| 中文摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 缩略词表 | 第11-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-26页 |
| 1.1 高通量转录本测序技术 | 第12-14页 |
| 1.2 环状RNA的研究背景及意义 | 第14-18页 |
| 1.2.1 环状RNA的研究背景 | 第14-17页 |
| 1.2.2 环状RNA的研究意义 | 第17-18页 |
| 1.3 基于测序方法的环状RNA识别 | 第18-21页 |
| 1.4 机器学习方法 | 第21-23页 |
| 1.4.1 随机森林 | 第22页 |
| 1.4.2 支持向量机 | 第22-23页 |
| 1.5 论文的主要研究内容 | 第23-26页 |
| 1.5.1 研究内容 | 第23-24页 |
| 1.5.2 论文结构 | 第24-26页 |
| 第二章 RBP调控环状RNA产生的研究 | 第26-38页 |
| 2.1 引言 | 第26页 |
| 2.2 实验数据来源 | 第26页 |
| 2.3 工具介绍 | 第26-29页 |
| 2.3.1 BEDTOOLS-INTERSECTBED | 第27-28页 |
| 2.3.2 MEME-FIMO | 第28-29页 |
| 2.4 环状RNA不同区间RBP结合位点分布研究 | 第29-35页 |
| 2.4.1 环状RNA的不同外显子区间的RBP结合位点密度分布 | 第29-31页 |
| 2.4.2 环状RNA的不同内含子区间的RBP结合位点密度分布 | 第31-32页 |
| 2.4.3 环状RNA的外显子和内含子区间特异结合的RBP的比较分析 | 第32-35页 |
| 2.5 RBPGO分析 | 第35-37页 |
| 2.6 本章小结 | 第37-38页 |
| 第三章 环状RNA序列特征分析 | 第38-50页 |
| 3.1 引言 | 第38页 |
| 3.2 样本数据集选择及特征值筛选 | 第38-48页 |
| 3.2.1 样本数据集选择 | 第38-39页 |
| 3.2.2 序列组分特征 | 第39-41页 |
| 3.2.3 Alu重复序列 | 第41-45页 |
| 3.2.4 A-to-IRNA编辑 | 第45-46页 |
| 3.2.5 RBP | 第46-48页 |
| 3.3 本章小结 | 第48-50页 |
| 第四章 基于序列特征的环状RNA识别 | 第50-58页 |
| 4.1 引言 | 第50页 |
| 4.2 分类模型构建 | 第50-52页 |
| 4.3 分类结果与讨论 | 第52-55页 |
| 4.3.1 分类结果 | 第52-53页 |
| 4.3.2 特征排序及对模型训练的影响 | 第53-55页 |
| 4.4 与近剪接位点提取序列特征方法比较 | 第55-56页 |
| 4.5 基于热力学特征的模型测试 | 第56-57页 |
| 4.6 本章小结 | 第57-58页 |
| 第五章 总结与展望 | 第58-62页 |
| 5.1 论文的主要内容和研究成果 | 第58-59页 |
| 5.2 展望 | 第59-62页 |
| 致谢 | 第62-64页 |
| 附录 | 第64-70页 |
| 参考文献 | 第70-76页 |
| 作者简介 | 第76页 |
