| 中文摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第一章 综述 | 第10-18页 |
| ·研究艾滋病的背景 | 第10页 |
| ·人类免疫缺陷病毒 | 第10页 |
| ·HIV-1 结构 | 第10-11页 |
| ·HIV-1 的生命周期 | 第11-14页 |
| ·进入靶细胞 | 第11-12页 |
| ·复制与转录 | 第12页 |
| ·装配与释放 | 第12-14页 |
| ·HIV-1 蛋白酶 | 第14-18页 |
| ·HIV-1 蛋白酶的功能 | 第14页 |
| ·HIV-1 蛋白酶的结构 | 第14-15页 |
| ·HIV-1 蛋白酶与其抑制剂 | 第15-18页 |
| 第二章 理论与方法 | 第18-34页 |
| ·力场方法 | 第18-21页 |
| ·键的伸缩能 | 第19页 |
| ·键角弯折能 | 第19-20页 |
| ·二面角扭转能 | 第20页 |
| ·范德华能 | 第20-21页 |
| ·静电能 | 第21页 |
| ·分子动力学模拟 | 第21-25页 |
| ·分子动力学的基本原理 | 第21-23页 |
| ·积分算法 | 第23-25页 |
| ·Verlet 算法 | 第23-24页 |
| ·Leap-frog 算法 | 第24-25页 |
| ·Velocity Verlet 算法 | 第25页 |
| ·Beeman 算法 | 第25页 |
| ·Langevin 算法 | 第25-26页 |
| ·优化技术 | 第26-28页 |
| ·最陡下降法(SD) | 第26-27页 |
| ·共轭梯度法(CD) | 第27-28页 |
| ·周期性边界条件 | 第28-29页 |
| ·SHAKE 算法 | 第29-30页 |
| ·自由能计算 | 第30-34页 |
| ·自由能计算简介 | 第30页 |
| ·MM-PBSA 方法 | 第30-34页 |
| 第三章 艾滋病毒蛋白酶异位抑制剂体系的分子动力学模拟 | 第34-38页 |
| ·MD 模拟的初始化 | 第34-36页 |
| ·分子动力学模拟 | 第36-38页 |
| ·加热 | 第36页 |
| ·密度平衡 | 第36页 |
| ·动力学演化 | 第36-38页 |
| 第四章 艾滋病毒蛋白酶异位抑制剂体系的分子动力学模拟结果分析 | 第38-44页 |
| ·均方根偏差 | 第38-39页 |
| ·温度因子 | 第39-40页 |
| ·两体系的分子动力学行为 | 第40-41页 |
| ·MM-PBSA 方法计算结合自由能 | 第41-43页 |
| ·小结 | 第43-44页 |
| 参考文献 | 第44-48页 |
| 攻读硕士期间发表的论文 | 第48-50页 |
| 致谢 | 第50页 |