| 致谢 | 第1-6页 |
| 第一部分 | 第6-10页 |
| 中文摘要（一） | 第6-8页 |
| Abstract（1） | 第8-10页 |
| 第二部分 | 第10-14页 |
| 中文摘要（二） | 第10-12页 |
| Abstract（2） | 第12-14页 |
| 第三部分 | 第14-18页 |
| 中文摘要（三） | 第14-16页 |
| Abstract（3） | 第16-18页 |
| 第四部分 | 第18-25页 |
| 中文摘要（四） | 第18-19页 |
| Abstract（4） | 第19-25页 |
| 第一部分 感染巨噬细胞系的问号钩端螺旋体（Leptospira interrogans）的转录组学研究 | 第25-70页 |
| 1 引言 | 第25-28页 |
| 2 材料与方法 | 第28-40页 |
| ·主要试剂 | 第28-31页 |
| ·主要仪器 | 第31-32页 |
| ·主要试剂配制方法 | 第32-33页 |
| ·菌株及细胞系 | 第33-34页 |
| ·实验方法 | 第34-40页 |
| ·巨噬样细胞感染模型 | 第34-35页 |
| ·RNA纯化与双链cDNA合成 | 第35-36页 |
| ·基因芯片设计与杂交 | 第36页 |
| ·数据提取与统计分析 | 第36-37页 |
| ·芯片数据的定量PCR验证 | 第37页 |
| ·细菌总蛋白和外膜蛋白的提取 | 第37-38页 |
| ·Western blotting验证蛋白表达调控 | 第38页 |
| ·基因组注释,转录组数据的聚类和生物途径分析 | 第38页 |
| ·转录因子的再定义与进化分析 | 第38-40页 |
| 3. 结果 | 第40-57页 |
| ·基因组补充注释 | 第40页 |
| ·转录组聚类分析 | 第40-42页 |
| ·KEGG生物途径分析 | 第42-44页 |
| ·能量,碳源和脂类代谢 | 第44-45页 |
| ·抗氧化与DNA修复 | 第45-46页 |
| ·信号传导,趋化和动力 | 第46-48页 |
| ·LPS和O抗原合成 | 第48页 |
| ·鞘磷脂酶和溶血酶 | 第48-49页 |
| ·其他致病性相关基因 | 第49-50页 |
| ·外膜蛋白与脂蛋白 | 第50-53页 |
| ·转录因子预测与功能分析 | 第53-57页 |
| 4. 讨论 | 第57-59页 |
| 参考文献 | 第59-63页 |
| 附录1 钩体感染巨噬细胞后显著上调3倍以上的基因列表 | 第63-66页 |
| 附录2 钩体感染巨噬细胞后显著下调5倍或者5倍以上的基因列表 | 第66-70页 |
| 第二部分 感染问号钩端螺旋体（Leptospira interrogans）的鼠源和人源巨噬细胞系的比较转录组学研究 | 第70-108页 |
| 1 引言 | 第70-73页 |
| 2 材料与方法 | 第73-77页 |
| ·主要试剂 | 第73页 |
| ·主要仪器 | 第73页 |
| ·主要试剂配制方法 | 第73页 |
| ·实验动物及菌株 | 第73-74页 |
| ·实验动物 | 第73页 |
| ·菌株 | 第73-74页 |
| ·实验方法 | 第74-77页 |
| ·细菌和细胞的培养 | 第74页 |
| ·感染模型 | 第74-75页 |
| ·细胞总RNA的提取与cDNA合成 | 第75页 |
| ·基因芯片杂交与数据分析 | 第75-76页 |
| ·定量RT-PCR验证 | 第76-77页 |
| 3 结果 | 第77-89页 |
| ·巨噬样细胞总RNA的完整性验证 | 第77-78页 |
| ·芯片数据的定量RT-PCR验证 | 第78页 |
| ·转录组学与途径分析 | 第78-81页 |
| ·炎症细胞因子与其受体的调控 | 第81-84页 |
| ·趋化因子与其受体的调控 | 第84-85页 |
| ·抗原获取,处理及递呈途径的调控 | 第85页 |
| ·凋亡途径的调控 | 第85-86页 |
| ·Toll样受体途径的调控 | 第86-87页 |
| ·补体与凝集途径的调控 | 第87-88页 |
| ·NF-kB信号途径 | 第88-89页 |
| 4 讨论 | 第89-90页 |
| 参考文献 | 第90-92页 |
| 附录1 感染问号钩体4h后的J774A.1细胞中上调最显著的100个功能基因列表 | 第92-96页 |
| 附录2 感染问号钩体4h后的J774A.1细胞中下调最显著的100个功能基因列表 | 第96-100页 |
| 附录3 感染问号钩体4h后的THP-1细胞中上调最显著的100个功能基因列表 | 第100-104页 |
| 附录4 感染问号钩体4h后的THP-1细胞中下调最显著的100个功能基因列表 | 第104-108页 |
| 第三部分 双曲钩端螺旋体（Leptospira biflexa）的Sigma N（RpoN）转录因子调控机理研究 | 第108-129页 |
| 1 引言 | 第108-110页 |
| 2 材料与方法 | 第110-117页 |
| ·主要试剂 | 第110页 |
| ·主要仪器 | 第110页 |
| ·主要试剂配制方法 | 第110页 |
| ·菌株及质粒 | 第110页 |
| ·RpoN基因敲除自杀质粒的构建 | 第110-111页 |
| ·自杀质粒转染及单克隆检测 | 第111-112页 |
| ·RpoN突变体的确认及极性效应检测 | 第112-114页 |
| ·基因芯片设计及杂交 | 第114-115页 |
| ·野生型与突变体的生长特点分析 | 第115页 |
| ·突变体的Cryo-ET低温电镜分析 | 第115页 |
| ·贮藏物PHB的尼罗红染色分析 | 第115页 |
| ·EMJH中乳化反应现象和脂类成分定量分析 | 第115-116页 |
| ·RpoN外膜蛋白及胞内蛋白调控分析 | 第116-117页 |
| 3. 结果 | 第117-126页 |
| ·RpoN转录因子序列和功能结构域分析 | 第117页 |
| ·RpoN基因敲除突变体的确认 | 第117-118页 |
| ·RpoN突变体的操纵子和极性效应分析 | 第118-119页 |
| ·双曲钩体RpoN调控基因分析 | 第119-121页 |
| ·双曲钩体及其RpoN突变体生长对比分析 | 第121-122页 |
| ·RpoN调控聚beta-羟基丁酸贮藏物合成 | 第122-123页 |
| ·RpoN调控双曲钩体的脂类摄取 | 第123-124页 |
| ·RpoN调控外膜脂溶性蛋白组分半定量分析 | 第124-126页 |
| 4. 讨论 | 第126-128页 |
| 参考文献 | 第128-129页 |
| 第四部分 致病性问号钩端螺旋体（Leptospira interrogans）与腐生性双曲钩端螺旋体（Leptospira biflexa）的比较结构生物学研究 | 第129-147页 |
| 1 引言 | 第129-131页 |
| 2. 材料与方法 | 第131-133页 |
| ·菌株及培养条件 | 第131页 |
| ·Cryo-ET数据收集及三维重构 | 第131页 |
| ·荧光染色及成像 | 第131-132页 |
| ·外膜蛋白抽提及蛋白分析 | 第132页 |
| ·钩体鞭毛基因的比较分析 | 第132-133页 |
| 3. 结果 | 第133-143页 |
| ·钩体细胞膜精细结构 | 第133-135页 |
| ·钩体细胞帽子结构 | 第135-136页 |
| ·趋化蛋白列阵 | 第136-137页 |
| ·钩体鞭毛马达结构 | 第137-140页 |
| ·钩体基因组DNA结构 | 第140-141页 |
| ·独特的细胞骨架结构 | 第141-142页 |
| ·钩体的贮藏物 | 第142-143页 |
| 4 讨论 | 第143-145页 |
| 参考文献 | 第145-147页 |
| 作者简历及在读期间所取得的科研成果 | 第147-150页 |
