| 摘要 | 第3-4页 |
| ABSTRACT | 第4页 |
| 第一章 文献综述 | 第7-26页 |
| 1.1 系统生物学 | 第7-9页 |
| 1.2 生物信息学 | 第9-11页 |
| 1.2.1 生物信息数据库 | 第9-10页 |
| 1.2.2 生物信息学软件 | 第10-11页 |
| 1.2.3 生物信息学与基因组尺度代谢网络模拟 | 第11页 |
| 1.3 基因组尺度代谢网络在代谢工程中的应用 | 第11-12页 |
| 1.4 基因组尺度代谢网络模型发展现状 | 第12-14页 |
| 1.5 基因组尺度代谢网络的模拟原理和算法 | 第14-18页 |
| 1.6 基因组尺度代谢网络模型构建步骤 | 第18-26页 |
| 1.6.1 基因组尺度代谢网络模型数据库的建立 | 第18-23页 |
| 1.6.2 数学模型的建立和计算 | 第23-26页 |
| 第二章 运动单胞菌基因组尺度代谢网络模型的构建 | 第26-42页 |
| 2.1 运动单胞菌 | 第26-27页 |
| 2.2 原始数据提取 | 第27-29页 |
| 2.2.1 提取基因列表 | 第27-28页 |
| 2.2.2 提取反应列表 | 第28-29页 |
| 2.3 数据的精炼 | 第29-36页 |
| 2.3.1 处理冗余反应 | 第29-30页 |
| 2.3.2 反应辅酶的确定 | 第30页 |
| 2.3.3 反应的配平 | 第30页 |
| 2.3.4 确定反应方向 | 第30-32页 |
| 2.3.5 确定菌体合成反应 | 第32页 |
| 2.3.6 细胞分室信息的加入 | 第32-33页 |
| 2.3.7 加入运输反应 | 第33页 |
| 2.3.8 交换反应（Exchange Reactions）的加入 | 第33-34页 |
| 2.3.9 提取代谢物列表并搜寻Gap | 第34-35页 |
| 2.3.10 分析并填补Gap | 第35-36页 |
| 2.4 GPR 关系的确定 | 第36页 |
| 2.5 将模型用SBML 表示 | 第36-37页 |
| 2.6 通过计算校正模型 | 第37-41页 |
| 结论 | 第41-42页 |
| 第三章 模拟与分析 | 第42-64页 |
| 3.1 Robustness 分析 | 第42-52页 |
| 3.1.1 菌体生长速率随葡萄糖吸收速率的变化 | 第42-43页 |
| 3.1.2 ATP 合成速率随葡萄糖吸收速率的变化 | 第43-44页 |
| 3.1.3 氮源吸收速率的影响 | 第44-47页 |
| 3.1.4 氢离子的影响 | 第47-48页 |
| 3.1.5 硫源的影响 | 第48-50页 |
| 3.1.6 乙醇的生产 | 第50-52页 |
| 3.2 表型相平面分析 | 第52-54页 |
| 3.2.1 碳源与氮源对运动单胞菌生长的影响 | 第52-53页 |
| 3.2.2 碳源与氮源对运动单胞菌代谢产物的影响 | 第53-54页 |
| 3.3 运动单胞菌其它副产物的产生 | 第54-59页 |
| 3.4 通过代谢工程利用木糖 | 第59-60页 |
| 3.5 关于基因必需性的模拟和预测 | 第60-62页 |
| 3.6 模拟运动单胞菌的批次培养 | 第62-64页 |
| 第四章 结论和展望 | 第64-66页 |
| 4.1 结论 | 第64-65页 |
| 4.2 展望 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-74页 |
| 附录 | 第74-82页 |
| 附录一：反应列表和代谢物列表实例 | 第74-75页 |
| 附录二：SBML 文件实例 | 第75-76页 |
| 附录三：部分VBA 代码 | 第76-79页 |
| 附录四：部分Matlab 代码 | 第79-81页 |
| 附录五：附件信息 | 第81-82页 |
| 发表论文和科研情况说明 | 第82-83页 |
| 致谢 | 第83页 |