基因组比对中若干改进算法研究
| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-7页 |
| 第一章 绪论 | 第7-13页 |
| ·基因组比对的生物背景 | 第7-8页 |
| ·基因组比对的研究现状 | 第8-10页 |
| ·本文主要工作及安排 | 第10-13页 |
| 第二章 基因组比对方法 | 第13-23页 |
| ·后缀树的定义 | 第13页 |
| ·MUMmer1.0 | 第13-18页 |
| ·基于后缀树查找最大唯一匹配 | 第14-16页 |
| ·最长递增子序列算法 | 第16-17页 |
| ·合并最大唯一匹配之间的空缺 | 第17-18页 |
| ·MUMmer2.0 | 第18-20页 |
| ·MUMmer3.0 | 第20-21页 |
| ·本章小结 | 第21-23页 |
| 第三章 用后缀数组代替后缀树查找最大唯一匹配 | 第23-33页 |
| ·概述 | 第23页 |
| ·后缀数组的定义 | 第23-24页 |
| ·后缀数组的构造 | 第24-25页 |
| ·最长公共前缀的计算 | 第25-27页 |
| ·最大唯一匹配的查找 | 第27-29页 |
| ·最大唯一匹配的排序 | 第29-31页 |
| ·实验结果及分析 | 第31-32页 |
| ·本章小结 | 第32-33页 |
| 第四章 合并局部空缺 | 第33-45页 |
| ·概述 | 第33-34页 |
| ·合并局部空缺的动态规划算法 | 第34-38页 |
| ·替换矩阵 | 第36-37页 |
| ·空位罚分 | 第37-38页 |
| ·并行Smith-Waterman算法 | 第38-42页 |
| ·背景介绍 | 第38-39页 |
| ·并行中的Context Switch | 第39页 |
| ·Smith-Waterman算法的并行分析 | 第39-40页 |
| ·并行Smith-Waterman算法的实现 | 第40-42页 |
| ·实验结果及分析 | 第42-43页 |
| ·本章小结 | 第43-45页 |
| 第五章 总结与展望 | 第45-47页 |
| 致谢 | 第47-49页 |
| 参考文献 | 第49-53页 |
| 研究成果 | 第53页 |
