| 摘要 | 第1-5页 |
| ABSTRACT | 第5-8页 |
| 第一章 绪论 | 第8-14页 |
| ·引言 | 第8-9页 |
| ·重复体识别问题的发展和现状 | 第9-11页 |
| ·本文的研究工作 | 第11页 |
| ·本文各章节安排 | 第11-14页 |
| 第二章 生物信息学重复体识别 | 第14-30页 |
| ·重复体识别概述 | 第14-21页 |
| ·重复体识别问题 | 第15-16页 |
| ·局部序列比对及其相关问题 | 第16-19页 |
| ·调和序列 | 第19-20页 |
| ·重复体识别结果的评判标准 | 第20-21页 |
| ·重复体识别算法 | 第21-28页 |
| ·基于已知重复体数据库的重复体识别算法 | 第21-22页 |
| ·基于序列比对的重复体识别算法 | 第22-26页 |
| ·其它重复体识别算法 | 第26-28页 |
| ·本章小结 | 第28-30页 |
| 第三章 基于BLAST的重复体识别算法 | 第30-40页 |
| ·BLAST算法简介 | 第30-31页 |
| ·BLAST算法过程 | 第30-31页 |
| ·基于BLAST的RepeatSearcher重复体识别算法 | 第31-39页 |
| ·算法的引入 | 第31-32页 |
| ·算法的描述 | 第32-36页 |
| ·目标函数的定义 | 第32页 |
| ·比对得分函数计算 | 第32-34页 |
| ·比对过程及其优化 | 第34-35页 |
| ·算法实现 | 第35-36页 |
| ·算法分析 | 第36-37页 |
| ·实验结果及性能分析 | 第37-39页 |
| ·实验结果 | 第37-38页 |
| ·结果分析 | 第38-39页 |
| ·本章小结 | 第39-40页 |
| 第四章 基于概率统计的重复体识别算法 | 第40-54页 |
| ·Gibbs 采样算法 | 第40-43页 |
| ·Gibbs采样算法数学背景 | 第40-41页 |
| ·多序列比对中的Gibbs采样算法 | 第41-43页 |
| ·GSRSearcher算法的引入 | 第43页 |
| ·GSRSearcher算法描述 | 第43-49页 |
| ·目标函数的定义 | 第43-45页 |
| ·种子序列的扩展过程 | 第45-46页 |
| ·算法实现 | 第46-49页 |
| ·算法分析 | 第49页 |
| ·实验结果及性能分析 | 第49-53页 |
| ·实验结果 | 第50-52页 |
| ·结果分析 | 第52-53页 |
| ·本章小结 | 第53-54页 |
| 第五章 结论与展望 | 第54-56页 |
| 致谢 | 第56-58页 |
| 参考文献 | 第58-62页 |
| 研究成果 | 第62页 |