| 缩略词表(Abbreviation) | 第9-11页 |
| 摘要 | 第11-15页 |
| ABSTRACT | 第15-19页 |
| 第一章 通城猪显性白基因座分析及两头乌毛色遗传规律研究 | 第20-43页 |
| 1 前言 | 第20-27页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第20页 |
| 1.2 文献综述 | 第20-26页 |
| 1.2.1 黑色素细胞的早期发育 | 第20-21页 |
| 1.2.2 国外猪品种毛色研究进展 | 第21-25页 |
| 1.2.3 中国地方猪毛色研究进展 | 第25-26页 |
| 1.3 研究的目的与意义 | 第26-27页 |
| 2 材料方法 | 第27-34页 |
| 2.1 试验设计 | 第27页 |
| 2.2 两个毛色分离群体的构建 | 第27-29页 |
| 2.2.1 杜洛克猪与通城猪回交群体的构建 | 第27-28页 |
| 2.2.2 大白猪与通城猪F2群体的构建 | 第28页 |
| 2.2.3 后代毛色性状记录及表型分型 | 第28-29页 |
| 2.3 DNA及RNA提取 | 第29-30页 |
| 2.3.1 基因组DNA提取 | 第29页 |
| 2.3.2 通城猪皮肤组织总RNA提取 | 第29-30页 |
| 2.4 两头乌毛色与显性白基因座关系分析 | 第30-34页 |
| 2.4.1 通城猪中KIT基因分子克隆 | 第30-31页 |
| 2.4.2 通城猪中KIT基因4种拷贝数变异检测 | 第31-32页 |
| 2.4.3 毛色性状与KIT基因连锁分析 | 第32-34页 |
| 3 结果 | 第34-40页 |
| 3.1 两头乌毛色是一种多个基因控制的隐性性状 | 第34-36页 |
| 3.2 通城猪在KIT基因上为非显性白色等位基因 | 第36-38页 |
| 3.3 显性白基因座对两头乌毛色具有上位作用 | 第38-40页 |
| 4 讨论 | 第40-43页 |
| 4.1 关于本研究的思路 | 第40页 |
| 4.2 中国地方猪白色毛色遗传规律 | 第40-42页 |
| 4.3 基因互作与毛色类型 | 第42-43页 |
| 第二章 利用高通量测序技术对通城猪基因组选择区域分析 | 第43-107页 |
| 1 前言 | 第43-53页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第43页 |
| 1.2 文献综述 | 第43-52页 |
| 1.2.1 家猪驯化及迁移历程 | 第43-45页 |
| 1.2.2 第二代测序技术的发展 | 第45-48页 |
| 1.2.3 第二代测序在功能基因组研究上的应用 | 第48-50页 |
| 1.2.4 第二代测序在转录组上的应用 | 第50-51页 |
| 1.2.5 第二代测序技术的其他应用 | 第51-52页 |
| 1.3 研究目的与意义 | 第52-53页 |
| 2 材料方法 | 第53-70页 |
| 2.1 试验设计 | 第53页 |
| 2.2 通城猪全基因组重测序 | 第53-54页 |
| 2.2.1 通城猪DNA样品制备 | 第53-54页 |
| 2.2.2 DNA文库的构建与测序 | 第54页 |
| 2.3 测序数据的处理 | 第54-63页 |
| 2.3.1 测序数据的质量统计 | 第54-55页 |
| 2.3.2 猪个体重测序数据下载 | 第55-57页 |
| 2.3.3 测序reads的定位 | 第57-58页 |
| 2.3.4 比对文件的下游处理 | 第58-61页 |
| 2.3.5 通城猪与中国野猪SNP数据获取及分析 | 第61-63页 |
| 2.4 选择区域分析 | 第63-65页 |
| 2.4.1 移动窗口的大小确定 | 第63页 |
| 2.4.2 选择区域分析 | 第63-65页 |
| 2.5 个体测序数据分析 | 第65-68页 |
| 2.5.1 利用个体重测序数据构建进化树 | 第65-66页 |
| 2.5.2 利用个体重测序数据进行单倍型一致性分析 | 第66页 |
| 2.5.3 利用个体重测序数据对特定区域进化树进行构建 | 第66-67页 |
| 2.5.4 中国地方猪SNP芯片数据的处理及分析 | 第67-68页 |
| 2.6 MITF基因不同转录本在皮肤组织中的表达量 | 第68-70页 |
| 2.6.1 黑色皮肤组织样品的采集及总RNA提取 | 第69页 |
| 2.6.2 定量引物设计及定量PCR检测 | 第69-70页 |
| 3 结果 | 第70-102页 |
| 3.1 通城猪全基因组测序分析结果 | 第70-76页 |
| 3.1.1 通城猪DNA质量与浓度 | 第70页 |
| 3.1.2 通城猪全基因组测序reads质量统计 | 第70-75页 |
| 3.1.3 比对文件校正后的质量检验及统计 | 第75-76页 |
| 3.2 通城猪与其他品种间进化关系 | 第76-79页 |
| 3.3 通城猪基因组重测序SNP功能分析 | 第79-81页 |
| 3.3.1 通城猪重测序数据验证 | 第79页 |
| 3.3.2 通城猪中候选终止突变 | 第79-80页 |
| 3.3.3 通城猪与中国野猪分化位点 | 第80-81页 |
| 3.4 通城猪全基因组选择区域 | 第81-90页 |
| 3.4.1 移动窗口大小的确定 | 第81-83页 |
| 3.4.2 通城猪中常染色体上选择区域 | 第83-87页 |
| 3.4.3 通城猪中X染色体上选择区域 | 第87-89页 |
| 3.4.4 通城猪选择区域内基因注释及功能聚类 | 第89-90页 |
| 3.5 MITF及EDNRB基因对中国地方猪毛色的影响 | 第90-95页 |
| 3.5.1 通城猪中两个与毛色相关选择区域 | 第90-91页 |
| 3.5.2 MITF及EDNRB基因在中国不同花猪品种中选择信号 | 第91-93页 |
| 3.5.3 MITF区域内候选突变的初步筛选 | 第93-95页 |
| 3.6 通城猪4个繁殖相关选择区域 | 第95-102页 |
| 3.6.1 通城猪ESR1选择位点 | 第95-97页 |
| 3.6.2 通城猪中3个与繁殖相关的选择位点 | 第97-98页 |
| 3.6.3 3个繁殖相关位点相似性及进化分析 | 第98-102页 |
| 4 讨论 | 第102-107页 |
| 4.1 中西方家猪连锁不平衡片段长度与分析策略 | 第102-103页 |
| 4.2 EDNRB与MITF基因对中国地方猪毛色的影响 | 第103-105页 |
| 4.3 中国地方猪中选择区域与繁殖性状分析 | 第105页 |
| 4.4 通城猪选择位点中脂肪沉积相关基因 | 第105-107页 |
| 全文小结 | 第107-109页 |
| 1.1 本研究的主要结果与讨论 | 第107页 |
| 1.2 本研究的创新点与特色 | 第107-108页 |
| 1.3 本研究不足之处与进一步工作的建议 | 第108-109页 |
| 研究生期间发表论文题录 | 第109-110页 |
| 参考文献 | 第110-125页 |
| 附录 | 第125-153页 |
| 致谢 | 第153页 |
