| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第一章 文献综述 | 第10-24页 |
| 1.1 水稻叶毛的研究进展 | 第11-14页 |
| 1.1.1 表毛的概念、类型 | 第11页 |
| 1.1.2 表皮毛的发育机制 | 第11-12页 |
| 1.1.3 表皮毛的功能 | 第12-13页 |
| 1.1.4 表皮毛的研究进展 | 第13-14页 |
| 1.2 全基因组关联分析研究现状 | 第14-22页 |
| 1.2.1 GWAS的理论基础-连锁不平衡 | 第15页 |
| 1.2.2 GWAS的研究策略 | 第15-19页 |
| 1.2.2.1 种质材料的选择 | 第16-17页 |
| 1.2.2.2 目标性状的选择和表型鉴定 | 第17页 |
| 1.2.2.3 基因型的测定 | 第17-18页 |
| 1.2.2.4 群体结构和连锁不平衡分析 | 第18页 |
| 1.2.2.5 关联作图及候选基因发掘 | 第18-19页 |
| 1.2.3 全基因组关联分析的应用 | 第19-22页 |
| 1.3 本研究的目的与意义 | 第22-24页 |
| 第二章 水稻叶毛基因HL6(Hairy Leaf 6)的定位、克隆与功能验证 | 第24-37页 |
| 2.1 研究材料、所用试剂及相关实验设备 | 第24-25页 |
| 2.1.1 研究材料 | 第24页 |
| 2.1.2 实验试剂及仪器 | 第24-25页 |
| 2.2 实验方法 | 第25-37页 |
| 2.2.1 田间种植 | 第25页 |
| 2.2.2 表型考察 | 第25页 |
| 2.2.3 多毛和少毛水稻品种亚纤维结构的观察 | 第25-26页 |
| 2.2.4 SNP基因型的获得 | 第26页 |
| 2.2.5 群体结构分析 | 第26页 |
| 2.2.6 连锁不平衡(LD)分析 | 第26页 |
| 2.2.7 全基因组关联分析 | 第26页 |
| 2.2.8 候选基因的查找 | 第26页 |
| 2.2.9 候选基因的检测 | 第26-30页 |
| 2.2.9.1 DNA的提取 | 第27页 |
| 2.2.9.2 PCR扩增DNA反应及凝胶电泳检测 | 第27-28页 |
| 2.2.9.3 PCR产物的回收 | 第28-29页 |
| 2.2.9.4 RNA的提取 | 第29-30页 |
| 2.2.9.5 水稻叶片RNA反转录成cDNA | 第30页 |
| 2.2.9.6 实时定量PCR(RT-PCR)检测候选基因的表达量 | 第30页 |
| 2.2.10 候选基因HL6的验证 | 第30-36页 |
| 2.2.10.1 候选基因HL6的测序验证 | 第30-31页 |
| 2.2.10.2 候选基因HL6的过表达载体构建和遗传转化 | 第31-33页 |
| 2.2.10.3 候选基因HL6的敲除载体构建和遗传转化 | 第33-36页 |
| 2.2.11 单体型分析 | 第36-37页 |
| 第三章 结果与分析 | 第37-49页 |
| 3.1 水稻叶毛性状的表型数据分析 | 第37页 |
| 3.2 多毛和少毛水稻品种叶毛亚纤维结构的观察 | 第37-38页 |
| 3.3 基因型数据的统计 | 第38-39页 |
| 3.4 水稻品种的群体结构分析 | 第39-41页 |
| 3.5 LD分析 | 第41-42页 |
| 3.6 水稻叶毛性状的GWAS分析 | 第42-44页 |
| 3.7 候选基因的预测与检验 | 第44-47页 |
| 3.7.1 候选基因HL6的序列分析 | 第44-46页 |
| 3.7.2 候选基因的表达量分析 | 第46页 |
| 3.7.3 过表达载体的构建与遗传转化 | 第46-47页 |
| 3.7.4 敲除载体的构建与遗传转化 | 第47页 |
| 3.8 149份水稻品种的单体型分析 | 第47-49页 |
| 第四章 讨论 | 第49-51页 |
| 4.1 全基因组关联分析的不足 | 第49页 |
| 4.2 群体结构对GWAS分析的影响 | 第49-50页 |
| 4.3 候选基因的预测与验证 | 第50页 |
| 4.4 水稻叶毛发育相关基因/QTL的鉴定 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-65页 |
| 附录 | 第65-74页 |
| 攻读学位期间取得的研究成果 | 第74-75页 |
| 致谢 | 第75-78页 |
