| 致谢 | 第6-8页 |
| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10页 |
| 目录 | 第12-14页 |
| 1. 绪论 | 第14-39页 |
| 1.1 表观遗传与DNA甲基化概述 | 第14页 |
| 1.2 DNA甲基化的建立与维持 | 第14-16页 |
| 1.3 RNA干扰通路 | 第16-27页 |
| 1.3.1 sRNA的产生和分类 | 第17-23页 |
| 1.3.2 RISC的组装 | 第23-26页 |
| 1.3.3 RISC的效应 | 第26-27页 |
| 1.4 拟南芥中的RNAi通路 | 第27-32页 |
| 1.4.1 拟南芥中RNAi通路的蛋白组分 | 第27-29页 |
| 1.4.2 拟南芥中的sRNA | 第29-32页 |
| 1.5 RNA介导的DNA甲基化通路 | 第32-38页 |
| 1.5.1 hc-siRNA产生 | 第32-34页 |
| 1.5.2 沉默复合体介导的DNA甲基化建立 | 第34-35页 |
| 1.5.3 RdDM通路的特异性 | 第35-36页 |
| 1.5.4 DNA甲基化与组蛋白修饰的交叉 | 第36-38页 |
| 1.6 本课题研究的意义 | 第38-39页 |
| 2. 实验材料与实验方法 | 第39-71页 |
| 2.1 实验材料 | 第39-40页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第39页 |
| 2.1.2 酶与生物化学试剂 | 第39-40页 |
| 2.2 实验方法 | 第40-71页 |
| 2.2.1 植物培养 | 第40-41页 |
| 2.2.2 拟南芥有性杂交与多突变体的构建 | 第41-43页 |
| 2.2.3 拟南芥细胞核质分离 | 第43-44页 |
| 2.2.4 细胞组分的色谱分析 | 第44页 |
| 2.2.5 植物总RNA提取 | 第44-45页 |
| 2.2.6 RNA反转录与荧光实时定量PCR | 第45-47页 |
| 2.2.7 sRNA富集与northern blot检测 | 第47-50页 |
| 2.2.8 sRNA的高通量测序文库的构建 | 第50-53页 |
| 2.2.9 载体构建的一般方法 | 第53-56页 |
| 2.2.10 本论文所用载体构建策略 | 第56-57页 |
| 2.2.11 农杆菌介导的拟南芥转基因 | 第57-59页 |
| 2.2.12 原生质体转化与荧光观察 | 第59-60页 |
| 2.2.13 免疫纯化AGO4蛋白与银染检测 | 第60-62页 |
| 2.2.14 Western blot检测 | 第62-63页 |
| 2.2.15 拟南芥基因组DNA提取 | 第63页 |
| 2.2.16 重亚硫酸盐测序分析 | 第63-65页 |
| 2.2.17 Chop-PCR检测DNA甲基化水平 | 第65页 |
| 2.2.18 全基因组甲基化测序 | 第65-68页 |
| 2.2.19 AGO4/siRNA复合体体外组装分析 | 第68-70页 |
| 2.2.20 生物信息学分析 | 第70-71页 |
| 3. AGO4/siRNA复合体细胞质内组装和选择性入核的机制 | 第71-90页 |
| 3.1 结果与分析 | 第71-87页 |
| 3.1.1 hc-siRNA主要存在于细胞质中 | 第71-72页 |
| 3.1.2 细胞质和细胞核中hc-siRNA的生化检测 | 第72-76页 |
| 3.1.3 AGO4在细胞质中装载hc-siRNA | 第76-78页 |
| 3.1.4 AGO4与hc-siRNA组装的生化机制 | 第78-81页 |
| 3.1.5 hc-siRNA与AGO4的结合促进了AG04的入核 | 第81-84页 |
| 3.1.6 AGO4的入核由核定位信号的可识别性所调控 | 第84-86页 |
| 3.1.7 AGO4/siRNA复合体选择性入核的意义 | 第86-87页 |
| 3.2 讨论 | 第87-90页 |
| 4. 不依赖DCL的sRNA介导DNA甲基化的机理研究 | 第90-107页 |
| 4.1 结果与分析 | 第90-104页 |
| 4.1.1 鉴定和分析拟南芥中不依赖DCL的sRNA | 第90-94页 |
| 4.1.2 DI-sRNA产生机制的遗传分析 | 第94-96页 |
| 4.1.3 AGO4与DI-sRNA结合并被募集到染色体上 | 第96-99页 |
| 4.1.4 DI-sRNA介导一定程度的DNA甲基化 | 第99-101页 |
| 4.1.5 DI-sRNA倾向于从进化上“年轻”和活跃的转座子上产生 | 第101-104页 |
| 4.2 讨论 | 第104-107页 |
| 全文结论 | 第107-108页 |
| 参考文献 | 第108-122页 |
| 附录A 本论文所用缩写词及中英文对照 | 第122-125页 |
| 附录B 本论文所用拟南芥突变体 | 第125-126页 |
| 附录C 本论文所用引物、探针及RNA序列 | 第126-130页 |
| 作者简历及攻读博士学位期间发表论文 | 第130页 |
