基于实验质谱数据的新蛋白发现算法研究
| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-11页 |
| 注释表 | 第11-12页 |
| 第1章 绪论 | 第12-22页 |
| ·选题背景及意义 | 第12-13页 |
| ·国内外研究现状 | 第13-19页 |
| ·质谱技术鉴定蛋白质的发展历史 | 第15-17页 |
| ·基于实验质谱的蛋白质鉴定方法的优势与不足 | 第17-19页 |
| ·主要研究内容 | 第19-20页 |
| ·论文组织结构 | 第20-22页 |
| 第2章 基于实验质谱数据的新蛋白质鉴定 | 第22-34页 |
| ·引言 | 第22-25页 |
| ·肽段质量控制及常用方法 | 第25-28页 |
| ·经验阈值法 | 第26-27页 |
| ·基于概率模型的PeptideProphet算法 | 第27页 |
| ·基于随机数据库搜索的方法 | 第27-28页 |
| ·简单非参模型 | 第28页 |
| ·基于迭代支持向量机的Percolator算法 | 第28页 |
| ·质谱结果的肽段模糊匹配问题 | 第28-30页 |
| ·新蛋白发现的其他问题 | 第30-33页 |
| ·正伪数据库搜索策略及其应用 | 第30页 |
| ·数据库分步搜索策略及其应用 | 第30-32页 |
| ·最简原则与其他蛋白质推断方法 | 第32-33页 |
| ·本章小结 | 第33-34页 |
| 第3章 肽段质控方法的评估与模糊匹配结果的处理 | 第34-44页 |
| ·引言 | 第34-35页 |
| ·材料与方法 | 第35-37页 |
| ·数据集 | 第35页 |
| ·基于多个参数回归的质量控制方法评估 | 第35-36页 |
| ·模糊匹配问题的抽象以及处理 | 第36-37页 |
| ·结果与讨论 | 第37-43页 |
| ·基于多个参数回归的质量控制方法评估结果 | 第37-41页 |
| ·模糊匹配的GROUP模型与简单集合运算 | 第41-43页 |
| ·本章小结 | 第43-44页 |
| 第4章 新肽段质控方法流程的构建与精确性评估 | 第44-51页 |
| ·引言 | 第44-45页 |
| ·材料与方法 | 第45-48页 |
| ·标准蛋白数据集 | 第45页 |
| ·数据库与数据库搜索 | 第45-46页 |
| ·新质量控制方法的构建 | 第46-48页 |
| ·结果与讨论 | 第48-50页 |
| ·新质控算法流程 | 第48-49页 |
| ·应用标准蛋白数据集评估方法的精确性 | 第49-50页 |
| ·本章小结 | 第50-51页 |
| 第5章 基于实验质谱数据的新蛋白发现流程 | 第51-61页 |
| ·引言 | 第51-52页 |
| ·材料与方法 | 第52-56页 |
| ·质谱数据集 | 第52-53页 |
| ·数据库与数据库搜索 | 第53-54页 |
| ·肽段的新颖度注释流程 | 第54-55页 |
| ·基于实验质谱数据的新蛋白发现流程 | 第55-56页 |
| ·结果与讨论 | 第56-60页 |
| ·质控结果 | 第56-57页 |
| ·目标肽段注释结果 | 第57页 |
| ·蛋白质鉴定结果 | 第57-60页 |
| ·本章小结 | 第60-61页 |
| 第6章 结束语 | 第61-64页 |
| ·主要工作与创新点 | 第61-62页 |
| ·对论文工作的讨论 | 第62-63页 |
| ·展望 | 第63-64页 |
| 参考文献 | 第64-71页 |
| 附录A 肽段新颖度注释Java源代码 | 第71-78页 |
| 附录B 肽段详细鉴定结果 | 第78-80页 |
| 致谢 | 第80-81页 |
| 攻读硕士学位期间从事的科研工作及取得的成果 | 第81页 |
