| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第1章 绪论 | 第13-34页 |
| 1.1 本文采用的分子模拟方法简介 | 第13-19页 |
| 1.1.1 蛋白质三维结构预测 | 第13-18页 |
| 1.1.1.1 同源建模法 | 第13-17页 |
| 1.1.1.2 折叠识别法 | 第17页 |
| 1.1.1.3 从头预测法 | 第17-18页 |
| 1.1.2 分子对接 | 第18页 |
| 1.1.3 分子动力学 | 第18-19页 |
| 1.2 氧化还原酶催化 | 第19-21页 |
| 1.3 辅酶Ⅰ和辅酶Ⅱ | 第21-22页 |
| 1.4 改造辅酶特异性的重要意义 | 第22-27页 |
| 1.5 辅酶特异性改造的研究现状 | 第27-31页 |
| 1.6 研究目标、内容以及意义 | 第31-34页 |
| 1.6.1 研究目标 | 第31页 |
| 1.6.2 研究内容 | 第31-32页 |
| 1.6.3 创新点 | 第32-33页 |
| 1.6.4 研究意义 | 第33-34页 |
| 第2章 有辅酶结合的氧化还原酶Gox0644的模型构建 | 第34-42页 |
| 2.1 引言 | 第34页 |
| 2.2 材料和方法 | 第34-36页 |
| 2.2.1 硬件配置 | 第34-35页 |
| 2.2.2 软件配置 | 第35页 |
| 2.2.3 实验方法 | 第35-36页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第36-41页 |
| 2.4 小结 | 第41-42页 |
| 第3章 烟酰胺辅酶结合motif的研究 | 第42-54页 |
| 3.1 引言 | 第42页 |
| 3.2 基于sequence motif的辅酶结合规律的研究 | 第42-45页 |
| 3.3 基于蛋白质结构的辅酶结合规律的研究 | 第45-47页 |
| 3.4 利用分子动力学的手段研究NADPH结合的影响因素 | 第47-52页 |
| 3.4.1 背景介绍 | 第47-49页 |
| 3.4.2 材料和方法 | 第49-50页 |
| 3.4.2.1 软硬件配置 | 第49页 |
| 3.4.2.2 分子动力学参数设置 | 第49-50页 |
| 3.4.3 结果与讨论 | 第50-52页 |
| 3.5 小结 | 第52-54页 |
| 第4章 与辅酶结合有关的保守催化残基的功能探究 | 第54-68页 |
| 4.1 引言 | 第54-55页 |
| 4.2 材料和方法 | 第55-57页 |
| 4.2.1 软硬件配置 | 第55-56页 |
| 4.2.2 模型的准备 | 第56页 |
| 4.2.3 分子动力学模拟的参数设置 | 第56-57页 |
| 4.3 结果 | 第57-66页 |
| 4.3.1 比较和分析两个晶体结构 | 第57-59页 |
| 4.3.2 动力学轨迹的设定 | 第59-63页 |
| 4.3.3 动力学轨迹的结果 | 第63-66页 |
| 4.4 讨论 | 第66-67页 |
| 4.5 小结 | 第67-68页 |
| 第5章 计算机辅助的辅酶特异性从NADH到NADPH的改造 | 第68-90页 |
| 5.1 引言 | 第68-70页 |
| 5.2 计算机辅助的辅酶特异性从NADH到NADPH改造的初试 | 第70-81页 |
| 5.2.1 实验流程简述 | 第70-72页 |
| 5.2.2 材料与方法 | 第72-73页 |
| 5.2.2.1 计算模拟的方法 | 第72页 |
| 5.2.2.2 主要实验材料与试剂 | 第72-73页 |
| 5.2.2.3 突变蛋白的表达与酶活测定 | 第73页 |
| 5.2.3 结果 | 第73-79页 |
| 5.2.3.1 突变蛋白的稳定性预测 | 第73-74页 |
| 5.2.3.2 计算模拟的结果 | 第74-79页 |
| 5.2.3.3 实验结果 | 第79页 |
| 5.2.4 讨论 | 第79-80页 |
| 5.2.5 本部分小结 | 第80-81页 |
| 5.3 计算机辅助的辅酶特异性从NADH到NADPH改造设计的新方法 | 第81-89页 |
| 5.3.1 引言 | 第81页 |
| 5.3.2 改造设计的流程 | 第81-82页 |
| 5.3.3 材料和方法 | 第82-83页 |
| 5.3.4 结果 | 第83-88页 |
| 5.3.4.1 突变设计 | 第83页 |
| 5.3.4.2 验证突变蛋白的稳定性 | 第83-84页 |
| 5.3.4.3 计算模拟的结果 | 第84-87页 |
| 5.3.4.4 实验结果 | 第87-88页 |
| 5.3.5 讨论 | 第88-89页 |
| 5.3.6 本部分小结 | 第89页 |
| 5.4 本章小结 | 第89-90页 |
| 第6章 计算机辅助的辅酶特异性从NADPH到NADH的设计改造 | 第90-100页 |
| 6.1 前言 | 第90-91页 |
| 6.2 材料和方法 | 第91-94页 |
| 6.2.1 突变蛋白设计 | 第91-93页 |
| 6.2.2 计算模拟部分 | 第93-94页 |
| 6.2.3 蛋白表达和酶活测定实验部分 | 第94页 |
| 6.2.3.1 主要试剂与材料 | 第94页 |
| 6.2.3.2 主要实验方法 | 第94页 |
| 6.3 结果 | 第94-98页 |
| 6.3.1 突变蛋白的稳定性预测 | 第94-95页 |
| 6.3.2 计算模拟的结果 | 第95-97页 |
| 6.3.3 实验结果 | 第97-98页 |
| 6.4 讨论 | 第98-99页 |
| 6.5 小结 | 第99-100页 |
| 第7章 结论 | 第100-102页 |
| 参考文献 | 第102-114页 |
| 论文发表情况 | 第114-115页 |
| 致谢 | 第115页 |
