融合基因表达数据的生物代谢建模分析
| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-20页 |
| 1.1 研究背景 | 第10-12页 |
| 1.2 研究现状 | 第12-14页 |
| 1.3 本文的研究内容 | 第14-17页 |
| 1.3.1 本文的研究内容 | 第14-16页 |
| 1.3.2 本文的特色工作 | 第16-17页 |
| 1.4 本文的工作安排 | 第17-20页 |
| 第二章 融合基因表达差异的微生物代谢研究 | 第20-32页 |
| 2.1 实验数据的准备 | 第20-21页 |
| 2.2 使用代谢差异模型预测微生物代谢流量变化 | 第21-26页 |
| 2.2.1 实验数据预处理 | 第21页 |
| 2.2.2 代谢差异模型 | 第21-24页 |
| 2.2.3 实验结果 | 第24-26页 |
| 2.3 使用流量平衡模型预测微生物代谢流量分布 | 第26-30页 |
| 2.3.1 实验数据预处理 | 第26页 |
| 2.3.2 流量平衡模型 | 第26-27页 |
| 2.3.3 经典的流量平衡模型 | 第27-28页 |
| 2.3.4 实验结果 | 第28-30页 |
| 2.4 经典的流量平衡模型与差异模型结果比较 | 第30-31页 |
| 2.5 本章小结 | 第31-32页 |
| 第三章 融合基因表达差异的癌症代谢变化研究 | 第32-48页 |
| 3.1 本章研究内容 | 第32-33页 |
| 3.2 代谢通路变化的判定 | 第33-34页 |
| 3.3 肾癌相对正常肾脏的代谢变化 | 第34-41页 |
| 3.3.1 数据预处理 | 第34-35页 |
| 3.3.2 显著变化的代谢反应 | 第35-39页 |
| 3.3.3 显著变化的代谢通路 | 第39-41页 |
| 3.4 GSEA与差异模型方法比较 | 第41-43页 |
| 3.5 基于差异模型的癌症代谢共性研究 | 第43-46页 |
| 3.5.1 癌症细胞显著变化的代谢反应共性研究 | 第43-44页 |
| 3.5.2 癌症细胞显著变化的代谢通路共性研究 | 第44-46页 |
| 3.6 本章小结 | 第46-48页 |
| 第四章 基于代谢网络重构的癌症代谢研究 | 第48-62页 |
| 4.1 代谢网络重构的意义 | 第48-49页 |
| 4.2 基于TCGA基因表达数据的人类代谢重构 | 第49-53页 |
| 4.2.1 数据预处理 | 第51-52页 |
| 4.2.2 代谢网络重构模型 | 第52-53页 |
| 4.3 方法应用 | 第53-60页 |
| 4.3.1 17种人类细胞组织的工作网络 | 第53-57页 |
| 4.3.2 17种癌症细胞的代谢共性分析 | 第57-58页 |
| 4.3.3 17种癌症细胞相对正常组织的代谢特性 | 第58-60页 |
| 4.4 本章小结 | 第60-62页 |
| 第五章 结论 | 第62-66页 |
| 5.1 工作总结 | 第62-64页 |
| 5.2 未来主要工作 | 第64-66页 |
| 参考文献 | 第66-72页 |
| 致谢 | 第72-74页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第74页 |
