| 致谢 | 第1-8页 |
| 摘要 | 第8-10页 |
| 1 文献综述 | 第10-19页 |
| ·植物的连作障碍及研究进展 | 第10-13页 |
| ·什么是连作障碍及其危害 | 第10-11页 |
| ·连作障碍中的化感自毒作用 | 第11-12页 |
| ·地黄与连作障碍 | 第12-13页 |
| ·地黄 | 第12页 |
| ·地黄连作障碍的危害 | 第12-13页 |
| ·高通量测序技术研究进展 | 第13-15页 |
| ·新一代高通量测序的原理 | 第13-14页 |
| ·基于Solexa基础上的转录组、DGE和sRNA原理 | 第14-15页 |
| ·非编码RNA(ncRNA)的研究进展 | 第15-17页 |
| ·非编码RNA(ncRNA)是转录组的重要组成部分 | 第15页 |
| ·非编码RNA(ncRNA)的分类及研究情况 | 第15-16页 |
| ·mIncRNA是一类特殊的长链ncRNA(IncRNA) | 第16-17页 |
| ·本研究的目的与意义 | 第17-19页 |
| ·mIncRNA与转录组 | 第17-18页 |
| ·mIncRNA与连作障碍 | 第18-19页 |
| 2 引言 | 第19-20页 |
| 3 材料与方法 | 第20-29页 |
| ·材料 | 第20页 |
| ·实验材料 | 第20页 |
| ·所用试剂与仪器 | 第20页 |
| ·方法 | 第20-29页 |
| ·RNA提取(Trizol 法) | 第20-21页 |
| ·Solexa文库制备及上机测序 | 第21页 |
| ·信息分析及转录组组装 | 第21-22页 |
| ·地黄大容量转录组文库的构建 | 第22-23页 |
| ·地黄大容量转录组的注释 | 第23页 |
| ·转录组基础上候选mIncRNAs基因的鉴定 | 第23-24页 |
| ·数字基因表达谱(DGE)的测序 | 第24-25页 |
| ·数字基因表达谱(DGE)生物信息分析 | 第25页 |
| ·数字基因表达谱(DGE)差异表达基因筛选 | 第25-26页 |
| ·候选mIncRNA的引物设计 | 第26-27页 |
| ·候选mIncRNAs荧光实时定量PCR(qRT-PCR) | 第27-29页 |
| ·反转录反应(RT-PCR) | 第27-28页 |
| ·实时荧光定量PCR(real-time PCR) | 第28-29页 |
| 4 结果与讨论 | 第29-50页 |
| ·高通量转录组的构建 | 第29-34页 |
| ·总RNA质量鉴定 | 第29页 |
| ·Solexa序列组装分析 | 第29-30页 |
| ·不同测序平台转录组联合组装 | 第30-31页 |
| ·All-Unigene的联合优化组装及功能分析 | 第31-34页 |
| ·同源性比较 | 第31-32页 |
| ·GO功能分类 | 第32-33页 |
| ·Reh-Unigene代谢通路分析 | 第33-34页 |
| ·地黄转录组中mIncRNA的鉴定 | 第34-42页 |
| ·基于Reh-Unigene转录组基础上mIncRNAs的鉴定 | 第34-39页 |
| ·地黄mIncRNAs基因的家族分析 | 第39-42页 |
| ·mIncRNAs在地黄正茬根叶、重茬根叶DGE文库中的差异表达 | 第42-47页 |
| ·正茬根叶、重茬根叶DGE文库的Tags匹配转录组分析 | 第42-43页 |
| ·mIncRNAs在正茬、重茬根叶所获得差异表达基因数 | 第43-47页 |
| ·部分mlncRNAs在正重茬地黄根叶中的时空表达 | 第47-50页 |
| ·mIncRNAs在正茬中的表达显著高于重茬 | 第47-48页 |
| ·mIncRNAs在重茬中的表达显著高于正茬 | 第48-49页 |
| ·mIncRNAs其他表达模式 | 第49-50页 |
| 5 讨论 | 第50-52页 |
| 参考文献 | 第52-58页 |
| 英文摘要 | 第58-61页 |
| 附件1：5条长度最大的5条mlncRNA及特征 | 第61-65页 |
