| 中文摘要 | 第1-12页 |
| ABSTRACT | 第12-17页 |
| 符号说明 | 第17-18页 |
| 第一章 前言 | 第18-33页 |
| ·细菌鞭毛简介 | 第18-22页 |
| ·大肠杆菌中鞭毛合成与组装 | 第19-20页 |
| ·大肠杆菌鞭毛的分级调控 | 第20-21页 |
| ·鞭毛第一级表达产物FlhD_4C_2复合体的结构与功能研究进展 | 第21-22页 |
| ·C-di-GMP与细菌的移动性 | 第22-27页 |
| ·C-di-GMP简介 | 第22-24页 |
| ·大肠杆菌中C-di-GMP调控系统 | 第24-26页 |
| ·C-di-GMP与细菌移动性的关系 | 第26-27页 |
| ·YdiV蛋白的相关介绍 | 第27-32页 |
| ·YdiV介导大肠杆菌中两个群体感应系统的互作 | 第27-29页 |
| ·YdiV与C-di-GMP | 第29页 |
| ·YdiV与细菌移动性 | 第29-30页 |
| ·YdiV可能作为ClpXP降解FlhD_4C_2的辅助因子 | 第30-32页 |
| ·本课题的研究内容 | 第32-33页 |
| 第二章 YdiV单体的结构研究 | 第33-59页 |
| ·引言 | 第33-34页 |
| ·实验材料及仪器 | 第34-35页 |
| ·菌株及载体 | 第34页 |
| ·试剂及工具酶 | 第34-35页 |
| ·仪器及服务 | 第35页 |
| ·实验流程与具体实验方法 | 第35-44页 |
| ·实验流程示意图 | 第35-36页 |
| ·具体实验方法 | 第36-44页 |
| ·实验结果 | 第44-55页 |
| ·Native YdiV蛋白的纯化、结晶及数据收集 | 第44-47页 |
| ·Se-YdiV的纯化、结晶及硒代数据的收集及结构解析 | 第47-52页 |
| ·沙门氏菌中CdgR蛋白的纯化与结晶 | 第52-55页 |
| ·实验分析与讨论 | 第55-58页 |
| ·YdiV结构与其他EAL结构的对比 | 第55页 |
| ·YdiV蛋白在溶液中的聚集状态 | 第55-57页 |
| ·YdiV结构中的小分子及可能的生理学意义 | 第57-58页 |
| ·本章小结 | 第58-59页 |
| 第三章 大肠杆菌中YdiV与FlhDC互作的初步研究 | 第59-71页 |
| ·引言 | 第59页 |
| ·实验材料及仪器 | 第59-60页 |
| ·菌株及载体 | 第59-60页 |
| ·仪器与试剂 | 第60页 |
| ·实验设计思路与具体实验方法 | 第60-63页 |
| ·鉴定YdiV与FlhDC的相互作用 | 第60-61页 |
| ·YdiV对于FlhDC结合目的基因的影响 | 第61-63页 |
| ·实验结果与分析 | 第63-70页 |
| ·YdiV与FlhDC的共转化实验 | 第63-64页 |
| ·确定FlhD与YdiV互作的最小作用片段 | 第64-66页 |
| ·FlhDC复合物的纯化 | 第66-67页 |
| ·EMSA检测FlhDC与DNA的相互作用 | 第67-68页 |
| ·不同浓度的YdiV对于FlhDC结合DNA活性的影响 | 第68-70页 |
| ·本章小结 | 第70-71页 |
| 第四章 YdiV-FlhD复合物的结构研究 | 第71-101页 |
| ·引言 | 第71-72页 |
| ·实验材料及仪器 | 第72页 |
| ·菌株及载体 | 第72页 |
| ·试剂及工具酶 | 第72页 |
| ·仪器及服务 | 第72页 |
| ·实验流程与具体实验方法 | 第72-73页 |
| ·试验流程示意图 | 第72页 |
| ·具体实验方法 | 第72-73页 |
| ·实验结果 | 第73-88页 |
| ·YdiV-FlhD复合物的纯化、结晶 | 第73-76页 |
| ·CdgR-stFlhD复合物的纯化、结晶 | 第76-79页 |
| ·YdiV-FlhD1-71aa复合物的纯化、结晶 | 第79-81页 |
| ·YdiV-FlhDC三元复合物的纯化、结晶 | 第81-83页 |
| ·胰蛋白酶酶解YdiV-FlhD复合物及酶解产物纯化、结晶 | 第83-87页 |
| ·YdiV-FlhD复合物酶解产物结构解析 | 第87-88页 |
| ·实验分析与讨论 | 第88-99页 |
| ·YdiV-FlhD结构分析 | 第88-92页 |
| ·YdiV-FlhD结构与单体结构的对比 | 第92-93页 |
| ·YdiV上参与相互作用的氩基酸的保守性 | 第93-94页 |
| ·YdiV破坏FlhD_4C_2环状结构 | 第94-96页 |
| ·YdiV4_-FlhD_4C_2复合物是否真实存在 | 第96-98页 |
| ·电镜观察YdiV-FlhD_4C_2复合物 | 第98-99页 |
| ·本章小结 | 第99-101页 |
| 第五章 FlhDC复合物与DNA互作机制的研究 | 第101-111页 |
| ·引言 | 第101-102页 |
| ·实验材料及仪器 | 第102页 |
| ·菌株及载体 | 第102页 |
| ·仪器与试剂 | 第102页 |
| ·实验设计思路与具体实验方法 | 第102-105页 |
| ·实验设计思路 | 第102页 |
| ·具体实验方法 | 第102-105页 |
| ·实验结果与分析 | 第105-110页 |
| ·FlhD_4C_2突变体的克隆和表达纯化 | 第105-106页 |
| ·FlhD_4C_2突变体的圆二色光谱结果 | 第106-107页 |
| ·Native FlhD_4C_2及突变体的分子筛出峰位置对比 | 第107-108页 |
| ·Native FlhD_4C_2及突变体与YdiV相互作用情况 | 第108-109页 |
| ·Native FlhD_4C_2及突变体与DNA相互作用对比 | 第109-110页 |
| ·本章小结 | 第110-111页 |
| 第六章 YdiV抑制FlhDC结合DNA的分子机制 | 第111-126页 |
| ·引言 | 第111页 |
| ·实验材料及仪器 | 第111-112页 |
| ·菌株及载体 | 第111-112页 |
| ·仪器与试剂 | 第112页 |
| ·实验方法 | 第112-115页 |
| ·YdiV_2-FlhD_2的结构分析及突变点选择 | 第112-113页 |
| ·突变体的克隆、纯化 | 第113页 |
| ·Pull down与EMSA实验 | 第113页 |
| ·细菌移动性实验 | 第113-114页 |
| ·大肠杆菌MG1655菌株的ydiV基因敲除 | 第114-115页 |
| ·特殊移动性培养基的配制 | 第115页 |
| ·细菌生长曲线测定 | 第115页 |
| ·实验结果与分析 | 第115-125页 |
| ·YdiV抑制FlhDC结合DNA的分子机制 | 第115-116页 |
| ·YdiV突变体的构建 | 第116-117页 |
| ·YdiV突变体与FlhDC相互作用检测 | 第117-118页 |
| ·YdiV突变体对FlhDC结合DNA的抑制作用 | 第118-119页 |
| ·native YdiV对大肠杆菌移动性的影响 | 第119-120页 |
| ·几种YdiV突变体对大肠杆菌移动性的影响 | 第120页 |
| ·CdgR突变体与stFlhD及stFlhDC相互作用检测 | 第120-122页 |
| ·MG1655菌株与ydiV敲除体在不同营养条件下的表型对比 | 第122-125页 |
| ·本章小结 | 第125-126页 |
| 第七章 YdiV与ClpxP蛋白酶互作研究 | 第126-144页 |
| ·引言 | 第126页 |
| ·实验材料及仪器 | 第126-127页 |
| ·菌株及载体 | 第126-127页 |
| ·仪器与试剂 | 第127页 |
| ·实验设计思路与具体实验方法 | 第127-129页 |
| ·鉴定YdiV与ClpX的体内相互作用 | 第127-128页 |
| ·鉴定YdiV与ClpX1-60aa的体外相互作用 | 第128页 |
| ·ITC(等温滴定量热法) | 第128-129页 |
| ·实验结果与分析 | 第129-143页 |
| ·YdiV与ClpX相互作用 | 第129-130页 |
| ·YdiV与ClpX的ZBD结构域的体内相互作用 | 第130-131页 |
| ·YdiV-ZBD结构域复合物的纯化 | 第131-133页 |
| ·YdiV-ZBD结构域复合物晶体筛选结构解析中出现的问题 | 第133-134页 |
| ·YdiV与ClpX的ZBD结构域的体外相互作用 | 第134-137页 |
| ·YdiV-ZBD-FlhD三元复合物的纯化 | 第137-141页 |
| ·可能参与相互作用的小分子探究 | 第141-143页 |
| ·本章小结 | 第143-144页 |
| 全文总结 | 第144-146页 |
| 参考文献 | 第146-153页 |
| 致谢 | 第153-155页 |
| 博士期间发表的学术论文 | 第155-156页 |
| 附 外文论文 | 第156-188页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第188页 |
