| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 缩略词表 | 第15-16页 |
| 第一章 绪论 | 第16-36页 |
| 1.1 研究背景与意义 | 第16页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第16-34页 |
| 1.2.1 消化道菌群的重要性 | 第16-22页 |
| 1.2.2 消化道菌群属性 | 第22-25页 |
| 1.2.3 消化道微生态影响因素 | 第25-32页 |
| 1.2.4 消化道菌群调控方法与策略 | 第32-34页 |
| 1.3 研究目的、内容、方法和技术路线 | 第34-36页 |
| 1.3.1 研究目的 | 第34-35页 |
| 1.3.2 研究内容和方法 | 第35页 |
| 1.3.3 技术路线 | 第35-36页 |
| 第二章 奶牛瘤胃食糜、瘤胃液和瘤胃残渣中菌群比较研究 | 第36-48页 |
| 2.1 引言 | 第36页 |
| 2.2 材料与方法 | 第36-39页 |
| 2.2.1 试验动物和样品采集 | 第36-37页 |
| 2.2.2 DNA提取 | 第37-38页 |
| 2.2.3 PCR扩增 | 第38页 |
| 2.2.4 高通量测序 | 第38页 |
| 2.2.5 质量控制和数据处理 | 第38页 |
| 2.2.6 数据分析 | 第38-39页 |
| 2.3 结果 | 第39-45页 |
| 2.3.1 瘤胃不同部位菌群结构差异 | 第39-43页 |
| 2.3.2 不同瘤胃部位菌群结构的差异 | 第43-45页 |
| 2.4 讨论 | 第45-46页 |
| 2.5 小结 | 第46-48页 |
| 第三章 瘤胃菌群移植调控瘤胃和直肠菌群有效性研究 | 第48-66页 |
| 3.1 引言 | 第48页 |
| 3.2 材料与方法 | 第48-51页 |
| 3.2.1 试验动物 | 第48-49页 |
| 3.2.2 试验动物分组 | 第49页 |
| 3.2.3 抗生素处理 | 第49页 |
| 3.2.4 瘤胃菌群移植 | 第49页 |
| 3.2.5 样品采集 | 第49页 |
| 3.2.6 DNA提取和高通量测序 | 第49-50页 |
| 3.2.7 数据处理 | 第50页 |
| 3.2.8 高可信度OTUs | 第50页 |
| 3.2.9 网络构建和指标分析 | 第50-51页 |
| 3.2.10 统计分析 | 第51页 |
| 3.3 结果 | 第51-63页 |
| 3.3.1 奶牛瘤胃菌群和粪便菌群差异与关联分析 | 第51-53页 |
| 3.3.2 抗生素导致瘤胃和粪便中菌群的改变 | 第53-55页 |
| 3.3.3 瘤胃菌群移植对瘤胃菌群恢复的影响 | 第55-58页 |
| 3.3.4 瘤胃菌群移植对粪便菌群恢复的影响 | 第58-60页 |
| 3.3.5 瘤胃菌群移植对瘤胃和粪便菌群网络拓扑结构的影响 | 第60-63页 |
| 3.4 讨论 | 第63-65页 |
| 3.5 小结 | 第65-66页 |
| 第四章 肠道预处理对菌群移植效率的影响 | 第66-80页 |
| 4.1 引言 | 第66页 |
| 4.2 材料与方法 | 第66-68页 |
| 4.2.1 试验动物 | 第66页 |
| 4.2.2 试验动物处理 | 第66-67页 |
| 4.2.3 菌群移植 | 第67页 |
| 4.2.4 样品采集 | 第67页 |
| 4.2.5 DNA提取和高通量测序 | 第67页 |
| 4.2.6 数据处理 | 第67-68页 |
| 4.2.7 数据分析 | 第68页 |
| 4.3 结果 | 第68-77页 |
| 4.3.1 不同肠道预处理方法对菌群移植的影响 | 第68页 |
| 4.3.2 不同肠道预处理方法对菌群移植效率的影响 | 第68页 |
| 4.3.3 不同肠道预处理方法对外来菌定植的影响 | 第68-71页 |
| 4.3.4 不同肠道预处理对肠道菌群的影响 | 第71-74页 |
| 4.3.5 抗生素对肠粘膜菌群代谢的影响 | 第74-75页 |
| 4.3.6 肠道菌群在抗生素-菌群移植联合疗法过程中的变化 | 第75-77页 |
| 4.4 讨论 | 第77-78页 |
| 4.5 小结 | 第78-80页 |
| 第五章 结论与建议 | 第80-82页 |
| 5.1 本研究主要结论 | 第80页 |
| 5.2 本研究主要创新 | 第80页 |
| 5.3 有待进一步研究和解决的问题 | 第80-82页 |
| 参考文献 | 第82-102页 |
| 附图 | 第102-104页 |
| 致谢 | 第104-106页 |
| 个人简介 | 第106-107页 |
