| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-14页 |
| 第一章 文献综述 | 第14-26页 |
| 1 油菜种皮颜色研究进展 | 第14-18页 |
| ·油菜决定种皮色泽的物质 | 第14-16页 |
| ·油菜种皮颜色的遗传 | 第16-17页 |
| ·白菜型油菜种皮颜色的遗传 | 第16页 |
| ·芥菜型油菜种皮颜色的遗传 | 第16页 |
| ·甘蓝型油菜种皮颜色的遗传 | 第16-17页 |
| ·油菜种皮颜色基因定位研究 | 第17-18页 |
| 2 基因图位克隆技术及其应用 | 第18-21页 |
| ·图位克隆技术环节 | 第18-20页 |
| ·目的基因的标记定位 | 第18-19页 |
| ·高质量大片段基因组文库的构建 | 第19-20页 |
| ·目的基因区域物理图谱的构建 | 第20页 |
| ·基因功能的验证 | 第20页 |
| ·图位克隆技术的应用 | 第20-21页 |
| 3 RNA-SEQ技术研究进展 | 第21-24页 |
| ·RNA-seq原理和方法 | 第21-23页 |
| ·RNA-seq的应用领域 | 第23-24页 |
| ·基因表达水平的研究 | 第23页 |
| ·基因结构优化和新转录本发现 | 第23页 |
| ·可变剪切和基因融合检测 | 第23-24页 |
| 4 本研究的目的意义 | 第24-26页 |
| 第二章 芥菜型油菜A09染色体种皮颜色基因的精细定位和候选基因预测 | 第26-41页 |
| 1 材料和方法 | 第26-30页 |
| ·材料 | 第26-27页 |
| ·方法 | 第27-30页 |
| ·种皮颜色的鉴定 | 第27页 |
| ·基因组DNA的提取 | 第27页 |
| ·引物开发 | 第27页 |
| ·PCR程序和体系 | 第27-28页 |
| ·PCR产物电泳检测 | 第28页 |
| ·标记连锁分析 | 第28-29页 |
| ·BAC文库的构建 | 第29页 |
| ·BAC文库DNA混合池的构建 | 第29-30页 |
| ·BAC单克隆的筛选 | 第30页 |
| ·BAC末端测序和序列分析 | 第30页 |
| ·BAC克隆的全长测序及分析 | 第30页 |
| 3 结果与分析 | 第30-38页 |
| ·芥菜型油菜作图群体种皮颜色的遗传分析 | 第30-31页 |
| ·芥菜型油菜A09染色体黄籽基因连锁标记分析 | 第31-32页 |
| ·芥菜型油菜A09染色体黄籽基因的定位 | 第32-35页 |
| ·芥菜型油菜A09染色体黄籽基因目的区域BAC重叠群构建 | 第35-36页 |
| ·BAC文库筛选 | 第35页 |
| ·目的区域重叠群构建 | 第35-36页 |
| ·BAC末端序列分析 | 第36页 |
| ·测序BAC的序列分析 | 第36-38页 |
| ·芥菜型油菜A09染色体种皮颜色候选基因预测 | 第38页 |
| 4 讨论 | 第38-41页 |
| 第三章 芥菜型油菜黄、黑籽材料Bju.TT8基因的序列比较和表达分析 | 第41-55页 |
| 1 材料与方法 | 第41-43页 |
| ·材料 | 第41页 |
| ·总DNA的分离 | 第41页 |
| ·种皮总RNA提取 | 第41-42页 |
| ·cDNA合成 | 第42页 |
| ·引物设计和合成 | 第42-43页 |
| ·PCR反应体系和扩增程序 | 第43页 |
| ·PCR产物的克隆、测序 | 第43页 |
| ·序列分析 | 第43页 |
| 2 结果与分析 | 第43-54页 |
| ·芥菜型油菜作图群体黄、黑籽亲本种皮颜色候选基因TT8的克隆 | 第43-44页 |
| ·芥菜型油菜Bju.TT8基因的染色体分布 | 第44-46页 |
| ·芥菜型油菜Bju.TT8基因序列分析 | 第46-50页 |
| ·芥菜型油菜Bju.TT8基因预测的蛋白序列比较与进化分析 | 第50-52页 |
| ·芥菜型油菜黄、黑籽亲本Bju.TT8基因的序列比较 | 第52页 |
| ·芥菜型油菜Bju.TT8基因在芥菜型油菜种皮中的表达分析 | 第52-54页 |
| 3 讨论 | 第54-55页 |
| 第四章 芥菜型油菜黄、褐籽种皮转录组比较分析 | 第55-71页 |
| 1 材料和方法 | 第55-59页 |
| ·材料 | 第55页 |
| ·方法 | 第55-59页 |
| ·种皮RNA的提取 | 第55-56页 |
| ·芯片杂交及数据处理 | 第56页 |
| ·芥菜型油菜种皮转录组测序(RNA-seq) | 第56-57页 |
| ·RNA-seq数据预处理 | 第57页 |
| ·RNA-seq数据组装 | 第57页 |
| ·Unigene的注释 | 第57页 |
| ·Unigene表达量统计和基因差异表达分析 | 第57页 |
| ·cDNA的合成 | 第57-58页 |
| ·实时荧光定量PCR(qRT-PCR) | 第58-59页 |
| 2 结果与分析 | 第59-67页 |
| ·芥菜型油菜种皮提取的RNA的浓度和质量检测 | 第59-60页 |
| ·芥菜型油菜四川黄籽与其褐籽近等基因系种皮表达差的的芯片分析 | 第60-61页 |
| ·芥菜型油菜种皮转录组数据组装分析 | 第61页 |
| ·芥菜型油菜种皮unigenes的功能注释 | 第61-64页 |
| ·NCBI非冗余(Non redundant,Nr)蛋白质数据库注释结果 | 第61-62页 |
| ·基因本体(Gene Ontology,GO)分类 | 第62-63页 |
| ·同源组聚类(Cluster of Orthologous Groups,COG)分析 | 第63页 |
| ·京都基因与基因组百科全书摹(Kyoto Encyclopedia of Genes andGenomes,KEGG)分析 | 第63-64页 |
| ·芥菜型油菜黄籽亲本及其褐籽近等基因系种皮转录本表达差异分析 | 第64-65页 |
| ·芥菜型油菜黄籽亲本及其褐籽近等基因系种皮类黄酮合成途径unigenes表达比较 | 第65-66页 |
| ·芥菜型油菜黄、褐籽种皮中差异表达的基因的(qRT-RCR)验证 | 第66-67页 |
| 3 讨论 | 第67-71页 |
| 第五章 总结和下一步计划 | 第71-73页 |
| 参考文献 | 第73-85页 |
| 附录Ⅰ 芥菜型油菜A09染色体黄籽基因区域BAC重叠群部分BAC的末端序列与白菜基因组序列比对 | 第85-86页 |
| 附录Ⅱ 芥菜型油菜全长测序BAC的序列数据统计 | 第86-87页 |
| 附录Ⅲ 芥菜型油菜A09染色体黄籽基因区域的预测基因列表 | 第87-89页 |
| 附录Ⅳ 芥菜型油菜BjuA.TT8和BjuB.TT8基因启动子作用元件表 | 第89-95页 |
| 附录Ⅴ 芥菜型油菜Bju.TT8基因的cDNA序列 | 第95-98页 |
| 附录Ⅵ 芥菜型油菜种皮unigenes所属KEGG途径和相应unigenes数目统计 | 第98-104页 |
| 附录Ⅶ 芥菜型油菜黄褐籽种皮差异表达的unigenes及其差异倍数 | 第104-118页 |
| 附录Ⅷ 芥菜型油菜四川黄籽与其褐籽近等基因系NILA种皮类黄酮生物合成途径unigenes表达比较 | 第118-119页 |
| 附录Ⅸ 缩写词 | 第119-120页 |
| 致谢 | 第120-122页 |
| 作者简历 | 第122页 |
