| 中文摘要 | 第4-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 第一章 绪论 | 第13-23页 |
| 1.1 计算机分子模拟概述 | 第13-15页 |
| 1.2 蛋白质的功能、结构及三维结构预测 | 第15-20页 |
| 1.3 研究目的和研究内容 | 第20-23页 |
| 第二章 理论基础与计算方法 | 第23-51页 |
| 2.1 分子力学 | 第23-33页 |
| 2.1.1 力场 | 第23-31页 |
| 2.1.2 能量最小化 | 第31-33页 |
| 2.2 分子动力学 | 第33-38页 |
| 2.2.1 积分算法 | 第33-37页 |
| 2.2.2 长程静电力 | 第37-38页 |
| 2.3 布朗动力学 | 第38-39页 |
| 2.4 分子对接 | 第39-51页 |
| 2.4.1 采样算法 | 第40-43页 |
| 2.4.2 打分函数 | 第43-46页 |
| 2.4.3 对接策略 | 第46-51页 |
| 第三章 细胞色素P450 家族几类酶的分子对接研究 | 第51-77页 |
| 3.1 小鼠CYP2C38 及CYP2C39 活性中心比较分析——基于同源模建、分子动力学及分子对接的理论研究 | 第51-67页 |
| 3.1.1 引言 | 第51-52页 |
| 3.1.2 理论方法和步骤 | 第52-53页 |
| 3.1.3 结果与讨论 | 第53-66页 |
| 3.1.4 本节小结 | 第66-67页 |
| 3.2 含3-甲基吲哚基团的几类药物与人体CYP3A4 酶的分子对接的研究 | 第67-77页 |
| 3.2.1 引言 | 第67-68页 |
| 3.2.2 理论方法和步骤 | 第68-69页 |
| 3.2.3 结果与讨论 | 第69-75页 |
| 3.2.4 本节小结 | 第75-77页 |
| 第四章 布朗动力学预测蛋白-蛋白相互作用 | 第77-95页 |
| 4.1 引言 | 第77-78页 |
| 4.2 理论方法和步骤 | 第78-82页 |
| 4.2.1 全局采样 | 第78-79页 |
| 4.2.2 结构优化 | 第79-82页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第82-94页 |
| 4.3.1 结合态复合物对接 | 第82-86页 |
| 4.3.2 CAPRI竞赛体系的对接 | 第86-88页 |
| 4.3.3 对BD采样及静电相关性的讨论 | 第88-91页 |
| 4.3.4 对层状格点力场的讨论 | 第91-93页 |
| 4.3.5 晶体堆积对对接结果的影响 | 第93-94页 |
| 4.3.6 计算机时 | 第94页 |
| 4.4 本章小结 | 第94-95页 |
| 第五章 PIP_2分子打开KIR通道G-LOOP门控的分子机理研究 | 第95-123页 |
| 5.1 引言 | 第95-99页 |
| 5.2 理论方法和步骤 | 第99-102页 |
| 5.2.1 优化模型与搭建体系 | 第99-100页 |
| 5.2.2 分子对接 | 第100页 |
| 5.2.3 分子动力学模拟 | 第100-102页 |
| 5.2.4 分子动力学轨迹分析 | 第102页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第102-123页 |
| 5.3.1 在PIP_2 分子诱导下G-loop门控的打开 | 第102-105页 |
| 5.3.2 PIP_2 分子诱导下离子通道N末端的变化 | 第105-110页 |
| 5.3.3 PIP_2 分子的结合位点 | 第110-111页 |
| 5.3.4 氨基酸残基作用网络的变化 | 第111-119页 |
| 5.3.5 相关电生理实验数据 | 第119-122页 |
| 5.3.6 本章小结 | 第122-123页 |
| 参考文献 | 第123-155页 |
| 第一章参考文献 | 第123-127页 |
| 第二章参考文献 | 第127-139页 |
| 第三章参考文献 | 第139-145页 |
| 第四章参考文献 | 第145-151页 |
| 第五章参考文献 | 第151-155页 |
| 攻读博士学位期间发表和完成的论文 | 第155-157页 |
| 致谢 | 第157页 |
