| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 1 前言 | 第10-16页 |
| 1.1 柑橘溃疡病的危害与分布 | 第10-11页 |
| 1.2 柑桔溃疡病菌的分类地位及菌系分化 | 第11-12页 |
| 1.3 柑橘溃疡病菌基因组学研究 | 第12-13页 |
| 1.4 细菌基因组中CRISPR的研究进展 | 第13-14页 |
| 1.5 本文的研究目的及意义 | 第14-16页 |
| 2 材料和方法 | 第16-28页 |
| 2.1 柑橘溃疡病菌的分离与保存 | 第16-17页 |
| 2.1.1 柑桔溃疡病菌的采集与分离 | 第16-17页 |
| 2.1.2 柑橘溃疡病菌测序菌株的保存与复苏 | 第17页 |
| 2.2 柑橘溃疡病菌测序菌株基因组DNA的制备 | 第17-18页 |
| 2.3 CRISRP5序列的克隆与测序 | 第18-20页 |
| 2.3.1 CRISPR5序列的PCR扩增 | 第18-19页 |
| 2.3.2 扩增产物的检测与回收 | 第19-20页 |
| 2.3.3 DNA片段与载体pGEM-T Easy的连接 | 第20页 |
| 2.3.4 转化大肠杆菌及插入片段的PCR检测及测序 | 第20页 |
| 2.4 柑橘溃疡病菌基因组DNA的测序 | 第20-22页 |
| 2.4.1 柑橘溃疡病菌jx-6 菌株DNA质量的检测与文库构建 | 第20-21页 |
| 2.4.2 原始数据处理 | 第21-22页 |
| 2.5 柑橘溃疡病菌菌株jx-6 测序数据质量评估 | 第22页 |
| 2.5.1 测序质量分布检查 | 第22页 |
| 2.5.2 测序错误率分布检查 | 第22页 |
| 2.5.3 GC含量分布检查 | 第22页 |
| 2.6 测序数据的组装与拼接 | 第22-23页 |
| 2.7 柑橘溃疡病菌菌株jx-6 基因组的注释 | 第23-25页 |
| 2.7.1 开放阅读框（ORF）预测 | 第23页 |
| 2.7.2 tRNA和rRNA的预测 | 第23页 |
| 2.7.3 基因组序列上前噬菌体的预测 | 第23-24页 |
| 2.7.4 重复序列的预测 | 第24页 |
| 2.7.5 CRISPR的预测 | 第24页 |
| 2.7.6 基因岛的预测 | 第24页 |
| 2.7.7 基因组中决定致病因子分泌系统基因的分析 | 第24-25页 |
| 2.7.8 基因功能注释 | 第25页 |
| 2.8 柑橘溃疡病菌比较基因组学分析 | 第25-28页 |
| 2.8.1 比较基因组学所用的菌株 | 第25-26页 |
| 2.8.2 A菌株和A~W菌株的直系同源分析 | 第26页 |
| 2.8.3 A菌株和A~W菌株全基因组层面的共线性分析 | 第26-27页 |
| 2.8.4 基因组进化分析 | 第27-28页 |
| 3 结果与分析 | 第28-62页 |
| 3.1 柑橘溃疡病菌jx-6 菌株基因组测序与组装 | 第28-32页 |
| 3.1.1 测序数据质量评估 | 第28-30页 |
| 3.1.1.1 测序质量分布 | 第28-29页 |
| 3.1.1.2 测序错误率分布 | 第29页 |
| 3.1.1.3 GC含量分布 | 第29-30页 |
| 3.1.2 基因组组装 | 第30-32页 |
| 3.1.2.1 原始数据的处理 | 第30-31页 |
| 3.1.2.2 基因组组装结果 | 第31-32页 |
| 3.1.3 数据格式化及GenBank数据库提交 | 第32页 |
| 3.2 柑橘溃疡病菌jx-6 菌株基因组的初步分析 | 第32-45页 |
| 3.2.1 菌株jx-6 基因组基本概况 | 第32-33页 |
| 3.2.2 RNA预测与分析 | 第33页 |
| 3.2.2.1 tRNA预测 | 第33页 |
| 3.2.2.2 rRNA预测 | 第33页 |
| 3.2.3 基因组中串联重复序列的分析 | 第33页 |
| 3.2.4 基因组的插入序列（IS）的分析 | 第33-34页 |
| 3.2.5 基因组中的前噬菌体的分析与验证 | 第34-38页 |
| 3.2.6 基因组中基因岛的分析 | 第38-39页 |
| 3.2.7 基因组中CRISPR分析与验证 | 第39-42页 |
| 3.2.8 基因组中决定致病因子分泌系统基因 | 第42-43页 |
| 3.2.9 基因功能预测与分析 | 第43-45页 |
| 3.3 柑橘溃疡病菌的比较基因组学分析 | 第45-56页 |
| 3.3.1 A菌株和A~W菌株的直系同源分析 | 第45-47页 |
| 3.3.2 A菌株和A~W菌株全基因组层面的共线性分析 | 第47-48页 |
| 3.3.3 A菌株和A~W菌株基因组中前噬菌体的分析 | 第48-56页 |
| 3.4 不同柑橘溃疡病菌株中的CRISPR分析 | 第56-62页 |
| 3.4.1 NCBI数据库中已公布全基因组的22株菌株的CRISPR分析 | 第56-57页 |
| 3.4.2 A菌株全基因组上CRISRP5序列的分析与验证 | 第57-58页 |
| 3.4.3 测序菌株和NCBI中公布的35株菌株CRISPR 5 中的spacer序列分析 | 第58-61页 |
| 3.4.4 22株黄单胞杆菌的进化分析 | 第61-62页 |
| 4 讨论与结论 | 第62-65页 |
| 4.1 讨论 | 第62-63页 |
| 4.1.1 我国不同柑橘溃疡病菌菌株之间在全基因组基本特征上的变异并不大 | 第62页 |
| 4.1.2 柑橘溃疡病菌A菌株和A~W菌株早期进化过程中起源可能是一样的 | 第62页 |
| 4.1.3 感染柑桔溃疡病的病组织中的噬菌体类型可能有很大的差别 | 第62-63页 |
| 4.2 结论 | 第63-65页 |
| 4.2.1 完成了柑橘溃疡病菌株jx-6 的全基因组测序、组装和分析 | 第63页 |
| 4.2.2 菌株jx-6 中的5个CRISPR只有一个具有活性并且在不同菌株中是变异的 | 第63-64页 |
| 4.2.3 A菌株和A~W菌株基因组上前噬菌体种类存在多样性 | 第64页 |
| 4.2.4 A~W菌株基因组存在翻转、易位、倒位、缺失等基因组重排事件 | 第64页 |
| 4.2.5 A~W菌株具有216个特异基因簇，这些特异基因簇主要与新陈代谢相关 | 第64-65页 |
| 致谢 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-72页 |
| 附录 | 第72-86页 |
