| 摘要 | 第8-12页 |
| Abstract | 第12-16页 |
| 缩略语表(Abbreviation) | 第17-20页 |
| 第1章 文献综述 | 第20-33页 |
| 1.1 猪流行性腹泻 | 第20-21页 |
| 1.1.1 PED的危害 | 第20页 |
| 1.1.2 PEDV病原学特征 | 第20-21页 |
| 1.1.3 PEDV基因组结构特征 | 第21页 |
| 1.2 PEDV编码蛋白简介 | 第21-23页 |
| 1.3 PEDV 3CL~(pro)简介 | 第23-26页 |
| 1.3.1 PEDV 3CL~(pro)的功能及切割特点 | 第23页 |
| 1.3.2 PEDV 3CL~(pro)发挥生物学功能的形式 | 第23-25页 |
| 1.3.3 PEDV 3CL~(pro)的催化机制 | 第25-26页 |
| 1.4 PEDV与天然免疫 | 第26页 |
| 1.5 NEMO的生物学意义 | 第26-27页 |
| 1.6 蛋白质和分子动力学模拟(MD) | 第27-31页 |
| 1.6.1 蛋白质结构与功能的关系 | 第27-28页 |
| 1.6.2 蛋白质的二级结构及氢键 | 第28-29页 |
| 1.6.3 分子动力学模拟(MD) | 第29-30页 |
| 1.6.4 分子动力学模拟在生物大分子体系中的应用 | 第30-31页 |
| 1.7 MD与药物设计 | 第31-33页 |
| 第2章 研究的目的与意义 | 第33-34页 |
| 第3章 材料与方法 | 第34-52页 |
| 3.1 分子生物学实验材料 | 第34-40页 |
| 3.1.1 细胞、菌株 | 第34页 |
| 3.1.2 载体与质粒 | 第34-35页 |
| 3.1.3 工具酶与主要的化学试剂 | 第35-36页 |
| 3.1.4 Western Blot实验材料 | 第36页 |
| 3.1.5 培养基及其配制 | 第36-37页 |
| 3.1.6 主要缓冲液与相关试剂的配制 | 第37-39页 |
| 3.1.7 主要实验仪器及设备 | 第39-40页 |
| 3.1.8 分析软件 | 第40页 |
| 3.2 分子生物学实验方法 | 第40-49页 |
| 3.2.1 NEMO突变体的构建 | 第40-43页 |
| 3.2.2 限制性内切酶酶切反应 | 第43页 |
| 3.2.3 PCR产物或酶切产物的电泳检测 | 第43页 |
| 3.2.4 PCR产物或酶切产物的回收与纯化 | 第43页 |
| 3.2.5 外源DNA片段与质粒载体的连接反应 | 第43-44页 |
| 3.2.6 大肠杆菌感受态细胞的制备(氯化钙法) | 第44-45页 |
| 3.2.7 连接产物的转化 | 第45页 |
| 3.2.8 重组质粒的制备与鉴定 | 第45-46页 |
| 3.2.9 质粒的转染(脂质体介导的瞬时转染法) | 第46-47页 |
| 3.2.10 WesternBlot检测目的基因在真核细胞中的表达 | 第47-49页 |
| 3.2.11 相关性分析 | 第49页 |
| 3.3 分子动力学模拟方法 | 第49-52页 |
| 3.3.1 野生型和突变型复合物体系的选取 | 第49-50页 |
| 3.3.2 分子动力学模拟 | 第50页 |
| 3.3.3 数据分析 | 第50-52页 |
| 第4章 结果与分析 | 第52-70页 |
| 4.1 Westernblot分析PEDV 3CL~(pro)对不同突变底物的切割 | 第52-54页 |
| 4.2 6 个体系的分子动力学模型的构建 | 第54-55页 |
| 4.3 NEMOP3位点不同突变体与PEDV 3CL~(pro)间的自由能分析 | 第55-57页 |
| 4.4 NEMOP3位点邻近氨基酸二级结构分析 | 第57-58页 |
| 4.5 二级结构变化的原因 | 第58-59页 |
| 4.6 P2、P1间肽键的翻转 | 第59-61页 |
| 4.7 P2位氧原子翻转,导致S2口袋氨基酸H41的构象发生变化 | 第61-64页 |
| 4.8 H41构象变化前后的差异性氢键分析 | 第64-65页 |
| 4.9 H41构象的改变,影响PEDV 3CL~(pro)中H41和C144间距 | 第65-68页 |
| 4.10 酶活二联体位点间距与底物切割程度间的相关性 | 第68-70页 |
| 第5章 讨论与结论 | 第70-75页 |
| 5.1 讨论 | 第70-74页 |
| 5.1.1 NEMOP2、P3位β-sheet结构有利于PEDV 3CL~(pro)的切割 | 第71-72页 |
| 5.1.2 NEMOP3位电荷影响PEDV 3CL~(pro)的切割 | 第72页 |
| 5.1.3 NEMOP2位氧原子引起的级联效应 | 第72-73页 |
| 5.1.4 PEDV 3CL~(pro)与NEMO间的分子动力学模拟指导药物设计 | 第73-74页 |
| 5.2 结论 | 第74-75页 |
| 参考文献 | 第75-89页 |
| 致谢 | 第89页 |
