杜洛克猪与槐猪背最长肌转录组分析
| 摘要 | 第1-10页 |
| Abstract | 第10-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-21页 |
| ·猪基因组研究现状 | 第12页 |
| ·猪骨骼肌转录组研究进展 | 第12-13页 |
| ·测序技术的发展 | 第13-16页 |
| ·第一代测序技术 | 第13-14页 |
| ·第二代测序技术 | 第14-15页 |
| ·第三代测序技术 | 第15-16页 |
| ·转录组测序 | 第16-20页 |
| ·RNA-seq的优势 | 第17-18页 |
| ·RNA-seq的应用 | 第18-20页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第20-21页 |
| 第二章 材料与方法 | 第21-29页 |
| ·试验材料 | 第21-22页 |
| ·试验动物与样品采集 | 第21页 |
| ·试验主要的仪器设备 | 第21页 |
| ·实验试剂 | 第21-22页 |
| ·总RNA提取以及质量检测 | 第22-23页 |
| ·试验前准备 | 第22页 |
| ·总RNA提取步骤 | 第22-23页 |
| ·总RNA质量检测 | 第23页 |
| ·转录组测序 | 第23-24页 |
| ·cDNA文库构建 | 第23-24页 |
| ·文库质量检测 | 第24页 |
| ·上机测序 | 第24页 |
| ·生物信息学分析 | 第24-26页 |
| ·测序数据质量控制 | 第24-25页 |
| ·测序序列比对 | 第25页 |
| ·基因表达量分析 | 第25页 |
| ·差异表达基因筛选 | 第25页 |
| ·新可变剪切预测和SNP分析 | 第25页 |
| ·基因功能注释分析 | 第25-26页 |
| ·差异表达基因的qPCR验证 | 第26-29页 |
| ·RNA准备 | 第26页 |
| ·反转录 | 第26-27页 |
| ·qPCR反应 | 第27页 |
| ·引物设计 | 第27页 |
| ·数据分析 | 第27-29页 |
| 第三章 结果与分析 | 第29-42页 |
| ·总RNA的质量检测 | 第29-30页 |
| ·测序数据及其质量控制 | 第30-31页 |
| ·转录组数据与参考基因组序列比对 | 第31-33页 |
| ·测序数据比对分析 | 第31-32页 |
| ·比对结果作图 | 第32-33页 |
| ·转录组文库质量评估 | 第33-34页 |
| ·mRNA片段化随机性检验 | 第33-34页 |
| ·插入片段长度检验 | 第34页 |
| ·测序数据饱和度检验 | 第34页 |
| ·基因结构分析 | 第34-35页 |
| ·SNP分析 | 第34-35页 |
| ·新可变剪切预测 | 第35页 |
| ·基因表达分析 | 第35-37页 |
| ·基因表达水平 | 第35-37页 |
| ·基因表达水平比对 | 第37页 |
| ·差异表达基因筛选 | 第37-38页 |
| ·差异表达基因功能注释 | 第38-41页 |
| ·GO功能分析 | 第38-39页 |
| ·KEGG通路富集分析 | 第39-41页 |
| ·差异表达基因的qPCR验证 | 第41-42页 |
| 第四章 讨论 | 第42-45页 |
| ·测序数据质量控制和比对分析 | 第42-43页 |
| ·肌内脂肪沉积相关基因的筛选 | 第43-45页 |
| 第五章 结论 | 第45-46页 |
| 参考文献 | 第46-52页 |
| 附录 | 第52-57页 |
| 致谢 | 第57页 |
