| 学位论文数据集 | 第4-5页 |
| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-9页 |
| 符号说明 | 第20-21页 |
| 第一章 绪论 | 第21-33页 |
| 1.1 环境微生物学 | 第21页 |
| 1.2 冻土区地下岩石圈微生物生态系统 | 第21-23页 |
| 1.2.1 浅层冻土生态系统 | 第22页 |
| 1.2.2 深层岩石生态系统 | 第22-23页 |
| 1.3 深层地下微生物学 | 第23-25页 |
| 1.4 环境微生物研究相关方法 | 第25-29页 |
| 1.4.1 样品采集与处理 | 第25页 |
| 1.4.2 培养的方法 | 第25页 |
| 1.4.3 生理学 | 第25-26页 |
| 1.4.4 分类学 | 第26-27页 |
| 1.4.5 显微技术 | 第27页 |
| 1.4.6 多样性分析 | 第27-29页 |
| 1.4.7 丰度分析 | 第29页 |
| 1.5 高通量测序技术在环境微生物学中的应用 | 第29-33页 |
| 1.5.1 16S/18S/ITS靶基因测序研究微生物群落多样性 | 第30-31页 |
| 1.5.2 功能靶基因测序研究微生物群落功能 | 第31页 |
| 1.5.3 宏组测序研究微生物群落功能 | 第31-33页 |
| 第一章 样品采集与处理及理化性质分析 | 第33-37页 |
| 2.1 引言 | 第33页 |
| 2.2 材料 | 第33页 |
| 2.3 方法 | 第33-35页 |
| 2.3.1 样品采集 | 第33-34页 |
| 2.3.2 样品切割研磨 | 第34页 |
| 2.3.3 理化性质测定 | 第34-35页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第35-36页 |
| 2.4.1 样品采集与处理 | 第35页 |
| 2.4.2 理化性质 | 第35-36页 |
| 2.5 小结 | 第36-37页 |
| 第三章 可培养微生物的多样性与低温菌产酶特性 | 第37-51页 |
| 3.1 引言 | 第37页 |
| 3.2 材料 | 第37页 |
| 3.3 方法 | 第37-40页 |
| 3.3.1 涂布平板 | 第37页 |
| 3.3.2 划线分离 | 第37页 |
| 3.3.3 菌种保藏 | 第37页 |
| 3.3.4 PCR扩增16S rRNA基因 | 第37-38页 |
| 3.3.5 测序 | 第38页 |
| 3.3.6 菌种鉴定和多样性分析 | 第38页 |
| 3.3.7 构建系统发育树 | 第38-39页 |
| 3.3.8 低温菌鉴定 | 第39页 |
| 3.3.9 低温菌产酶特性初步分析 | 第39页 |
| 3.3.10 低温菌摇瓶发酵和酶活测定 | 第39-40页 |
| 3.4 结果与讨论 | 第40-50页 |
| 3.4.1 平板计数 | 第40-41页 |
| 3.4.2 EZTaxon-e鉴定结果 | 第41-42页 |
| 3.4.3 系统发育树 | 第42-44页 |
| 3.4.4 低温菌鉴定结果与初步产酶特性 | 第44-48页 |
| 3.4.5 低温菌生长曲线及酶活特性 | 第48-50页 |
| 3.5 小结 | 第50-51页 |
| 第四章 454高通量测序揭示细菌多样性 | 第51-63页 |
| 4.1 引言 | 第51页 |
| 4.2 材料 | 第51页 |
| 4.3 方法 | 第51-54页 |
| 4.3.1 提取基因组 | 第51页 |
| 4.3.2 PCR扩增 | 第51-52页 |
| 4.3.3 454测序 | 第52页 |
| 4.3.4 生物信息学分析 | 第52-54页 |
| 4.4 结果与讨论 | 第54-60页 |
| 4.4.1 PCR扩增结果 | 第54-55页 |
| 4.4.2 下机数据预处理 | 第55页 |
| 4.4.3 群落结构 | 第55-59页 |
| 4.4.4 Alpha多样性 | 第59页 |
| 4.4.5 Beta多样性 | 第59页 |
| 4.4.6 Phylotype分析 | 第59-60页 |
| 4.5 小结 | 第60-63页 |
| 第五章 古菌多样性与甲烷成因 | 第63-73页 |
| 5.1 引言 | 第63页 |
| 5.2 材料 | 第63页 |
| 5.3 方法 | 第63-66页 |
| 5.3.1 基因组提取 | 第63页 |
| 5.3.2 巢式PCR扩增古菌16S rRNA基因 | 第63-65页 |
| 5.3.3 克隆文库构建 | 第65页 |
| 5.3.4 克隆文库分析 | 第65页 |
| 5.3.5 454测序文库构建 | 第65页 |
| 5.3.6 454测序 | 第65页 |
| 5.3.7 生物信息学分析 | 第65-66页 |
| 5.4 结果与讨论 | 第66-71页 |
| 5.4.1 克隆文库 | 第66页 |
| 5.4.2 454测序数据预处理 | 第66-67页 |
| 5.4.3 古菌群落结构 | 第67页 |
| 5.4.4 古菌群落多样性 | 第67-69页 |
| 5.4.5 Phylotype分析 | 第69-71页 |
| 5.5 小结 | 第71-73页 |
| 第六章 实时荧光定量PCR测定微生物菌群丰度 | 第73-81页 |
| 6.1 引言 | 第73页 |
| 6.2 材料 | 第73页 |
| 6.3 方法 | 第73-75页 |
| 6.3.1 基因克隆载体的构建 | 第73页 |
| 6.3.2 质粒提取 | 第73-74页 |
| 6.3.3 基因组提取 | 第74页 |
| 6.3.4 实时荧光定量PCR | 第74-75页 |
| 6.4 结果与讨论 | 第75-79页 |
| 6.4.1 标准曲线 | 第75页 |
| 6.4.2 定量结果 | 第75-79页 |
| 6.5 小结 | 第79-81页 |
| 第七章 一株新种微生物的分类鉴定 | 第81-95页 |
| 7.1 引言 | 第81页 |
| 7.2 材料 | 第81页 |
| 7.3 方法 | 第81-86页 |
| 7.3.1 16S rRNA基因和系统发育分析 | 第81-82页 |
| 7.3.2 表型 | 第82-83页 |
| 7.3.3 GC含量 | 第83-84页 |
| 7.3.4 脂肪酸 | 第84页 |
| 7.3.5 极性脂 | 第84-85页 |
| 7.3.6 呼吸醌 | 第85页 |
| 7.3.7 多胺 | 第85-86页 |
| 7.4 结果与讨论 | 第86-94页 |
| 7.4.1 基因型与系统发育分析 | 第86-88页 |
| 7.4.2 表型特征 | 第88-90页 |
| 7.4.3 化学特征 | 第90-93页 |
| 7.4.4 漠河杆菌的描述 | 第93-94页 |
| 7.4.5 参考菌株的修订 | 第94页 |
| 7.5 小结 | 第94-95页 |
| 第八章 结论与建议 | 第95-99页 |
| 8.1 结论 | 第95-96页 |
| 8.2 创新性 | 第96页 |
| 8.3 问题与建议 | 第96-99页 |
| 参考文献 | 第99-111页 |
| 附录 | 第111-143页 |
| 一、常用材料 | 第111-121页 |
| 1. 仪器 | 第111-112页 |
| 2. 药品 | 第112-116页 |
| 3. 培养基 | 第116-119页 |
| 4. 试剂 | 第119-121页 |
| 二、常规方法 | 第121-126页 |
| 1. 环境样品基因组提取 | 第121页 |
| 2. PCR产物纯化 | 第121-122页 |
| 3. 连接、转化与蓝白斑筛选 | 第122-123页 |
| 4. 质粒提取 | 第123-124页 |
| 5. 细菌基因组提取 | 第124页 |
| 6. 电镜制样 | 第124-126页 |
| 三、漠河菌种库 | 第126-134页 |
| 四、R脚本 | 第134-143页 |
| 1. 序列长度与质量统计图 | 第134页 |
| 2. Alpha多样性图 | 第134-135页 |
| 3. 门级群落结构柱形图和热图 | 第135-136页 |
| 4. Phylotype分析 | 第136-139页 |
| 5. UniFrac热图 | 第139页 |
| 6. 二维和三维PCA图 | 第139-140页 |
| 7. 排序图 | 第140-143页 |
| 致谢 | 第143-145页 |
| 作者攻读学位期间的研究成果和发表的学术论文目录 | 第145-147页 |
| 作者与导师简介 | 第147-148页 |
| 附件 | 第148-149页 |