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白念珠菌基因芯片的制备和应用及两个新基因的克隆和功能鉴定

中文摘要第1页
英文摘要第4-8页
缩写第8-9页
前言第9-12页
第Ⅰ部分 构建高比例全长cDNA文库制备白念珠菌基因芯片第12-31页
 一、实验材料与方法第12-18页
     ·白念珠菌和生长条件第12页
     ·药物和敏感性测定第12页
     ·cDNA文库构建第12-15页
     ·全长性检测第15页
     ·质粒抽提和大规模测序第15-16页
     ·生物信息学处理第16页
     ·微阵列制备第16页
     ·RNA提取和探针标记第16-17页
     ·芯片杂交和质检第17-18页
 二、结果第18-28页
     ·总RNA提取和mRNA分离第18-19页
     ·LD-PCR产物分析第19-20页
     ·cDNA片段分析第20-21页
     ·库容量和重组率计算第21页
     ·重组子插入片段长度分析第21页
     ·全长cDNA鉴定第21-22页
     ·EST序列归并第22页
     ·基因组比较第22-23页
     ·Unigene功能分类第23-24页
     ·芯片杂交质量分析第24-28页
 三、讨论第28-31页
第Ⅱ部分 利用基因芯片研究不同耐药机制白念珠菌的基因表达谱第31-67页
 一、实验材料与方法第31-36页
     ·菌株和培养基第31页
     ·药物和敏感性测定第31-32页
     ·RNA提取和探针标记第32页
     ·芯片杂交第32页
     ·芯片检测和分析第32-33页
     ·聚类分析第33页
     ·cDNA合成和RT-PCR第33-36页
 二、结果和讨论第36-65页
     ·芯片杂交总体实验设计第36-40页
     ·ABC转运蛋白和MFS转运蛋白家族基因第40-44页
     ·耐药相关基因的DRE元件及TAC1与DRE的相互作用第44-47页
     ·氧化应激相关基因和线粒体功能第47-51页
     ·铜、铁离子转运和动员相关基因第51-55页
     ·形态和毒力相关基因第55-63页
     ·聚类分析第63-65页
 三、小结第65-67页
第Ⅲ部分 耐药相关全长新基因的克隆和生物信息学分析第67-81页
 一、实验材料与方法第67页
     ·白念珠菌株和培养基第67页
     ·DNA测序和Walking第67页
     ·CaHXT10和CaFDH12的克隆第67页
     ·生物信息学分析第67页
 二、结果第67-80页
     ·全长基因的获取第67-69页
     ·CaHXT10和CaFDH12的核酸结构和染色体定位分析第69-74页
     ·CaHXT10和CaFDH12的蛋白质序列分析第74-78页
     ·全长新基因进化树亲缘分析第78-79页
     ·全长新基因的芯片数据分析第79-80页
 三、讨论第80-81页
第Ⅳ部分 全长新基因CaHXT10和CaFDH12的功能鉴定第81-110页
 一、实验材料与方法第81-92页
     ·CaHXT10和CaFDH12高表达载体的构建第81-83页
     ·DNA测序和序列分析第83页
     ·白念珠菌高表达株和生长条件第83-84页
     ·白念珠菌转化第84-85页
     ·RNA提取第85页
     ·cDNA合成和逆转录PCR(RT-PCR)第85-86页
     ·实时荧光定量PCR(RealTime-PCR)第86-88页
     ·SDS-PAGE变性凝胶电泳第88-89页
     ·微量液基稀释法测定药物敏感性第89-90页
     ·琼脂平板抑菌圈实验第90页
     ·时间生长曲线研究第90页
     ·流式细胞术测定细胞周期第90-91页
     ·细胞形态观察第91页
     ·激光共聚焦显微镜观察第91-92页
     ·Rhodamine 6G的荧光外排实验第92页
     ·体内毒力研究第92页
 二、结果第92-108页
     ·高表达载体的构建并确证第92页
     ·高表达菌株的构建并确证第92-94页
     ·CAI4-HXT10和CAI4-FDH12高表达菌的药物敏感性第94-97页
     ·CaFDH12和CaHXT10基因高表达对白念珠菌生长曲线的影响第97-98页
     ·CaFDH12基因高表达对细胞周期的影响第98-100页
     ·CaFDH12和CaHXT10基因高表达对罗丹明的摄取和外排作用第100-101页
     ·CaFDH12和CaHXT10基因高表达对白念珠菌菌丝形成的影响第101-102页
     ·CaFDH12和CaHXT10基因高表达对白念珠菌生物膜形成的影响第102-106页
     ·CAI4-FDH12和CAI4-HXT10高表达菌对小鼠的体内毒力实验第106-108页
 三、讨论第108-110页
总结第110-112页
参考文献第112-125页
附录:综述一、二第125-146页
发表文章第146-148页
致谢第148页

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