| 中文摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第1章 前言 | 第10-28页 |
| 1.1 紫杉醇(taxol)概述 | 第10-12页 |
| 1.1.1 紫杉醇简介 | 第10-11页 |
| 1.1.2 紫杉醇的应用 | 第11-12页 |
| 1.2 紫杉醇的生产 | 第12-20页 |
| 1.2.1 红豆杉提取法 | 第12页 |
| 1.2.2 化学合成法 | 第12-14页 |
| 1.2.3 细胞培养法 | 第14-15页 |
| 1.2.4 微生物发酵法 | 第15-19页 |
| 1.2.5 基因工程法 | 第19-20页 |
| 1.3 紫杉醇生物合成相关基因 | 第20-24页 |
| 1.3.1 紫杉醇生物合成途径 | 第20-22页 |
| 1.3.2 紫杉醇生物合成基因的克隆 | 第22-24页 |
| 1.4 高通量测序技术 | 第24-27页 |
| 1.4.1 高通量测序概述 | 第24-25页 |
| 1.4.2 高通量测序技术的应用 | 第25-27页 |
| 1.5 本试验研究的目的意义及主要研究内容 | 第27-28页 |
| 1.5.1 目的意义 | 第27页 |
| 1.5.2 主要研究内容 | 第27-28页 |
| 第2章 材料与方法 | 第28-38页 |
| 2.1 试验材料 | 第28-31页 |
| 2.1.1 菌株 | 第28页 |
| 2.1.2 培养基 | 第28页 |
| 2.1.3 主要仪器与设备 | 第28-29页 |
| 2.1.4 主要生化与分子生物学试剂 | 第29-31页 |
| 2.2 试验方法 | 第31-38页 |
| 2.2.1 确定菌株HDFS_(4-26)紫杉醇产生情况 | 第31-32页 |
| 2.2.2 构建Illumina PE文库 | 第32-37页 |
| 2.2.3 上机测序 | 第37页 |
| 2.2.4 生物信息学分析 | 第37-38页 |
| 第3章 结果与分析 | 第38-76页 |
| 3.1 不同发酵培养时间菌株HDFS_(4-26)紫杉醇产生情况 | 第38-40页 |
| 3.2 构建Illumina PE文库 | 第40-44页 |
| 3.2.1 菌株HDFS_(4-26)菌丝体总RNA提取 | 第40-42页 |
| 3.2.2 富集DNA片段构建Illumina PE文库 | 第42-44页 |
| 3.3 生物信息学分析 | 第44-76页 |
| 3.3.1 原始数据量统计及测序质量分析 | 第44-46页 |
| 3.3.2 测序数据质控统计 | 第46-47页 |
| 3.3.3 转录组拼接 | 第47-48页 |
| 3.3.4 转录组注释 | 第48-54页 |
| 3.3.5 与拼接结果比对 | 第54-55页 |
| 3.3.6 表达差异分析 | 第55-61页 |
| 3.3.7 GO富集显著性分析 | 第61-64页 |
| 3.3.8 KEGG pathway富集显著性分析 | 第64-67页 |
| 3.3.9 差异基因表达模式聚类分析 | 第67-69页 |
| 3.3.10 SNP分析 | 第69页 |
| 3.3.11 紫杉醇生物合成相关路径的差异表达分析 | 第69-76页 |
| 第4章 讨论 | 第76-79页 |
| 4.1 高通量测序方案设计 | 第76页 |
| 4.2 检测RNA质量标准 | 第76-77页 |
| 4.3 差异序列比对方法 | 第77-78页 |
| 4.4 紫杉醇合成差异基因分析 | 第78-79页 |
| 第5章 结论 | 第79-80页 |
| 第6章 本论文的创新点 | 第80-81页 |
| 参考文献 | 第81-89页 |
| 致谢 | 第89-90页 |
| 攻读硕士学位期间发表论文情况 | 第90-91页 |
| 攻读硕士学位期间参与研究课题情况 | 第91-92页 |
