| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 第一章 绪论 | 第7-13页 |
| ·概述 | 第7-8页 |
| ·序列比对的生物学背景及研究现状 | 第8-11页 |
| ·本文主要工作及安排 | 第11-13页 |
| 第二章 生物序列比对 | 第13-23页 |
| ·基本概念 | 第13-14页 |
| ·相似性替换矩阵与空位罚分 | 第14-18页 |
| ·相似性替换矩阵 | 第14-17页 |
| ·空位罚分 | 第17-18页 |
| ·动态规划算法在序列比对中的应用 | 第18-21页 |
| ·全局和局部比对 | 第21-23页 |
| 第三章 序列比对串行算法 | 第23-43页 |
| ·序言 | 第23页 |
| ·时间空间复杂度为O(m*n)的比对算法 | 第23-31页 |
| ·Needleman-Wunsch算法——全局序列比对算法 | 第24-28页 |
| ·Smith-Waterman算法——局部序列比对算法 | 第28-29页 |
| ·Gotoh算法——放射空位罚分序列比对 | 第29-31页 |
| ·线性空间的序列比对算法 | 第31-43页 |
| ·Hirschberg 算法 | 第31-35页 |
| ·FastLSA算法 | 第35-40页 |
| ·Myers-Mille算法 | 第40-43页 |
| 第四章 序列比对算法并行化的研究 | 第43-59页 |
| ·序言 | 第43-44页 |
| ·并行计算的基础 | 第44页 |
| ·斜向对角线形式并行双序列比对 | 第44-46页 |
| ·利用并行前缀计算的序列比对算法 | 第46-51页 |
| ·并行前缀计算概念 | 第47-49页 |
| ·数据分离 | 第49-50页 |
| ·算法的描述 | 第50-51页 |
| ·基于平衡分割的并行序列比对 | 第51-59页 |
| ·序列比对分割模型分析 | 第52-54页 |
| ·求平衡分割点算法 | 第54-56页 |
| ·利用分割区域完成序列比对算法的性能分析 | 第56-59页 |
| 第五章 结束语 | 第59-61页 |
| 参考文献 | 第61-64页 |
| 研究成果 | 第64页 |