| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第12-31页 |
| 1.1 抗生素概述 | 第12-18页 |
| 1.1.1 抗生素种类及作用机制 | 第12-14页 |
| 1.1.2 抗生素使用现状 | 第14-16页 |
| 1.1.3 红霉素简介 | 第16-17页 |
| 1.1.4 抗生素的微生物生态学效应 | 第17-18页 |
| 1.2 细菌耐药性及抗性基因 | 第18-22页 |
| 1.2.1 细菌耐药机制 | 第19-20页 |
| 1.2.2 ARGs在环境中的传播 | 第20-21页 |
| 1.2.3 ARGs的水平转移 | 第21-22页 |
| 1.3 微生物群落研究现状 | 第22-24页 |
| 1.3.1 微生物群落组成 | 第23页 |
| 1.3.2 微生物群落研究方法 | 第23-24页 |
| 1.4 宏基因组学概述 | 第24-27页 |
| 1.4.1 宏基因组学研究路线 | 第25-26页 |
| 1.4.2 宏基因组学的应用 | 第26-27页 |
| 1.5 本课题研究目的、意义和内容 | 第27-31页 |
| 1.5.1 研究目的、意义 | 第27-28页 |
| 1.5.2 研究范围和内容 | 第28-31页 |
| 第二章 红霉素对底泥微生物群落结构的影响 | 第31-47页 |
| 2.1 样品采集 | 第31页 |
| 2.2 主要仪器及试剂 | 第31-32页 |
| 2.3 实验方法 | 第32-36页 |
| 2.3.1 环境总DNA提取 | 第32-33页 |
| 2.3.2 16S rRNA基因片段的扩增 | 第33-34页 |
| 2.3.3 原始数据质量过滤以及OTU划分 | 第34页 |
| 2.3.4 生物信息分析 | 第34-36页 |
| 2.4 结果与讨论 | 第36-46页 |
| 2.4.1 测序统计与多样性指数 | 第36-40页 |
| 2.4.2 群落组成 | 第40-42页 |
| 2.4.3 红霉素对微生物群落的影响 | 第42-46页 |
| 2.5 本章小结 | 第46-47页 |
| 第三章 红霉素耐药菌群的多样性 | 第47-57页 |
| 3.1 样品采集 | 第47页 |
| 3.2 主要仪器及试剂 | 第47-48页 |
| 3.3 实验方法 | 第48-51页 |
| 3.3.1 可培养耐红霉素细菌的培养和计数 | 第48页 |
| 3.3.2 可培养耐红霉素菌的分离与鉴定 | 第48页 |
| 3.3.3 样品总DNA的提取 | 第48-49页 |
| 3.3.4 PCR扩增及产物纯化 | 第49-51页 |
| 3.3.5 克隆文库的构建 | 第51页 |
| 3.4 结果与讨论 | 第51-56页 |
| 3.4.1 可培养耐红霉素细菌的计数与分离鉴定 | 第51-52页 |
| 3.4.2 16S rDNA克隆文库的分析 | 第52-54页 |
| 3.4.3 底泥样品 16S rDNA系统发育分析 | 第54-56页 |
| 3.5 本章小结 | 第56-57页 |
| 第四章 红霉素对底泥微生物抗性基因的影响 | 第57-70页 |
| 4.1 样品采集 | 第57页 |
| 4.2 主要仪器及试剂 | 第57页 |
| 4.3 实验方法 | 第57-58页 |
| 4.3.1 环境总DNA提取 | 第57页 |
| 4.3.2 测序方法及数据控制 | 第57页 |
| 4.3.3 抗生素抗性基因分析 | 第57-58页 |
| 4.4 结果与讨论 | 第58-69页 |
| 4.4.1 环境总DNA提取及数据控制 | 第58页 |
| 4.4.2 抗生素抗性基因分析 | 第58-60页 |
| 4.4.3 红霉素对抗性基因的影响 | 第60-67页 |
| 4.4.4 部分抗性基因耐药机制注释 | 第67-69页 |
| 4.5 本章小结 | 第69-70页 |
| 结论与展望 | 第70-73页 |
| 参考文献 | 第73-81页 |
| 攻读硕士学位期间取得的研究成果 | 第81-82页 |
| 致谢 | 第82-83页 |
| 附件 | 第83页 |