| 致谢 | 第7-8页 |
| 序言 | 第8-10页 |
| 摘要 | 第10-12页 |
| Abstract | 第12-13页 |
| 缩略语表 | 第14-19页 |
| 第一章 文献综述 | 第19-32页 |
| 1 自然反义转录本 | 第19-22页 |
| 1.1 自然反义转录本的分类 | 第19-20页 |
| 1.2 自然反义转录本的功能 | 第20-21页 |
| 1.3 NAT的研究现状 | 第21-22页 |
| 2 非编码RNA | 第22-29页 |
| 2.1 microRNA的生成途径及功能 | 第25-26页 |
| 2.2 NAT-siRNA的生成途径及功能 | 第26-29页 |
| 2.3 lncRNA | 第29页 |
| 3 竞争性内源RNAs调控 | 第29-31页 |
| 4 本研究的目的和意义 | 第31-32页 |
| 第二章 植物自然反义转录本挖掘 | 第32-38页 |
| 1 数据与方法 | 第32-33页 |
| 1.1 数据资源 | 第32页 |
| 1.2 NAT pairs的预测 | 第32-33页 |
| 2 结果与分析 | 第33-37页 |
| 3 讨论与小结 | 第37-38页 |
| 第三章 拟南芥自然反义转录本研究 | 第38-63页 |
| 1 数据与方法 | 第38-41页 |
| 1.1 数据资源 | 第38页 |
| 1.2 分析方法 | 第38-41页 |
| 1.2.1 LncRNA预测与转录组分析 | 第38-39页 |
| 1.2.2 NATs鉴定 | 第39页 |
| 1.2.3 siRNA富集 | 第39-40页 |
| 1.2.4 NAT-siRNAs挖掘 | 第40-41页 |
| 1.2.5 NAT基因和非NAT基因的表观遗传学分析 | 第41页 |
| 2 结果与分析 | 第41-61页 |
| 2.1 拟南芥中NAT的全基因组鉴定 | 第41-44页 |
| 2.2 来源于NAT的siRNA | 第44-48页 |
| 2.3 NAT-siRNA的表达分析 | 第48-50页 |
| 2.4 NAT基因间的组蛋白修饰 | 第50-54页 |
| 2.5 NAT基因的DNA甲基化 | 第54-56页 |
| 2.6 NAT基因的表达网络 | 第56-58页 |
| 2.7 NAT对的表达 | 第58-61页 |
| 3 小结与讨论 | 第61-63页 |
| 第四章 植物竞争性内源RNAs挖掘 | 第63-77页 |
| 1 数据与方法 | 第63-69页 |
| 1.1 数据收集 | 第63-65页 |
| 1.1.1 已有转录本数据 | 第63-65页 |
| 1.1.2 ncRNA数据 | 第65页 |
| 1.1.3 microRNA数据 | 第65页 |
| 1.2 分析方法 | 第65-69页 |
| 1.2.1 新miRNA的发现和1ncRNA挖掘 | 第65页 |
| 1.2.2 miRNA靶基因挖掘 | 第65-66页 |
| 1.2.3 ceRNA对挖掘 | 第66-68页 |
| 1.2.4 共表达指数计算 | 第68-69页 |
| 2 结果与分析 | 第69-76页 |
| 2.1 ceRNA信息 | 第69-71页 |
| 2.2 搜索模块 | 第71页 |
| 2.3 GO功能分析 | 第71页 |
| 2.4 ceRNA调控网络 | 第71-72页 |
| 2.5 ceRNA预测工具 | 第72-73页 |
| 2.6 指导鉴定潜在的ceRNA | 第73-76页 |
| 3 小结与讨论 | 第76-77页 |
| 第五章 结论与展望 | 第77-79页 |
| 1 结论 | 第77-78页 |
| 2 展望 | 第78-79页 |
| 参考文献 | 第79-88页 |
| 附录 | 第88-96页 |
| 作者简历 | 第96页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第96-97页 |