| 摘要 | 第3-6页 |
| Abstract | 第6-9页 |
| 1 绪论 | 第12-23页 |
| 1.1 线虫 | 第12-13页 |
| 1.2 线虫的系统发育关系 | 第13-15页 |
| 1.3 线粒体基因组学 | 第15-20页 |
| 1.4 构建分子发育系统 | 第20-21页 |
| 1.5 本研究的目的和意义 | 第21-23页 |
| 2 材料与方法 | 第23-36页 |
| 2.1 数据来源 | 第23-32页 |
| 2.2 数据分析 | 第32-36页 |
| 2.2.1 基因组特征 | 第32-33页 |
| 2.2.2 计算遗传距离 | 第33页 |
| 2.2.3 多重序列比对 | 第33页 |
| 2.2.4 数据处理 | 第33-34页 |
| 2.2.5 串联数据的分区进化模型预测 | 第34页 |
| 2.2.6 PCA分析 | 第34-35页 |
| 2.2.7 系统发育分析 | 第35-36页 |
| 3 结果与讨论 | 第36-65页 |
| 3.1 线虫线粒体基因组基本特征 | 第36-53页 |
| 3.1.1 线虫线粒体基因组的基本特征 | 第36-38页 |
| 3.1.2 碱基含量和密码子使用 | 第38-44页 |
| 3.1.3 基因重排 | 第44-53页 |
| 3.2 主成分分析 | 第53-56页 |
| 3.2.1 主成分分析 | 第53-54页 |
| 3.2.2 基因组序列特征与线虫分类 | 第54-56页 |
| 3.3 系统发育分析 | 第56-65页 |
| 3.3.1 基于数据PCG123构建线虫系统发育关系 | 第56-59页 |
| 3.3.2 基于数据PCG12构建线虫系统发育关系 | 第59-61页 |
| 3.3.3 基于数据AA构建线虫系统发育关系 | 第61-63页 |
| 3.3.4 基于系统发育关系解决部分矛盾的进化关系 | 第63-65页 |
| 4 结论 | 第65-69页 |
| 参考文献 | 第69-79页 |
| 附录 A:作者攻读硕士学位期间发表论文及科研情况 | 第79-80页 |
| 附录 B:使用R串联基因的程序脚本 | 第80-82页 |
| 附录 C:162个线虫线粒体基因组的基本特征信息 | 第82-100页 |
| 致谢 | 第100-101页 |
