多种微生物功能基因的预测和分析
| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-15页 |
| 1.1 功能基因组学概述 | 第10-12页 |
| 1.1.1 功能基因组学相关概念 | 第10页 |
| 1.1.2 功能基因组学主要研究内容与方法 | 第10页 |
| 1.1.3 功能基因组学最终目标及面临挑战 | 第10-12页 |
| 1.1.4 微生物功能基因组学 | 第12页 |
| 1.2 生物信息学与功能基因组学 | 第12-13页 |
| 1.3 本课题主要工作 | 第13页 |
| 1.4 本论文的结构安排 | 第13-15页 |
| 第二章 基于LIBSVM的酿酒酵母基因组重注释 | 第15-25页 |
| 2.1 背景 | 第15-16页 |
| 2.2 材料与方法 | 第16-22页 |
| 2.2.1 SGD数据库 | 第16页 |
| 2.2.2 Python和R | 第16页 |
| 2.2.3 数据集的建立 | 第16-17页 |
| 2.2.4 分类方法 | 第17-20页 |
| 2.2.5 方法学的历史回顾对照检验 | 第20-22页 |
| 2.2.6 参数优化 | 第22页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第22-25页 |
| 2.3.1 为什么有近500个基因功能不确定 | 第22-23页 |
| 2.3.2 关于基因数目的争议 | 第23-24页 |
| 2.3.3 网络服务 | 第24-25页 |
| 第三章 基于COG揭示基因的进化保守性 | 第25-32页 |
| 3.1 背景 | 第25-26页 |
| 3.2 材料与方法 | 第26-28页 |
| 3.2.1 DEG Database | 第26-27页 |
| 3.2.2 CAI | 第27页 |
| 3.2.3 基因表达水平数据 | 第27页 |
| 3.2.4 COG | 第27-28页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第28-32页 |
| 第四章 基于HGT揭示基因的进化特异性 | 第32-39页 |
| 4.1 背景 | 第32-34页 |
| 4.2 材料与方法 | 第34-35页 |
| 4.2.1 微生物适应度数据库的构建与使用 | 第34页 |
| 4.2.2 水平转移数据 | 第34-35页 |
| 4.2.3 分析方法 | 第35页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第35-39页 |
| 第五章 基于COG和HGT关于基因进化的补充研究 | 第39-44页 |
| 5.1 材料与方法 | 第39页 |
| 5.1.1 复制链偏性数据 | 第39页 |
| 5.1.2 曼-惠特尼检验 | 第39页 |
| 5.2 对高表达和必需基因复制链定位偏性的研究 | 第39-40页 |
| 5.3 关于CAI使用局限性的讨论 | 第40-44页 |
| 第六章 总结与展望 | 第44-46页 |
| 附录 | 第46-47页 |
| 致谢 | 第47-48页 |
| 参考文献 | 第48-54页 |
| 攻读硕士学位期间取得的成果 | 第54-55页 |
