| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-15页 |
| 第一章 前言 | 第15-32页 |
| ·微生物基因组研究概况 | 第15页 |
| ·链霉菌基因组研究概况 | 第15-20页 |
| ·链霉菌简介 | 第15-16页 |
| ·链霉菌基因组研究概况 | 第16-19页 |
| ·龟裂链霉菌遗传研究概况 | 第19-20页 |
| ·龟裂链霉菌的功能基因研究进展 | 第20-23页 |
| ·前体工程和辅酶工程 | 第23-26页 |
| ·前体工程 | 第23-24页 |
| ·辅酶工程 | 第24-26页 |
| ·其他代谢工程方法 | 第26页 |
| ·zwf基因介绍 | 第26-27页 |
| ·细胞氧化还原相关功能基因的研究 | 第27-30页 |
| ·巯基-二硫键氧化还原系统 | 第27-28页 |
| ·Fe-S簇 | 第28页 |
| ·调节系统 | 第28-30页 |
| ·本课题的研究内容和意义 | 第30-32页 |
| 第二章 材料与方法 | 第32-48页 |
| ·实验材料 | 第32-38页 |
| ·菌种与质粒 | 第32页 |
| ·培养基配方 | 第32页 |
| ·实验试剂 | 第32-33页 |
| ·引物 | 第33-37页 |
| ·实验仪器 | 第37-38页 |
| ·实验方法 | 第38-48页 |
| ·分子生物学实验 | 第38-41页 |
| ·链霉菌的结合转移转化 | 第41页 |
| ·菌种的甘油管保存 | 第41页 |
| ·诱导靶蛋白表达 | 第41-42页 |
| ·SDS-PAGE配方 | 第42页 |
| ·蛋白纯化-镍柱亲和层析 | 第42-43页 |
| ·蛋白与DNA体外结合实验 | 第43页 |
| ·转化子的PCR鉴定 | 第43页 |
| ·转化子的摇瓶发酵培养 | 第43-44页 |
| ·细胞干重的测定 | 第44页 |
| ·葡萄糖浓度的测定 | 第44页 |
| ·OTC浓度的测定 | 第44页 |
| ·NADPH的提取与分析 | 第44页 |
| ·ATP的提取与测定 | 第44-45页 |
| ·G6PDH以及磷酸葡萄糖异构酶(Phosphoglucose isomerase)的提取与酶活测定 | 第45页 |
| ·乙酰辅酶A和丙二酰辅酶A的提取与HPLC分析 | 第45页 |
| ·流式细胞仪测定 | 第45页 |
| ·胞内NADH的检测 | 第45页 |
| ·菌落杂交 | 第45-47页 |
| ·基因组分析软件 | 第47-48页 |
| 第三章 S.rimosus M4018基因组的测序、注释与拼接 | 第48-72页 |
| ·前言 | 第48页 |
| ·结果与讨论 | 第48-66页 |
| ·S.rimosus M4018基因组DNA的提取 | 第48-49页 |
| ·S.rimosus M4018全基因组测序结果与注释 | 第49页 |
| ·蛋白功能的分类 | 第49-51页 |
| ·S.rimosus M4018的气囊合成蛋白 | 第51页 |
| ·S.rimosus M4018基因组的噬菌体基因簇 | 第51-52页 |
| ·S.rimosus M4018的初级代谢过程 | 第52-54页 |
| ·S.rimosus M4018的次级代谢产物 | 第54-57页 |
| ·S.rimosus M4018基因组拼接 | 第57-60页 |
| ·拼接后片段正确与否的分析 | 第60-61页 |
| ·S.rimosus与M4018多序列比对与系统发育分析 | 第61-66页 |
| ·本章小结 | 第66页 |
| ·结论与展望 | 第66-72页 |
| 第四章 S.rimosus生物信息学上的进化分析 | 第72-81页 |
| ·前言 | 第72-73页 |
| ·方法 | 第73-74页 |
| ·测序方法 | 第73页 |
| ·序列比对 | 第73-74页 |
| ·结果与讨论 | 第74-79页 |
| ·不同产OTC水平S.rimosus菌株的微进化分析 | 第74-75页 |
| ·6-磷酸葡萄糖脱氢酶基因(glucose-6-phosphate dehydrogenase)的进化分析 | 第75-78页 |
| ·rex基因的进化分析 | 第78-79页 |
| ·本章小结 | 第79-80页 |
| ·结论与展望 | 第80-81页 |
| ·结论 | 第80页 |
| ·展望 | 第80-81页 |
| 第五章 zwf基因的增强与阻断对S.rimosus生物合成OTC的影响 | 第81-97页 |
| ·前言 | 第81-82页 |
| ·材料与方法 | 第82页 |
| ·单交换质粒pKC 1139-zwf1的构建与去甲基化 | 第82页 |
| ·转化子的传代试验 | 第82页 |
| ·转化子PCR鉴定 | 第82页 |
| ·转化子的发酵培养 | 第82页 |
| ·结果与分析 | 第82-91页 |
| ·重组质粒pKC1139-zwf1的构建 | 第82-83页 |
| ·重组转化子筛选鉴定 | 第83-84页 |
| ·重组菌细胞干重的变化 | 第84-85页 |
| ·重组菌中OTC生物合成的变化 | 第85-86页 |
| ·G6PDH与PGI酶活测定结果 | 第86-87页 |
| ·NADPH与ATP测定结果 | 第87-89页 |
| ·zwf基因修饰对于碳代谢流分配和前体合成的影响 | 第89-90页 |
| ·中心碳代谢流分配的变化 | 第90-91页 |
| ·讨论 | 第91-94页 |
| ·基因改变对于生物量和OTC形成的影响 | 第91-92页 |
| ·zwf基因修饰对于碳代谢流分配和前体合成的影响 | 第92-94页 |
| ·本章小结 | 第94页 |
| ·结论与展望 | 第94-97页 |
| ·结论 | 第94-95页 |
| ·展望 | 第95-97页 |
| 第六章 Rex蛋白基因克隆、氧化还原(Redox)感应的分子传感器构建与应用 | 第97-114页 |
| ·前言 | 第97-98页 |
| ·结果与分析 | 第98-109页 |
| ·PCR扩增rex基因 | 第98页 |
| ·rex-his基因的获得 | 第98-99页 |
| ·载体pET28a的线性化 | 第99页 |
| ·Rex-his表达载体的构建与鉴定 | 第99-100页 |
| ·ROP基因的获得 | 第100页 |
| ·生物素标记ROP的获得 | 第100-101页 |
| ·cydP1启动子的合成 | 第101页 |
| ·pOJ446-GFP质粒的构建 | 第101-102页 |
| ·pOJ446-GFP的表达 | 第102-103页 |
| ·Rex-his蛋白的表达与纯化 | 第103-104页 |
| ·Rex-his蛋白的纯化 | 第104-105页 |
| ·Rex-his与ROP的体外结合实验 | 第105-106页 |
| ·E-Redox菌株构建 | 第106-107页 |
| ·E-Redox菌株表达GFP实验 | 第107-109页 |
| ·讨论 | 第109-111页 |
| ·来源于链霉菌属中S.rimosus M4018的Rex调节机制 | 第110-111页 |
| ·E.coli中构建的基于GFP的redox传感器对于氧浓度敏感 | 第111页 |
| ·本章小结 | 第111-112页 |
| ·结论与展望 | 第112-114页 |
| ·结论 | 第112页 |
| ·展望 | 第112-114页 |
| 主要结论与创新点 | 第114-116页 |
| 参考文献 | 第116-126页 |
| 在读期间发表论文 | 第126-127页 |
| 致谢 | 第127页 |
