| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 英文缩略词 | 第11-13页 |
| 第一章 DNA复制和转录冲突与协调以及进化意义(文献综述) | 第13-26页 |
| 1.1 DNA复制与转录冲突 | 第13-16页 |
| 1.1.1 复制和转录的必要性 | 第14页 |
| 1.1.2 复制转录冲突的两种形式 | 第14-15页 |
| 1.1.3 复制转录冲突的解决机制 | 第15-16页 |
| 1.2 复制转录冲突的协调以及损伤修复 | 第16-23页 |
| 1.2.1 复制转录冲突的协调 | 第17-19页 |
| 1.2.1.1 DksA蛋白 | 第17-18页 |
| 1.2.1.2 DksA蛋白消除复制转录冲突导致的复制滞留 | 第18-19页 |
| 1.2.1.3 Mfd蛋白使滞留的复制再起始 | 第19页 |
| 1.2.2 复制转录冲突引起的DNA损伤修复 | 第19-23页 |
| 1.2.2.1 DksA的损伤修复功能 | 第20页 |
| 1.2.2.2 SOS应答(SOS response) | 第20-21页 |
| 1.2.2.3 重要的SOS应答相关蛋白 | 第21-22页 |
| 1.2.2.4 其它修复途径 | 第22-23页 |
| 1.3 复制转录冲突对适应进化的意义 | 第23-26页 |
| 第二章 大肠杆菌DksA对DNA复制起始和损伤以及与转录冲突的协调作用 | 第26-88页 |
| 2.1 引言 | 第26-28页 |
| 2.1.1 大肠杆菌复制和转录 | 第26页 |
| 2.1.2 DnaA蛋白对大肠杆菌复制起始的调控 | 第26-27页 |
| 2.1.3 DNA损伤以及修复 | 第27-28页 |
| 2.1.4 研究目的 | 第28页 |
| 2.2 实验材料和方法 | 第28-55页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第28-37页 |
| 2.2.1.1 主要试剂及耗材 | 第28-29页 |
| 2.2.1.2 主要培养基与抗生素 | 第29-33页 |
| 2.2.1.3 菌种和质粒列表 | 第33-36页 |
| 2.2.1.4 引物列表 | 第36-37页 |
| 2.2.2 实验方法 | 第37-55页 |
| 2.2.2.1 质粒构建及DNA复制转录冲突对基因转录的影响 | 第37-43页 |
| 2.2.2.2 染色体上cat基因的插入以及DNA复制转录冲突对基因转录的影响 | 第43-46页 |
| 2.2.2.3 P1转导(P1 transduction)构建突变细胞 | 第46-48页 |
| 2.2.2.4 DksA对DNA复制起始的影响与DnaA蛋白对dksA基因的表达调控 | 第48-53页 |
| 2.2.2.5 紫外线(UV)敏感性检测 | 第53页 |
| 2.2.2.6 纳米药物N-卤胺(ANHP NPs)处理细胞 | 第53-54页 |
| 2.2.2.7 纳米药物氧化锌(ZnO)处理细胞 | 第54-55页 |
| 2.3 结果 | 第55-85页 |
| 2.3.1 复制对转录的影响 | 第55-59页 |
| 2.3.1.1 复制对转录的影响 | 第55-58页 |
| 2.3.1.2 引导链基因转录高于滞后链基因 | 第58-59页 |
| 2.3.2 在复制和转录冲突中DksA和Mfd对转录的影响 | 第59-63页 |
| 2.3.2.1 DksA对基因转录的影响依赖于营养 | 第59-62页 |
| 2.3.2.2 Mfd对基因转录的影响依赖于营养 | 第62-63页 |
| 2.3.3 DksA对DNA复制起始的影响 | 第63-70页 |
| 2.3.3.1 DksA对复制起始的影响依赖于营养 | 第63-66页 |
| 2.3.3.2 DksA对relA1ΔspoT细胞复制起始的影响 | 第66-68页 |
| 2.3.3.3 DksA对rpoS359细胞复制起始的影响 | 第68-70页 |
| 2.3.4 DksA蛋白对DNA损伤与细胞存活率的影响 | 第70-79页 |
| 2.3.4.1 DksA蛋白修复UV诱导的DNA损伤 | 第70页 |
| 2.3.4.2 ΔdksA突变细胞对纳米药物N-卤胺(ANHP NPs)具有敏感性 | 第70-73页 |
| 2.3.4.3 ΔdksA突变细胞对纳米药物氧化锌(ZnO)具有敏感性 | 第73-77页 |
| 2.3.4.4 DksA的修复功能不依赖于核苷酸切除修复、跨损伤复制和重组修复 | 第77-79页 |
| 2.3.4.5 DksA与RecN协同作用修复DNA损伤 | 第79页 |
| 2.3.5 DnaA蛋白对dksA基因的表达调控 | 第79-85页 |
| 2.3.5.1 DnaA蛋白对dksA启动子具有微弱的调控作用 | 第79-83页 |
| 2.3.5.2 过表达DnaA对dksA启动子活性没有明显的影响 | 第83页 |
| 2.3.5.3 DnaA蛋白可用量的减少对dksA启动子活性没有影响 | 第83-85页 |
| 2.4 讨论和结论 | 第85-88页 |
| 2.4.1 讨论 | 第85-87页 |
| 2.4.1.1 DksA协调引导链和滞后链上的基因转录 | 第85-87页 |
| 2.4.1.2 DnaA蛋白对dksA基因的表达调控 | 第87页 |
| 2.4.1.3 DksA与RecN修复复制转录冲突引起的DNA损伤 | 第87页 |
| 2.4.2 结论 | 第87-88页 |
| 参考文献 | 第88-99页 |
| 致谢 | 第99-100页 |
| 攻读博士期间发表的论文 | 第100页 |
