| 摘要 | 第1-4页 |
| ABSTRACT | 第4-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第8-22页 |
| ·前言 | 第8-10页 |
| ·血栓的形成过程 | 第10-15页 |
| ·血小板的粘附和聚集 | 第10-12页 |
| ·VWF 和 GPIbα的相互作用 | 第12-15页 |
| ·分子动力学模拟 | 第15-18页 |
| ·MD 模拟的基本原理 | 第17页 |
| ·MD 模拟的基本步骤 | 第17-18页 |
| ·MM-PBSA 自由能分解 | 第18-20页 |
| ·结合自由能的计算方法 | 第19页 |
| ·MM-PBSA 方法 | 第19-20页 |
| ·本论文的研究内容 | 第20-22页 |
| 第二章 模型与方法 | 第22-36页 |
| ·引言 | 第22-23页 |
| ·蛋白质全原子模型和模拟系统构建 | 第23-28页 |
| ·模拟方法及参数设置 | 第28-30页 |
| ·数据分析方法 | 第30-34页 |
| ·最小距离分析 | 第30页 |
| ·质心距离分析 | 第30页 |
| ·蛋白二级结构分析 | 第30页 |
| ·均方根偏差分析 | 第30-31页 |
| ·回转半径分析 | 第31页 |
| ·APBS 静电势分析 | 第31页 |
| ·分子间相互作用势能分析 | 第31-32页 |
| ·蛋白构象提取 | 第32页 |
| ·MM-PBSA 分析 | 第32-34页 |
| ·残基作用对分析 | 第34页 |
| ·热点区域分析 | 第34页 |
| ·小结 | 第34-36页 |
| 第三章 VWFA1 和 GPIbα相互作用的分子动力学模拟 | 第36-45页 |
| ·引言 | 第36页 |
| ·蛋白复合物在生理盐水中的分子行为 | 第36-38页 |
| ·纯水及生理盐水中的结合动力学 | 第38-43页 |
| ·小结 | 第43-45页 |
| 第四章 MM-PBSA 及自由能分解 | 第45-60页 |
| ·引言 | 第45页 |
| ·结合自由能分解结果 | 第45-47页 |
| ·关键氨基酸残基的确定 | 第47-55页 |
| ·关键氨基酸残基作用对分析 | 第55-59页 |
| ·小结 | 第59-60页 |
| 第五章 结论与展望 | 第60-62页 |
| ·结论 | 第60-61页 |
| ·创新点 | 第61页 |
| ·未来工作建议与展望 | 第61-62页 |
| 参考文献 | 第62-66页 |
| 发表论文和参加科研情况说明 | 第66-67页 |
| 致谢 | 第67页 |