| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第9-18页 |
| 1 高通量测序技术 | 第9-12页 |
| ·454 测序 | 第9-10页 |
| ·Illumina/Solexa测序技术 | 第10页 |
| ·SOLID测序技术 | 第10-12页 |
| 2 转录组 | 第12-14页 |
| ·m RNA转录组 | 第12-13页 |
| ·Micro RNA | 第13-14页 |
| 3 中国蛤蜊及其研究进展 | 第14-18页 |
| ·中国蛤蜊的遗传生物学特性 | 第14页 |
| ·中国蛤蜊生理结构及其功能的研究 | 第14-15页 |
| ·对中国蛤蜊代谢系统的研究 | 第15页 |
| ·中国蛤蜊多糖的研究 | 第15页 |
| ·中国蛤蜊早期生长发育与人工育苗的研究 | 第15-16页 |
| ·重金属对中国蛤蜊的影响 | 第16-17页 |
| ·中国蛤蜊分子遗传方面的研究进展 | 第17-18页 |
| 第二章 基于m RNA转录水平研究中国蛤蜊对镉胁迫的响应 | 第18-32页 |
| 1 材料与方法 | 第19-21页 |
| ·实验材料的采集 | 第19页 |
| ·RNA提取，文库构建和Illumina测序 | 第19-20页 |
| ·高通量数据分析 | 第20页 |
| ·功能基因的逆转录PCR（RT-PCR）和实时荧光定量PCR（QRT-PCR） | 第20-21页 |
| 2 结果 | 第21-29页 |
| ·中国蛤蜊转录组的测序 | 第21-22页 |
| ·基因注释 | 第22-27页 |
| ·生物标志功能基因的鉴定以及确认 | 第27-29页 |
| ·RT-PCR验证高通量测序的可靠性 | 第27页 |
| ·镉刺激后鳃中6个基因响应情况 | 第27-29页 |
| 3 讨论 | 第29-32页 |
| 第三章 基于mRNA调控水平研究中国蛤蜊对镉胁迫的响应 | 第32-45页 |
| 1 材料与方法 | 第32-33页 |
| ·组织的获取 | 第32页 |
| ·小RNA文库的构建，库检和深度测序 | 第32-33页 |
| ·测序数据的生物信息学分析 | 第33页 |
| ·Micro RNA的差异表达分析和预测的靶基因的注释 | 第33页 |
| 2 结果 | 第33-42页 |
| ·sRNA的测序 | 第33-36页 |
| ·miRNA及其靶基因的确认 | 第36-37页 |
| ·miRNA的差异表达 | 第37-38页 |
| ·miRNA靶基因的注释 | 第38-42页 |
| 3 讨论 | 第42-45页 |
| 第四章 结论 | 第45-46页 |
| 参考文献 | 第46-52页 |
| 攻读学位期间发表的论文 | 第52-55页 |
| 致谢 | 第55-56页 |
| 附表 | 第56-58页 |
