| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5页 |
| 引言 | 第10-20页 |
| 0.1 蛋白质错误折叠与淀粉样聚集疾病 | 第10-11页 |
| 0.2 胱抑素的研究概况 | 第11页 |
| 0.3 人胱抑素C 与淀粉样脑血管疾病 | 第11-12页 |
| 0.4 人胱抑素C 的研究概况 | 第12-14页 |
| 0.4.1 人胱抑素C 及其突变体L68Q | 第12-13页 |
| 0.4.2 人胱抑素C 与结构域交换机制 | 第13-14页 |
| 0.5 分子动力学模拟的研究概况 | 第14-18页 |
| 0.5.1 分子动力学模拟简介及应用 | 第14-15页 |
| 0.5.2 胱抑素C 的分子动力学研究 | 第15-16页 |
| 0.5.3 拉伸分子动力学模拟简介及应用 | 第16-18页 |
| 0.6 分子对接的研究概况 | 第18页 |
| 0.7 研究目的和意义 | 第18-20页 |
| 第1章 HCC 二聚体的平衡分子动力学模拟 | 第20-26页 |
| 1.1 实验对象及软件 | 第21页 |
| 1.1.1 蛋白质结构来源 | 第21页 |
| 1.1.2 分子动力学模拟软件 | 第21页 |
| 1.2 实验方法和步骤 | 第21-23页 |
| 1.2.1 分子动力学平衡模拟的步骤 | 第21-22页 |
| 1.2.2 模拟轨迹及蛋白结构的分析 | 第22-23页 |
| 1.3 实验结果与讨论 | 第23-24页 |
| 1.3.1 蛋白结构稳定性分析 | 第23页 |
| 1.3.2 二聚体结构中氢键的分析 | 第23-24页 |
| 1.4 小结 | 第24-26页 |
| 第2章 HCC 二聚体中 AS 与helix-β2 区域的拉伸动力学模拟 | 第26-43页 |
| 2.1 实验对象及软件 | 第27页 |
| 2.1.1 蛋白质结构来源 | 第27页 |
| 2.1.2 分子动力学模拟软件 | 第27页 |
| 2.2 实验方法和步骤 | 第27-31页 |
| 2.2.1 拉伸分子动力学模拟的步骤 | 第27-28页 |
| 2.2.2 分子对接实验的步骤 | 第28-29页 |
| 2.2.3 拉伸回复实验的步骤 | 第29页 |
| 2.2.4 蛋白结构的分析 | 第29页 |
| 2.2.5 模拟轨迹的分析 | 第29-31页 |
| 2.2.6 对接距离的分析 | 第31页 |
| 2.3 实验结果与讨论 | 第31-41页 |
| 2.3.1 拉伸模拟中速度的选取 | 第31-32页 |
| 2.3.2 拉伸模拟中弹簧系数的选取 | 第32-33页 |
| 2.3.3 HCC 二聚体结构的变化 | 第33-34页 |
| 2.3.4 拉伸模拟中能量的分析 | 第34-35页 |
| 2.3.5 拉伸模拟中氨基酸能量的分析 | 第35-36页 |
| 2.3.6 拉伸模拟中氢键的分析 | 第36-37页 |
| 2.3.7 拉伸模拟中盐桥的分析 | 第37-38页 |
| 2.3.8 对接实验的分析 | 第38-39页 |
| 2.3.9 拉伸回复实验的分析 | 第39-41页 |
| 2.4 小结 | 第41-43页 |
| 第3章 HCC 二聚体中β2 与β3 区域的拉伸动力学模拟 | 第43-56页 |
| 3.1 实验对象及软件 | 第44页 |
| 3.1.1 蛋白质结构来源 | 第44页 |
| 3.1.2 分子动力学模拟软件 | 第44页 |
| 3.2 实验方法和步骤 | 第44-46页 |
| 3.2.1 拉伸分子动力学模拟的步骤 | 第44-45页 |
| 3.2.2 蛋白结构的分析 | 第45页 |
| 3.2.3 模拟轨迹的分析 | 第45-46页 |
| 3.3 实验结果与讨论 | 第46-54页 |
| 3.3.1 HCC 二聚体结构的变化 | 第46-47页 |
| 3.3.2 拉伸模拟中能量的分析 | 第47-48页 |
| 3.3.3 拉伸模拟中氨基酸能量的分析 | 第48-50页 |
| 3.3.4 拉伸模拟中氢键的分析 | 第50-52页 |
| 3.3.5 拉伸模拟中盐桥的分析 | 第52-53页 |
| 3.3.6 拉伸模拟中疏水作用力的分析 | 第53-54页 |
| 3.4 小结 | 第54-56页 |
| 结论与展望 | 第56-58页 |
| 参考文献 | 第58-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文及参加科研情况 | 第63-64页 |