| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩写词表 | 第15-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-37页 |
| 1.1 奶牛分子育种 | 第16-19页 |
| 1.1.1 标记辅助选择育种 | 第16-17页 |
| 1.1.2 基因组选择 | 第17-18页 |
| 1.1.3 转基因育种 | 第18-19页 |
| 1.2 奶牛重要经济性状候选基因的鉴定 | 第19-29页 |
| 1.2.1 标记-QTL连锁分析 | 第19-20页 |
| 1.2.2 候选基因关联分析 | 第20-21页 |
| 1.2.3 全基因组关联分析 | 第21-25页 |
| 1.2.4 转录组测序 | 第25-29页 |
| 1.3 奶牛乳成分性状候选基因研究进展 | 第29-35页 |
| 1.3.1 奶牛乳脂肪酸性状候选基因 | 第30-33页 |
| 1.3.2 奶牛乳蛋白性状候选基因 | 第33-35页 |
| 1.4 本研究目的意义和主要内容 | 第35-37页 |
| 第二章 利用全基因组关联分析鉴定中国荷斯坦牛乳脂肪酸含量性状候选基因 | 第37-84页 |
| 2.1 试验材料与方法 | 第37-42页 |
| 2.1.1 资源群体的构建 | 第37页 |
| 2.1.2 乳样和血样的采集 | 第37-38页 |
| 2.1.3 脂肪酸含量的测定 | 第38-39页 |
| 2.1.4 主要试剂和溶液配制 | 第39-40页 |
| 2.1.5 主要仪器设备 | 第40页 |
| 2.1.6 牛基因组DNA提取及基因型数据 | 第40页 |
| 2.1.7 基因型数据的质量控制 | 第40-41页 |
| 2.1.8 统计分析 | 第41页 |
| 2.1.9 关联分析结果的显著性检验 | 第41页 |
| 2.1.10 基因功能注释及候选基因的确定 | 第41-42页 |
| 2.2 结果与分析 | 第42-78页 |
| 2.2.1 脂肪酸表型的描述性统计量 | 第42-43页 |
| 2.2.2 基因型质量控制结果 | 第43-44页 |
| 2.2.3 固定效应分析结果 | 第44-48页 |
| 2.2.4 关联分析结果 | 第48-51页 |
| 2.2.5 影响牛乳脂肪酸含量性状的候选基因 | 第51-78页 |
| 2.3 讨论 | 第78-83页 |
| 2.3.1 牛乳脂肪酸表型及固定效应对其的影响 | 第78页 |
| 2.3.2 全基因组关联分析 | 第78-83页 |
| 2.4 小结 | 第83-84页 |
| 第三章 利用转录组测序鉴定中国荷斯坦牛乳蛋白性状及泌乳相关候选基因 | 第84-124页 |
| 3.1 试验材料 | 第84-86页 |
| 3.1.1 试验动物及试验设计 | 第84-85页 |
| 3.1.2 主要试剂及仪器设备 | 第85-86页 |
| 3.2 试验方法 | 第86-89页 |
| 3.2.1 乳腺组织活体采集 | 第86-87页 |
| 3.2.2 乳腺组织RNA提取及质量控制 | 第87页 |
| 3.2.3 cDNA文库制备 | 第87-89页 |
| 3.2.4 cDNA文库转录组测序 | 第89页 |
| 3.3 RNA-Seq数据处理及生物信息学分析 | 第89-94页 |
| 3.3.1 RNA-Seq原始数据质控 | 第89-90页 |
| 3.3.2 测序Reads比对 | 第90页 |
| 3.3.3 转录本表达水平确定及标准化 | 第90页 |
| 3.3.4 差异表达转录本筛选 | 第90-91页 |
| 3.3.5 差异表达基因qRT-PCR验证 | 第91-93页 |
| 3.3.6 差异表达基因的GO和KEGG富集分析 | 第93页 |
| 3.3.7 候选基因的确定 | 第93-94页 |
| 3.4 结果与分析 | 第94-118页 |
| 3.4.1 RNA提取与质量检测 | 第94-95页 |
| 3.4.2 RNA-Seq原始测序数据质控 | 第95页 |
| 3.4.3 样本重复相关性检查 | 第95-96页 |
| 3.4.4 参考序列比对结果 | 第96-101页 |
| 3.4.5 差异表达基因筛选 | 第101-107页 |
| 3.4.6 差异表达基因qRT-PCR验证 | 第107-108页 |
| 3.4.7 GO与KEGG分析 | 第108-114页 |
| 3.4.8 影响乳蛋白性状及泌乳相关的候选基因 | 第114-118页 |
| 3.5 讨论 | 第118-123页 |
| 3.5.1 乳腺组织活体取样 | 第118页 |
| 3.5.2 不同泌乳阶段下乳腺组织基因表达规律 | 第118页 |
| 3.5.3 新的乳蛋白候选基因的提出 | 第118-121页 |
| 3.5.4 干奶期下高低蛋白比较组和两个泌乳时期差异比较组 | 第121-122页 |
| 3.5.5 GO和Pathway | 第122页 |
| 3.5.6 其它 | 第122-123页 |
| 3.6 小结 | 第123-124页 |
| 第四章 候选基因与乳成分性状的遗传效应分析 | 第124-184页 |
| 4.1 试验材料 | 第125-129页 |
| 4.1.1 试验动物 | 第125-127页 |
| 4.1.2 性状表型记录 | 第127-128页 |
| 4.1.3 主要试剂和溶液配制 | 第128-129页 |
| 4.1.4 主要仪器设备 | 第129页 |
| 4.2 试验方法 | 第129-140页 |
| 4.2.1 牛凝血DNA提取 | 第129-130页 |
| 4.2.2 公牛冻精DNA提取 | 第130-131页 |
| 4.2.3 候选基因多态性检测 | 第131-136页 |
| 4.2.4 MALDI-TOF-MS技术进行SNP基因分型 | 第136-137页 |
| 4.2.5 数据统计分析 | 第137-140页 |
| 4.3 结果与分析 | 第140-178页 |
| 4.3.1 血样及冻精基因组DNA提取结果 | 第140页 |
| 4.3.2 SNP的检测 | 第140-145页 |
| 4.3.3 SNP的分型 | 第145-146页 |
| 4.3.4 Hardy-Weinberg检测结果 | 第146-149页 |
| 4.3.5 候选基因对乳成分性状的遗传效应 | 第149-178页 |
| 4.4 讨论 | 第178-182页 |
| 4.4.1 SCD基因 | 第178-179页 |
| 4.4.2 FASN、PPARGC1A、ABCG2和IGF1基因 | 第179-181页 |
| 4.4.3 SERPINA1、GALE、HSPA8和ERBB2基因 | 第181-182页 |
| 4.5 小结 | 第182-184页 |
| 第五章 结论 | 第184-186页 |
| 参考文献 | 第186-208页 |
| 致谢 | 第208-209页 |
| 附表 | 第209-216页 |
| 个人简介 | 第216-217页 |
