| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第一章 引言 | 第11-18页 |
| 1.1 鱼类体色研究进展 | 第11-14页 |
| 1.1.1 鱼类体色显色机理 | 第11-12页 |
| 1.1.2 鱼类体色研究进展 | 第12-14页 |
| 1.2 锦鲤在体色研究中的特点及体色研究进展 | 第14-15页 |
| 1.2.1 锦鲤的特点 | 第14页 |
| 1.2.2 锦鲤体色遗传进展 | 第14-15页 |
| 1.3 高通量技术在研究体色遗传中的应用 | 第15-16页 |
| 1.4 鲤鱼体色表观遗传学研究进展 | 第16-18页 |
| 第二章 红白锦鲤不同颜色皮肤鳞片的差异表达分析 | 第18-33页 |
| 2.1 材料与方法 | 第18-19页 |
| 2.1.1 取材 | 第18页 |
| 2.1.2 总RNA提取 | 第18-19页 |
| 2.2 转录组文库构建及测序 | 第19-20页 |
| 2.2.1 总RNA质量控制 | 第19-20页 |
| 2.2.2 文库构建及上机测序 | 第20页 |
| 2.3 转录组组装及注释 | 第20-21页 |
| 2.3.1 数据清洗 | 第20页 |
| 2.3.2 组装与注释 | 第20-21页 |
| 2.3.3 测序饱和度评估 | 第21页 |
| 2.4 差异基因分析 | 第21-23页 |
| 2.4.1 皮肤与鳞片之间的差异基因的鉴定 | 第21-22页 |
| 2.4.2 红鳞与白鳞之间的差异基因鉴定 | 第22页 |
| 2.4.3 皮肤、鳞片之间共表达的体色相关的基因和生物学过程 | 第22-23页 |
| 2.5 结果 | 第23-31页 |
| 2.5.1 测序结果和比对结果简述 | 第23页 |
| 2.5.2 皮肤和鳞片中特异性表达的基因和生物学过程 | 第23-26页 |
| 2.5.3 红鳞、白鳞中与体色相关的差异表达基因和生物学过程分析 | 第26-28页 |
| 2.5.4 皮肤和鳞片中的一致性的差异基因和生物学过程 | 第28-31页 |
| 2.6 讨论 | 第31-33页 |
| 第三章 ISO-Analysis Pacbio全长转录组分析软件 | 第33-51页 |
| 3.1 ISO-Analysis的原理与具体实施方案 | 第33-39页 |
| 3.1.1 ISO-Analysis的技术术语定义 | 第33-35页 |
| 3.1.2 ISO-Analysis的主要原理及步骤 | 第35-39页 |
| 3.2 ISO-Analysis程序说明 | 第39-41页 |
| 3.2.1 ISO-Analysis下载安装 | 第39-40页 |
| 3.2.2 ISO-Analysis使用说明及参数设置 | 第40-41页 |
| 3.3 ISO-Analysis程序最优化模拟与应用 | 第41-47页 |
| 3.3.1 测试数据说明 | 第41-42页 |
| 3.3.2 性能评估指标 | 第42-43页 |
| 3.3.3 ISO-Analysis参数模拟 | 第43-47页 |
| 3.4 ISO-Analysis与其他软件比较 | 第47-49页 |
| 3.4.1 去接头效率比较 | 第48-49页 |
| 3.4.2 转录本的数量比较 | 第49页 |
| 3.5 定量结果分析 | 第49-50页 |
| 3.6 讨论 | 第50-51页 |
| 第四章 体色相关基因的全长转录本分析 | 第51-56页 |
| 4.1 材料与方法 | 第51-52页 |
| 4.1.1 取材 | 第51页 |
| 4.1.2 总RNA提取 | 第51-52页 |
| 4.2 文库构建及上机测序 | 第52-53页 |
| 4.2.1 文库构建 | 第52页 |
| 4.2.2 上机测序 | 第52-53页 |
| 4.3 分析流程 | 第53页 |
| 4.4 结果与讨论 | 第53-56页 |
| 第五章 其它工作(P_RNA_Scaffolder软件的功能完善) | 第56-65页 |
| 5.1 P_RNA_Scaffolder在小型基因组组装上的应用 | 第56-59页 |
| 5.1.1 不同软件组装大肠杆菌基因组组装结果比较 | 第57-58页 |
| 5.1.2 P_RNA_Scaffolder组装线充基因组 | 第58-59页 |
| 5.2 P_RNA_Scaffolder在三代基因组组装上的应用 | 第59页 |
| 5.3 P_RNA_Scaffolder提升matepair文库组装结果的连续性 | 第59-62页 |
| 5.4 转录本可变剪切体(isoforms)对P_RNA_Scaffolder组装的影响 | 第62-65页 |
| 第六章 结论 | 第65-67页 |
| 参考文献 | 第67-74页 |
| 附录 | 第74-91页 |
| 致谢 | 第91-92页 |
| 硕士在读期间完成的论文 | 第92页 |
