| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 缩略语 | 第11-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-27页 |
| 1.1 猪肉品质性状 | 第13-15页 |
| 1.1.1 猪肉质性状的主要评定指标 | 第13-14页 |
| 1.1.2 肌内脂肪含量与其他肉质性状之间的关系 | 第14页 |
| 1.1.3 肌纤维类型与肉质性状之间的关系 | 第14-15页 |
| 1.1.4 影响猪肉质性状的因素 | 第15页 |
| 1.2 猪肉肌内脂肪 | 第15-17页 |
| 1.2.1 肌内脂肪的成分 | 第15页 |
| 1.2.2 肌内脂肪的生成与发育 | 第15-16页 |
| 1.2.3 肌内脂肪形成的影响因素 | 第16-17页 |
| 1.3 猪肌内脂肪含量等肉质性状的遗传解析 | 第17-20页 |
| 1.3.1 猪肌内脂肪等肉质性状的QTL定位研究进展 | 第17-18页 |
| 1.3.1.1 QTL定位 | 第17页 |
| 1.3.1.2 猪肉质性状的QTL定位 | 第17页 |
| 1.3.1.3 猪肌内脂肪含量QTL定位 | 第17-18页 |
| 1.3.2 猪肌内脂肪的GWAS研究进展 | 第18-19页 |
| 1.3.2.1 全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS) | 第18页 |
| 1.3.2.2 猪肉质性状的GWAS分析 | 第18-19页 |
| 1.3.2.3 猪肌内脂肪的GWAS分析 | 第19页 |
| 1.3.3 影响肌内脂肪含量候选基因的研究进展 | 第19-20页 |
| 1.3.3.1 H-FABP基因对肌内脂肪含量的影响 | 第19页 |
| 1.3.3.2 A-FABP基因对肌内脂肪含量的影响 | 第19-20页 |
| 1.3.3.3 MYH家族基因对肌内脂肪含量的影响 | 第20页 |
| 1.4 利用系统生物学鉴别因果基因和因果突变位点 | 第20-22页 |
| 1.5 基因编辑技术概述 | 第22-24页 |
| 1.5.1 基因打靶技术 | 第22页 |
| 1.5.2 锌指核酸酶 | 第22-23页 |
| 1.5.3 转录激活因子样效应因子核酸酶 | 第23页 |
| 1.5.4 CRISPR/Cas9 | 第23-24页 |
| 1.6 GLUT4葡萄糖转运体概述 | 第24-26页 |
| 1.6.1 影响GLUT4表达的因素 | 第24页 |
| 1.6.2 细胞内GLUT4的分布 | 第24-25页 |
| 1.6.2.1 内体和TGN | 第24-25页 |
| 1.6.2.2 GLUT4储存囊泡 | 第25页 |
| 1.6.3 GLUT4的转位机制 | 第25-26页 |
| 1.6.4 GLUT4与肌纤维类型 | 第26页 |
| 1.7 本研究的目的及意义 | 第26-27页 |
| 1.7.1 研究目的 | 第26页 |
| 1.7.2 研究意义 | 第26-27页 |
| 第二章 研究正文 | 第27-65页 |
| 2.1 引言 | 第27页 |
| 2.2 材料和方法 | 第27-36页 |
| 2.2.1 实验群体 | 第27-28页 |
| 2.2.2 肉质性状表型测定 | 第28-29页 |
| 2.2.3 全基因组关联分析 | 第29页 |
| 2.2.4 群体层化分析 | 第29-30页 |
| 2.2.5 连锁与连锁不平衡(linkage and linkage disequilibrium, LDLA)分析及单倍型共享分析 | 第30页 |
| 2.2.6 SNP分型 | 第30页 |
| 2.2.7 目标区域重测序 | 第30-31页 |
| 2.2.8 肌肉组织RNA提取及cDNA合成 | 第31页 |
| 2.2.9 转录组测序(RNA-seq) | 第31-32页 |
| 2.2.10 qRT-PCR及Western blot分析 | 第32页 |
| 2.2.11 肌肉组织eQTL定位及数量性状转录本(QTT)分析 | 第32-33页 |
| 2.2.12 组化分析 | 第33页 |
| 2.2.13 背最长肌蛋白MRM质谱分析 | 第33-34页 |
| 2.2.14 DNA pull down | 第34页 |
| 2.2.15 表达载体的转染和共转染分析 | 第34-35页 |
| 2.2.16 基因编辑小鼠 | 第35-36页 |
| 2.3 结果与分析 | 第36-59页 |
| 2.3.1 莱芜猪肉质性状全基因组关联分析 | 第36-42页 |
| 2.3.1.1 莱芜猪肉质性状的表型分析 | 第36-37页 |
| 2.3.1.2 莱芜猪不同肌肉类型肉质性状比较分析 | 第37页 |
| 2.3.1.3 群体层化分析结果 | 第37页 |
| 2.3.1.4 不同肉质性状GWAS结果 | 第37-42页 |
| 2.3.2 SSC12影响IMF QTL精细定位 | 第42-59页 |
| 2.3.2.0 LDLA分析 | 第42页 |
| 2.3.2.1 QTL区域参考序列质量分析 | 第42-43页 |
| 2.3.2.2 QTL区域的精细定位 | 第43-45页 |
| 2.3.2.3 目标区域重测序 | 第45-46页 |
| 2.3.2.4 转录组测序筛选差异表达基因 | 第46-48页 |
| 2.3.2.5 QTT和eQTL定位分析确定因果基因及因果突变位点 | 第48-49页 |
| 2.3.2.6 不同群体中验证rs222为SSC12 QTL因果突变位点 | 第49-51页 |
| 2.3.2.7 MYH4基因内其它突变位点对肌内脂肪含量的影响 | 第51-53页 |
| 2.3.2.8 rs222影响背最长肌肌纤维类型 | 第53-54页 |
| 2.3.2.9 基因编辑小鼠进一步验证rs222为影响IMF的因果突变位点 | 第54-55页 |
| 2.3.2.10 rs222对莱芜猪其他性状的影响 | 第55-56页 |
| 2.3.2.11 DNA pull down和体外细胞转染实验证实rs222突变影响MYH4基因表达 | 第56-58页 |
| 2.3.2.12 rs222通过改变GLUT4转位和丰度来增加肌内脂肪含量 | 第58-59页 |
| 2.4 讨论 | 第59-65页 |
| 2.4.1 莱芜猪肉质性状的GWAS分析 | 第59-61页 |
| 2.4.1.1 肉质性状的GWAS结果 | 第59-60页 |
| 2.4.1.2 不同肌肉组织对肉质性状的影响 | 第60页 |
| 2.4.1.3 莱芜猪肉质性状候选基因 | 第60-61页 |
| 2.4.2 SSC12影响IMF QTL精细定位 | 第61页 |
| 2.4.3 MYH4基因是SSC12上影响IMF的因果基因 | 第61-62页 |
| 2.4.4 rs222位点是SSC12上影响IMF的因果突变位点 | 第62页 |
| 2.4.5 rs222位点对其他肉质性状的影响 | 第62-63页 |
| 2.4.6 因果基因和因果突变位点影响肌内脂肪含量的作用通路 | 第63页 |
| 2.4.7 研究展望 | 第63-65页 |
| 全文总结 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-85页 |
| 附录 | 第85-118页 |
| 附录1 526 Kb目的区间重测序的引物 | 第85-89页 |
| 附录2 莱芜猪群体肉质性状Q-Qplot图 | 第89-90页 |
| 附录3 莱芜猪群体肉质性状GWAS分析的曼哈顿图 | 第90-91页 |
| 附录4 RNA-seq分析获得的753个差异表达基因 | 第91-109页 |
| 附录5 目的区间9个基因的RT-PCR结果及剩余5个基因QTT结果图 | 第109-110页 |
| 附录6 中国地方猪种含rs222突变后T的频率 | 第110-111页 |
| 附录7 DNA pull down检测到的90个差异结合蛋白 | 第111-114页 |
| 附录8 本研究中所用的引物 | 第114-116页 |
| 附录9 个人简历 | 第116-117页 |
| 附录10 在读期间发表论文及专利 | 第117-118页 |
| 致谢 | 第118-119页 |
