| 摘要 | 第6-8页 |
| abstract | 第8-9页 |
| 英文缩略表 | 第12-13页 |
| 第一章 引言 | 第13-22页 |
| 1.1 烟草烟碱 | 第13-18页 |
| 1.1.1 烟草烟碱的利用价值 | 第13-14页 |
| 1.1.2 烟草烟碱合成代谢途径 | 第14-16页 |
| 1.1.3 烟碱的积累及其分布情况 | 第16页 |
| 1.1.4 影响烟碱含量的因素 | 第16-18页 |
| 1.2 关联分析 | 第18-20页 |
| 1.2.1 应用新一代分子标记开展关联分析的基础——SNP和LD | 第18页 |
| 1.2.2 关联分析的原理及特点 | 第18-19页 |
| 1.2.3 全基因组关联分析 | 第19-20页 |
| 1.2.4 关联分析的影响因素 | 第20页 |
| 1.3 研究的目的和意义 | 第20-21页 |
| 1.4 技术路线 | 第21-22页 |
| 第二章 烤烟烟碱含量的全基因组关联分析 | 第22-32页 |
| 2.1 前言 | 第22页 |
| 2.2 材料与方法 | 第22-24页 |
| 2.2.1 供试材料的构建 | 第22-23页 |
| 2.2.2 供试材料烟碱含量的测定 | 第23页 |
| 2.2.3 简化基因组重测序（RAD-Seq）及SNP鉴定 | 第23页 |
| 2.2.4 数据分析 | 第23-24页 |
| 2.2.5 候选基因预测 | 第24页 |
| 2.2.6 SNP标记转化 | 第24页 |
| 2.3 结果与分析 | 第24-30页 |
| 2.3.1 烟草种质烟碱含量的表型变异统计分析 | 第24-25页 |
| 2.3.2 供试群体简化基因组重测序 | 第25-26页 |
| 2.3.3 供试群体遗传多样性分析 | 第26-27页 |
| 2.3.4 供试群体SNP变异位点与烟碱含量的全基因组关联分析 | 第27页 |
| 2.3.5 高烟碱含量优异等位变异的筛选 | 第27-28页 |
| 2.3.6 烟碱含量相关候选基因预测 | 第28-29页 |
| 2.3.7 SNP位点的功能标记开发 | 第29-30页 |
| 2.4 讨论与结论 | 第30-32页 |
| 2.4.1 烟碱含量定位结果比较分析 | 第30-31页 |
| 2.4.2 关联位点在烟草分子育种中的应用 | 第31页 |
| 2.4.3 问题与展望 | 第31-32页 |
| 第三章 烟草PMT基因单核苷酸多态性与烟碱含量变异的研究 | 第32-37页 |
| 3.1 前言 | 第32页 |
| 3.2 材料与方法 | 第32-34页 |
| 3.2.1 供试群体及其烟碱含量测定 | 第32-33页 |
| 3.2.2 PMT相关序列信息 | 第33页 |
| 3.2.3 全基因组重测序及SNP鉴定 | 第33页 |
| 3.2.4 数据分析 | 第33页 |
| 3.2.5 SNP位点的功能标记开发 | 第33-34页 |
| 3.3 结果与分析 | 第34-36页 |
| 3.3.1 PMT序列分析 | 第34页 |
| 3.3.2 PMT基因的单核苷酸多态性分布及其结构分析 | 第34页 |
| 3.3.3 PMT基因单核苷酸多态性与供试品种烟碱含量 | 第34-35页 |
| 3.3.4 SNP位点的PCR标记转化 | 第35-36页 |
| 3.4 讨论与结论 | 第36-37页 |
| 第四章 基于烟碱合成关键基因表达量的全基因组关联分析 | 第37-43页 |
| 4.1 前言 | 第37页 |
| 4.2 材料与方法 | 第37-38页 |
| 4.2.1 供试材料的构建 | 第37页 |
| 4.2.2 供试材料的无土均一化培养 | 第37-38页 |
| 4.2.3 PMT、QPT基因表达量检测 | 第38页 |
| 4.2.4 简化基因组重测序（RAD-Seq）及SNP鉴定 | 第38页 |
| 4.2.5 数据分析 | 第38页 |
| 4.3 结果与分析 | 第38-41页 |
| 4.3.1 烟草种质烟碱含量的表型变异统计分析 | 第38-39页 |
| 4.3.2 供试群体简化基因组重测序、群体遗传多样性分析 | 第39-40页 |
| 4.3.3 供试群体SNP变异位点与PMT、QPT基因表达量的全基因组关联分析 | 第40-41页 |
| 4.4 讨论与结论 | 第41-43页 |
| 4.4.1 鉴定方法比较分析 | 第41页 |
| 4.4.2 定位结果比较分析 | 第41-43页 |
| 第五章 全文结论及创新点 | 第43-44页 |
| 5.1 结论 | 第43页 |
| 5.2 创新点 | 第43-44页 |
| 参考文献 | 第44-50页 |
| 附录 | 第50-56页 |
| 附录 1 | 第50-54页 |
| 附录 2 | 第54-56页 |
| 致谢 | 第56-57页 |
| 作者简历 | 第57页 |
