| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 英文缩略表 | 第12-13页 |
| 第一章 引言 | 第13-19页 |
| 1.1 立题背景 | 第13-14页 |
| 1.2 国内外研究进展 | 第14-17页 |
| 1.2.1 生防效果的研究 | 第14-15页 |
| 1.2.2 致病机制的研究 | 第15-16页 |
| 1.2.3 次生代谢产物基因簇的研究 | 第16-17页 |
| 1.2.4 基因组的研究 | 第17页 |
| 1.2.5 线粒体基因的研究 | 第17页 |
| 1.3 本论文的目的和意义 | 第17-19页 |
| 第二章 厚垣普可尼亚菌线粒体基因组的研究 | 第19-31页 |
| 2.1 前言 | 第19页 |
| 2.2 方法和材料 | 第19-22页 |
| 2.2.1 样品材料和DNA样品提取 | 第19-20页 |
| 2.2.2 基因组测序和组装 | 第20页 |
| 2.2.3 基因预测及功能注释 | 第20页 |
| 2.2.4 比较基因组学分析 | 第20-21页 |
| 2.2.5 系统发育树分析 | 第21-22页 |
| 2.3 结果和分析 | 第22-28页 |
| 2.3.1 完整的线粒体基因组图谱 | 第22-23页 |
| 2.3.2 厚垣普可尼亚菌的系统发育树分析 | 第23-24页 |
| 2.3.3 厚垣普可尼亚菌与其他麦角菌科真菌线粒体基因组的比较分析 | 第24-27页 |
| 2.3.4 rps基因的分子进化 | 第27-28页 |
| 2.4 讨论 | 第28-30页 |
| 2.5 结论 | 第30-31页 |
| 第三章 厚垣普可尼亚菌核基因组的研究 | 第31-54页 |
| 3.1 前言 | 第31-32页 |
| 3.2 方法和材料 | 第32-34页 |
| 3.2.1 基因组序列及转座子分析 | 第32页 |
| 3.2.2 基因集(gene set)预测 | 第32页 |
| 3.2.3 基因的功能注释 | 第32-33页 |
| 3.2.4 分泌蛋白的预测 | 第33页 |
| 3.2.5 比较基因组分析和系统发育树分析 | 第33-34页 |
| 3.3 结果和分析 | 第34-51页 |
| 3.3.1 厚垣普可尼亚菌菌株170基因组的一般特征 | 第34-35页 |
| 3.3.2 系统发育树分析 | 第35-37页 |
| 3.3.3 KOG功能分类比较分析 | 第37-40页 |
| 3.3.4 分泌蛋白的分析 | 第40-43页 |
| 3.3.5 次生代谢产物基因簇的分析 | 第43-45页 |
| 3.3.6 P450酶和ABC转运蛋白的分析 | 第45-47页 |
| 3.3.7 蛋白酶的分析 | 第47-48页 |
| 3.3.8 糖苷水解酶和碳水化合物酯酶的分析 | 第48-51页 |
| 3.3.9 PHI基因的比较分析 | 第51页 |
| 3.4 讨论 | 第51-53页 |
| 3.5 结论 | 第53-54页 |
| 第四章 全文结论 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-64页 |
| 附录 | 第64-85页 |
| 致谢 | 第85-86页 |
| 作者简历 | 第86页 |