| 摘要 | 第6-7页 |
| 第一章 前言 | 第7-14页 |
| 1.1 蒙古黄芪研究概况 | 第7-9页 |
| 1.1.1 黄芪药用历史与资源状况 | 第7-8页 |
| 1.1.2 中药黄芪药用成分研究 | 第8-9页 |
| 1.2 DNA测序 | 第9-10页 |
| 1.3 高等植物叶绿体基因组研究 | 第10-12页 |
| 1.3.1 植物叶绿体 | 第10页 |
| 1.3.2 叶绿体起源 | 第10-11页 |
| 1.3.3 高等植物叶绿体基因组结构及特点 | 第11页 |
| 1.3.4 高等植物叶绿体基因组研究的意义与应用 | 第11-12页 |
| 1.4 本研究的意义和创新 | 第12-14页 |
| 第二章 材料与方法 | 第14-29页 |
| 2.1 材料、试剂与方法 | 第14-16页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第14页 |
| 2.1.2 试剂 | 第14-15页 |
| 2.1.3 主要设备 | 第15-16页 |
| 2.2 实验方法 | 第16-29页 |
| 2.2.1 叶绿体分离纯化和DNA提取 | 第16-17页 |
| 2.2.2 叶绿体DNA高通量测序的建库和测序 | 第17页 |
| 2.2.3 叶绿体基因组的组装 | 第17-23页 |
| 2.2.4 蒙古黄芪叶绿体基因组基因注释与可视化 | 第23-24页 |
| 2.2.5 蒙古黄芪叶绿体基因组的生物信息学分析 | 第24-29页 |
| 第三章 结果与分析 | 第29-81页 |
| 3.1 黄芪叶绿体的分离纯化与叶绿体DNA提取 | 第29-31页 |
| 3.1.1 叶绿体的分离纯化 | 第29页 |
| 3.1.2 叶绿体DNA提取 | 第29-31页 |
| 3.2 蒙古黄芪叶绿体DNA的建库与测序 | 第31页 |
| 3.3 叶绿体基因组的组装 | 第31-61页 |
| 3.3.1 测序读长的质量检查 | 第31-44页 |
| 3.3.2 短读序的拼接与组装 | 第44-51页 |
| 3.3.3 填补缺口 | 第51-55页 |
| 3.3.4 高可变区克隆与测序 | 第55-58页 |
| 3.3.5 对蒙古黄芪叶绿体基因组组装结果经行验证 | 第58-61页 |
| 3.4 蒙古黄芪叶绿体基因组基因注释与可视化 | 第61页 |
| 3.5 蒙古黄芪叶绿体基因组生物信息学分析 | 第61-81页 |
| 3.5.1 蒙古黄芪叶绿体基因组基本特征统计 | 第61-68页 |
| 3.5.2 重复序列分析 | 第68-72页 |
| 3.5.3 蒙古黄芪叶绿体基因的系统进化分析 | 第72-74页 |
| 3.5.4 蒙古黄芪叶绿体基因组的比较基因组学分析 | 第74-78页 |
| 3.5.5 对高可变区核酸序列进行分析 | 第78-81页 |
| 第四章 讨论 | 第81-86页 |
| 4.1 叶绿体分离纯化与基因组组装 | 第81-82页 |
| 4.2 叶绿体基因组组装 | 第82-83页 |
| 4.3 蒙古黄芪叶绿体基因组的组织结构 | 第83-86页 |
| 第五章 结论 | 第86-88页 |
| 参考文献 | 第88-92页 |
| Abstract | 第92页 |
| 缩略词 | 第94-96页 |
| 附录 | 第96-124页 |
| 发表论文情况 | 第124-126页 |
| 致谢 | 第126页 |