融合基因组特征信息识别盒式外显子的研究
| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 第一章 绪论 | 第12-16页 |
| 1.1 研究背景 | 第12-13页 |
| 1.2 研究现状 | 第13-14页 |
| 1.3 研究内容 | 第14-16页 |
| 第二章 选择性剪接的生物学基础 | 第16-26页 |
| 2.1 基因剪接 | 第16-18页 |
| 2.1.1 生物中心法则 | 第16页 |
| 2.1.2 选择性剪接的基本过程 | 第16-17页 |
| 2.1.3 选择性剪接的调控机制 | 第17-18页 |
| 2.2 选择性剪接的研究方法 | 第18-20页 |
| 2.2.1 基于比较基因组学的方法 | 第18-19页 |
| 2.2.2 基于高通量测序的方法 | 第19页 |
| 2.2.3 基于基因组序列特征的方法 | 第19-20页 |
| 2.3 生物数据库 | 第20-25页 |
| 2.3.1 GenBank | 第20-21页 |
| 2.3.2 EMBL | 第21页 |
| 2.3.3 DDBJ | 第21-22页 |
| 2.3.4 UCSC | 第22-25页 |
| 2.4 本章小结 | 第25-26页 |
| 第三章 特征提取与分类模型 | 第26-39页 |
| 3.1 基因组特征提取 | 第26-28页 |
| 3.1.1 外显子长度 | 第26页 |
| 3.1.2 核苷酸组成 | 第26-27页 |
| 3.1.3 剪接位点信号强度 | 第27页 |
| 3.1.4 剪接调控元件分布 | 第27-28页 |
| 3.1.5 进化保守性 | 第28页 |
| 3.2 分类模型 | 第28-38页 |
| 3.2.1 决策树 | 第28-31页 |
| 3.2.2 多层感知机 | 第31-33页 |
| 3.2.3 朴素贝叶斯 | 第33-36页 |
| 3.2.4 支持向量机 | 第36-38页 |
| 3.3 本章小结 | 第38-39页 |
| 第四章 人基因组盒式外显子的识别与预测 | 第39-57页 |
| 4.1 数据准备 | 第39-45页 |
| 4.1.1 组成外显子序列数据 | 第40-43页 |
| 4.1.2 盒式外显子序列数据 | 第43-45页 |
| 4.2 人类基因组特征提取 | 第45-50页 |
| 4.2.1 外显子长度计算 | 第45-46页 |
| 4.2.2 碱基组成计算 | 第46-47页 |
| 4.2.3 剪接位点信号强度检测 | 第47-48页 |
| 4.2.4 剪接调控元件分布计算 | 第48-50页 |
| 4.2.5 进化保守性计算 | 第50页 |
| 4.3 构建分类模型 | 第50-53页 |
| 4.3.1 基于支持向量机模型 | 第51-52页 |
| 4.3.2 基于决策树模型 | 第52页 |
| 4.3.3 基于多层感知机模型 | 第52页 |
| 4.3.4 基于朴素贝叶斯模型 | 第52-53页 |
| 4.4 实验结果分析 | 第53-56页 |
| 4.5 本章小结 | 第56-57页 |
| 第五章 总结与展望 | 第57-59页 |
| 参考文献 | 第59-63页 |
| 致谢 | 第63-64页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文和取得的科研成果 | 第64-65页 |
| 攻读硕士学位期间参加的科研项目 | 第65页 |
