| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-24页 |
| 1.1 奶牛乳房炎的概述 | 第13-14页 |
| 1.1.1 奶牛乳房炎的发病原因 | 第13页 |
| 1.1.2 奶牛乳房炎的类型 | 第13-14页 |
| 1.1.3 奶牛乳房炎抗生素治疗产生的问题 | 第14页 |
| 1.2 革兰氏阴性细菌对畜牧业的影响 | 第14-16页 |
| 1.2.1 内毒素LPS的作用机制 | 第15-16页 |
| 1.3 NF-κB通路 | 第16-20页 |
| 1.3.1 NF-κB基因概况 | 第16页 |
| 1.3.2 NF-κB的结构 | 第16-18页 |
| 1.3.3 NF-κB的激活机制 | 第18-19页 |
| 1.3.4NF-κB与疾病 | 第19-20页 |
| 1.4 牛乳腺上皮细胞 | 第20-21页 |
| 1.5 miRNA和奶牛乳房炎 | 第21页 |
| 1.6 QTL与奶牛乳房炎 | 第21-22页 |
| 1.7 本研究的目的和意义 | 第22-24页 |
| 1.7.1 实验目的 | 第22页 |
| 1.7.2 实验设计 | 第22-23页 |
| 1.7.3 实验的意义 | 第23-24页 |
| 第二章 奶牛乳腺上皮细胞的培养与脂多糖LPS的刺激 | 第24-29页 |
| 2.1 材料和方法 | 第24页 |
| 2.1.1 实验试剂和细胞 | 第24页 |
| 2.1.2 细胞培养和LPS刺激 | 第24页 |
| 2.1.3 总RNA的提取与质量检测 | 第24页 |
| 2.2 实验结果与分析 | 第24-27页 |
| 2.2.1 细胞培养 | 第24-25页 |
| 2.2.2 细胞总RNA的质量检测 | 第25-27页 |
| 2.3 讨论 | 第27-29页 |
| 第三章 LPS刺激的牛乳腺上皮细胞转录组测序分析 | 第29-58页 |
| 3.1 材料和方法 | 第29-34页 |
| 3.1.1 转录组文库制备 | 第29页 |
| 3.1.2 数据库信息 | 第29-30页 |
| 3.1.3 数据分析程序 | 第30页 |
| 3.1.4 测序和数据初步处理 | 第30-31页 |
| 3.1.5 数据的生物信息学分析 | 第31-34页 |
| 3.2 结果和分析 | 第34-56页 |
| 3.2.1 测序数据质量预处理结果 | 第34-35页 |
| 3.2.2 参考基因组比对 | 第35-38页 |
| 3.2.3 新转录本预测 | 第38页 |
| 3.2.4 基因表达水品分析 | 第38-41页 |
| 3.2.5 基因差异表达分析 | 第41-52页 |
| 3.2.6 SNP和Indel分析 | 第52-54页 |
| 3.2.7 可变剪切分析 | 第54-56页 |
| 3.3 讨论 | 第56-57页 |
| 3.4 小结 | 第57-58页 |
| 第四章 LPS刺激的牛乳腺上皮细胞miRNA测序分析 | 第58-76页 |
| 4.1 材料和方法 | 第58-62页 |
| 4.1.1 试验流程 | 第58-60页 |
| 4.1.2 数据库信息 | 第60页 |
| 4.1.3 数据分析程序 | 第60-61页 |
| 4.1.4 名词和术语 | 第61页 |
| 4.1.5 miRNA靶基因预测和富集性分析 | 第61-62页 |
| 4.2 结果与分析 | 第62-73页 |
| 4.2.1 测序数据产出总览 | 第62-64页 |
| 4.2.2 Rfam数据库比对 | 第64-65页 |
| 4.2.3 miRNA的检出和发现 | 第65-66页 |
| 4.2.4 miRNA长度分布 | 第66页 |
| 4.2.5 miRNA的保守型分析 | 第66-68页 |
| 4.2.6 miRNA差异表达分析 | 第68-72页 |
| 4.2.7 显著性差异表达miRNA靶基因预测 | 第72-73页 |
| 4.3 讨论 | 第73-75页 |
| 4.4 小结 | 第75-76页 |
| 第五章 LPS刺激的牛乳腺上皮细胞中miRNA和转录组测序结果联合分析 | 第76-105页 |
| 5.1 材料和方法 | 第76-81页 |
| 5.1.1 材料 | 第76页 |
| 5.1.2 方法 | 第76-81页 |
| 5.2 结果和分析 | 第81-103页 |
| 5.2.1 转录组和miRNA测序结果联合分析 | 第81-82页 |
| 5.2.2 相关的GO条目和KEGG通路上mRNA和miRNA关系对分析 | 第82-94页 |
| 5.2.3 炎症相关的GO条目和KEGG通路上mRNA和miRNA关系对分析 | 第94-95页 |
| 5.2.4 NF-κB和Type Ⅰ IFN通路分析 | 第95-99页 |
| 5.2.5 QT-PCR验证结果 | 第99-103页 |
| 5.3 讨论 | 第103-104页 |
| 5.4 小结 | 第104-105页 |
| 第六章 NF-ΚB通路基因和相关MIRNA在健康和患乳腺炎荷斯坦奶牛中的表达谱分析 | 第105-117页 |
| 6.1 实验材料和方法 | 第105-106页 |
| 6.1.1 试验样品采集 | 第105页 |
| 6.1.2 miRNA实验数据收集 | 第105页 |
| 6.1.3 实时定量PCR引物设计 | 第105-106页 |
| 6.2 结果和分析 | 第106-114页 |
| 6.2.1 25个NF-κB通路相关的miRNA的表达量 | 第106-109页 |
| 6.2.2 14个基因在LPS刺激细胞和健康/患病牛的9个组织的表达量 | 第109-114页 |
| 6.3 讨论 | 第114-116页 |
| 6.4 小结 | 第116-117页 |
| 第七章 NF-ΚB通路基因多态性与中国荷斯坦奶牛生产性状的关联性分析 | 第117-134页 |
| 7.1 实验材料和方法 | 第117-121页 |
| 7.1.1 实验材料 | 第117页 |
| 7.1.2 试验方法 | 第117-119页 |
| 7.1.3 数据处理和分析 | 第119-121页 |
| 7.2 结果和分析 | 第121-132页 |
| 7.2.1 NF-κB通路基因单核苷酸多态性位点筛选和基因分型 | 第121-125页 |
| 7.2.2 遗传多样性分析 | 第125-126页 |
| 7.2.3 单核苷酸多态性位点（SNPs）与中国荷斯坦奶牛产奶性状和体细胞评分（SCS）关联性分析 | 第126-132页 |
| 7.3 讨论 | 第132页 |
| 7.4 小结 | 第132-134页 |
| 结论 | 第134-136页 |
| 创新点 | 第136-137页 |
| 参考文献 | 第137-152页 |
| 附件 | 第152-167页 |
| 个人简介 | 第167-168页 |
| 致谢 | 第168页 |
