基于异质网络排序候选疾病基因的算法研究
| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第1章 绪论 | 第13-22页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第13-15页 |
| 1.2 研究现状 | 第15-19页 |
| 1.2.1 传统疾病基因预测 | 第15-16页 |
| 1.2.2 基于生物信息学方法的疾病基因预测 | 第16-19页 |
| 1.3 研究内容 | 第19-20页 |
| 1.4 论文结构安排 | 第20-22页 |
| 第2章 RWR算法简介 | 第22-32页 |
| 2.1 概述 | 第22-27页 |
| 2.1.1 网络和图的基本概念 | 第22-23页 |
| 2.1.2 复杂网络特性 | 第23-26页 |
| 2.1.3 RWR算法 | 第26-27页 |
| 2.2 RWR算法的改进及应用 | 第27-30页 |
| 2.2.1 RWR算法改进 | 第27-29页 |
| 2.2.2 RWR算法的应用 | 第29-30页 |
| 2.3 RWR算法分析 | 第30页 |
| 2.4 本章小结 | 第30-32页 |
| 第3章 构建语义相似性网络 | 第32-40页 |
| 3.1 GeneOntology语义相似性 | 第32-35页 |
| 3.1.1 GO语义相似性简介 | 第32-34页 |
| 3.1.2 GO语义相似性评估方法 | 第34-35页 |
| 3.2 构建基因语义相似性网络 | 第35-39页 |
| 3.2.1 GO语义相似性数据来源 | 第35页 |
| 3.2.2 构建GO语义相似性网络 | 第35-39页 |
| 3.3 本章小结 | 第39-40页 |
| 第4章 RWRH-GO算法与候选疾病基因排序 | 第40-50页 |
| 4.1 优化PPI网络 | 第40-42页 |
| 4.1.1 人类基因编码的蛋白质数据库 | 第40-41页 |
| 4.1.2 语义相似性数据对PPI网络的优化 | 第41-42页 |
| 4.2 异质网络构建 | 第42-45页 |
| 4.2.1 表型相似性网络 | 第42-43页 |
| 4.2.2 表型-基因关系网络 | 第43-44页 |
| 4.2.3 构建异质网络 | 第44-45页 |
| 4.3 排序候选疾病基因 | 第45-46页 |
| 4.3.1 RWRH-GO算法 | 第45页 |
| 4.3.2 打分排序 | 第45-46页 |
| 4.4 实验结果分析 | 第46-48页 |
| 4.4.1 测试方法和评价指标 | 第46-47页 |
| 4.4.2 数据对比分析 | 第47-48页 |
| 4.5 本章小结 | 第48-50页 |
| 第5章 RWRHD算法与候选疾病基因排序 | 第50-56页 |
| 5.1 度调节简介 | 第50-52页 |
| 5.1.1 基于PPI网络算法的局限 | 第50-51页 |
| 5.1.2 基于候选基因度参考模型 | 第51-52页 |
| 5.1.3 一致排序 | 第52页 |
| 5.2 RWRHD算法实验结果分析 | 第52-54页 |
| 5.2.1 测试方法和评价指标 | 第52-53页 |
| 5.2.2 数据对比分析 | 第53-54页 |
| 5.3 本章小结 | 第54-56页 |
| 结论与展望 | 第56-58页 |
| 参考文献 | 第58-62页 |
| 致谢 | 第62-63页 |
| 附录 A 攻读硕士学位期间所发表的学术论文 | 第63页 |
