质粒小量提取方法 | 第33页 |
| 2.2.5 DNA纯化回收 | 第33页 |
| 2.2.6 聚合酶链反应(PCR) | 第33-34页 |
| 2.2.7 细菌RNA提取 | 第34页 |
| 2.2.8 反转录PCR(Reverse transcription PCR) | 第34-35页 |
| 2.2.9 实时荧光定量PCR(Quantitative Real-Time PCR) | 第35-36页 |
| 2.2.10 P.aeruginosa DN1全基因组测序及分析 | 第36-37页 |
| 2.2.11 P.aeruginosa DN1转录组测序及分析 | 第37-38页 |
| 2.2.12 基因突变菌株的构建 | 第38-39页 |
| 2.2.13 荧蒽降解实验及其产物的检测分析 | 第39-41页 |
| 第三章 结果与讨论 | 第41-77页 |
| 3.1 P.aeruginosa DN1基因组注释 | 第41-62页 |
| 3.1.1 P.aeruginosa DN1基因组基本特征 | 第41页 |
| 3.1.2 COG功能聚类分析 | 第41页 |
| 3.1.3 CRISPRs预测 | 第41-44页 |
| 3.1.4 基因岛预测 | 第44页 |
| 3.1.5 环境应激基因的预测 | 第44-45页 |
| 3.1.6 生物表面活性剂合成及调控基因预测 | 第45-48页 |
| 3.1.7 分类进化分析 | 第48-51页 |
| 3.1.8 与近缘菌株基因组比较分析 | 第51-54页 |
| 3.1.9 PAHs降解中间代谢途径 | 第54-62页 |
| 3.2 RNA-Seq转录组分析 | 第62-68页 |
| 3.2.1 RNA-Seq基本信息 | 第62页 |
| 3.2.2 基因的差异表达分析 | 第62-68页 |
| 3.3 P.aeruginosa DN1荧蒽降解途径初探 | 第68-77页 |
| 3.3.1 中间代谢产物检测分析 | 第68-71页 |
| 3.3.2 荧蒽降解途径的预测 | 第71-72页 |
| 3.3.3 突变菌株的构建 | 第72-73页 |
| 3.3.4 野生型与突变菌株的生长及荧蒽降解率的测定 | 第73-77页 |
| 结论 | 第77-79页 |
| 参考文献 | 第79-91页 |
| 攻读硕士学位期间取得的科研成果 | 第91-93页 |
| 致谢 | 第93-94页 |
