| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-10页 |
| 第一章 绪论 | 第10-13页 |
| ·生物数据的发展 | 第10-11页 |
| ·基于组成的生物信息学研究 | 第11页 |
| ·本课题研究的主要内容 | 第11-13页 |
| 第二章 细菌基因组GC含量分析 | 第13-27页 |
| ·背景 | 第13页 |
| ·材料和方法 | 第13-15页 |
| ·材料 | 第13-14页 |
| ·方法 | 第14-15页 |
| ·结果与讨论 | 第15-26页 |
| ·GC含量和密码子使用模式 | 第15页 |
| ·GC含量决定密码子使用模式的理论基础 | 第15-17页 |
| ·更加精确的模拟 | 第17-20页 |
| ·GC含量和基因组长度之间的关系 | 第20-22页 |
| ·GC含量和基因组其他特征之间的关系 | 第22-26页 |
| ·结论 | 第26-27页 |
| 第三章 蜡质芽孢杆菌基因组岛预测 | 第27-37页 |
| ·背景 | 第27-28页 |
| ·材料与方法 | 第28-30页 |
| ·材料下载 | 第28页 |
| ·方法 | 第28-30页 |
| ·结果与讨论 | 第30-36页 |
| ·DNA分割 | 第30页 |
| ·统计检验 | 第30页 |
| ·基因组岛的预测 | 第30-36页 |
| ·结论 | 第36-37页 |
| 第四章 多染色体细菌重要基因分布 | 第37-45页 |
| ·背景 | 第37页 |
| ·材料和方法 | 第37-39页 |
| ·材料 | 第37-38页 |
| ·方法 | 第38-39页 |
| ·结果 | 第39-43页 |
| ·预测的必需基因 | 第39页 |
| ·AU1054上必需基因在两条短染色体上的偏性分布 | 第39-41页 |
| ·AU1054中核糖体蛋白编码基因,tRNA基因的偏性分布 | 第41页 |
| ·AU1054中,这种偏性分析的可能的原因 | 第41-43页 |
| ·讨论 | 第43-45页 |
| 第五章 细菌必需基因预测 | 第45-57页 |
| ·背景 | 第45-46页 |
| ·材料和方法 | 第46-48页 |
| ·必需基因数据和基因组序列 | 第46-47页 |
| ·序列组成上的特征 | 第47页 |
| ·支持向量机 | 第47-48页 |
| ·CD-HIT | 第48页 |
| ·结果 | 第48-56页 |
| ·大肠杆菌中的必需基因的预测 | 第48-49页 |
| ·MP中的必需基因的预测 | 第49页 |
| ·所有必需基因的预测 | 第49-50页 |
| ·多氨基酸组成的必需基因预测 | 第50-54页 |
| ·伪氨基酸组成的必需基因预测 | 第54页 |
| ·基于组成方法的原核生物基因组的必需基因的预测服务 | 第54-56页 |
| ·讨论 | 第56-57页 |
| 第六章 总结和展望 | 第57-59页 |
| ·总结 | 第57页 |
| ·展望 | 第57-59页 |
| 致谢 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-65页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第65页 |
